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mixOmics: An R package for 'omics feature selection and multiple data integration
mixOmics: An R package for 'omics feature selection and multiple data integration
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mixOmics: An R package for 'omics feature selection and multiple data integration

Rohart, Florian ; Gautier, Benoît ; Singh, Amrit ; Lê Cao, Kim-Anh Schneidman, Dina

PLoS computational biology, 2017-11, Vol.13 (11), p.e1005752-e1005752 [Periódico revisado por pares]

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2
CellProfiler 3.0: Next-generation image processing for biology
CellProfiler 3.0: Next-generation image processing for biology
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CellProfiler 3.0: Next-generation image processing for biology

McQuin, Claire ; Goodman, Allen ; Chernyshev, Vasiliy ; Kamentsky, Lee ; Cimini, Beth A ; Karhohs, Kyle W ; Doan, Minh ; Ding, Liya ; Rafelski, Susanne M ; Thirstrup, Derek ; Wiegraebe, Winfried ; Singh, Shantanu ; Becker, Tim ; Caicedo, Juan C ; Carpenter, Anne E Misteli, Tom

PLoS biology, 2018-07, Vol.16 (7), p.e2005970-e2005970 [Periódico revisado por pares]

United States: Public Library of Science

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MUMmer4: A fast and versatile genome alignment system
MUMmer4: A fast and versatile genome alignment system
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MUMmer4: A fast and versatile genome alignment system

Marçais, Guillaume ; Delcher, Arthur L ; Phillippy, Adam M ; Coston, Rachel ; Salzberg, Steven L ; Zimin, Aleksey Darling, Aaron E.

PLoS computational biology, 2018-01, Vol.14 (1), p.e1005944-e1005944 [Periódico revisado por pares]

United States: Public Library of Science

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The effects of soil phosphorus content on plant microbiota are driven by the plant phosphate starvation response
The effects of soil phosphorus content on plant microbiota are driven by the plant phosphate starvation response
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The effects of soil phosphorus content on plant microbiota are driven by the plant phosphate starvation response

Finkel, Omri M ; Salas-González, Isai ; Castrillo, Gabriel ; Spaepen, Stijn ; Law, Theresa F ; Teixeira, Paulo José Pereira Lima ; Jones, Corbin D ; Dangl, Jeffery L Sundaresan, Venkatesan

PLoS biology, 2019-11, Vol.17 (11), p.e3000534-e3000534 [Periódico revisado por pares]

United States: Public Library of Science

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Unicycler: Resolving bacterial genome assemblies from short and long sequencing reads
Unicycler: Resolving bacterial genome assemblies from short and long sequencing reads
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Unicycler: Resolving bacterial genome assemblies from short and long sequencing reads

Wick, Ryan R ; Judd, Louise M ; Gorrie, Claire L ; Holt, Kathryn E Phillippy, Adam M.

PLoS computational biology, 2017-06, Vol.13 (6), p.e1005595-e1005595 [Periódico revisado por pares]

United States: Public Library of Science

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Nitrogen fixation in a landrace of maize is supported by a mucilage-associated diazotrophic microbiota
Nitrogen fixation in a landrace of maize is supported by a mucilage-associated diazotrophic microbiota
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Nitrogen fixation in a landrace of maize is supported by a mucilage-associated diazotrophic microbiota

Van Deynze, Allen ; Zamora, Pablo ; Delaux, Pierre-Marc ; Heitmann, Cristobal ; Jayaraman, Dhileepkumar ; Rajasekar, Shanmugam ; Graham, Danielle ; Maeda, Junko ; Gibson, Donald ; Schwartz, Kevin D ; Berry, Alison M ; Bhatnagar, Srijak ; Jospin, Guillaume ; Darling, Aaron ; Jeannotte, Richard ; Lopez, Javier ; Weimer, Bart C ; Eisen, Jonathan A ; Shapiro, Howard-Yana ; Ané, Jean-Michel ; Bennett, Alan B Kemen, Eric

PLoS biology, 2018-08, Vol.16 (8), p.e2006352-e2006352 [Periódico revisado por pares]

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Design of synthetic bacterial communities for predictable plant phenotypes
Design of synthetic bacterial communities for predictable plant phenotypes
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Design of synthetic bacterial communities for predictable plant phenotypes

Herrera Paredes, Sur ; Gao, Tianxiang ; Law, Theresa F ; Finkel, Omri M ; Mucyn, Tatiana ; Teixeira, Paulo José Pereira Lima ; Salas González, Isaí ; Feltcher, Meghan E ; Powers, Matthew J ; Shank, Elizabeth A ; Jones, Corbin D ; Jojic, Vladimir ; Dangl, Jeffery L ; Castrillo, Gabriel Kemen, Eric

PLoS biology, 2018-02, Vol.16 (2), p.e2003962-e2003962 [Periódico revisado por pares]

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8
Gut microbiota diversity across ethnicities in the United States
Gut microbiota diversity across ethnicities in the United States
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Gut microbiota diversity across ethnicities in the United States

Brooks, Andrew W ; Priya, Sambhawa ; Blekhman, Ran ; Bordenstein, Seth R Cadwell, Ken

PLoS biology, 2018-12, Vol.16 (12), p.e2006842-e2006842 [Periódico revisado por pares]

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9
Integrating Hi-C links with assembly graphs for chromosome-scale assembly
Integrating Hi-C links with assembly graphs for chromosome-scale assembly
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Integrating Hi-C links with assembly graphs for chromosome-scale assembly

Ghurye, Jay ; Rhie, Arang ; Walenz, Brian P ; Schmitt, Anthony ; Selvaraj, Siddarth ; Pop, Mihai ; Phillippy, Adam M ; Koren, Sergey Ioshikhes, Ilya

PLoS computational biology, 2019-08, Vol.15 (8), p.e1007273-e1007273 [Periódico revisado por pares]

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10
Machine and deep learning meet genome-scale metabolic modeling
Machine and deep learning meet genome-scale metabolic modeling
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Machine and deep learning meet genome-scale metabolic modeling

Zampieri, Guido ; Vijayakumar, Supreeta ; Yaneske, Elisabeth ; Angione, Claudio Nielsen, Jens

PLoS computational biology, 2019-07, Vol.15 (7), p.e1007084-e1007084 [Periódico revisado por pares]

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