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ape 5.0: an environment for modern phylogenetics and evolutionary analyses in R
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ape 5.0: an environment for modern phylogenetics and evolutionary analyses in R

Paradis, Emmanuel ; Schliep, Klaus Schwartz, Russell

Bioinformatics, 2019-02, Vol.35 (3), p.526-528 [Periódico revisado por pares]

England: Oxford University Press

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12
BUSCO: assessing genome assembly and annotation completeness with single-copy orthologs
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BUSCO: assessing genome assembly and annotation completeness with single-copy orthologs

Simão, Felipe A ; Waterhouse, Robert M ; Ioannidis, Panagiotis ; Kriventseva, Evgenia V ; Zdobnov, Evgeny M

Bioinformatics, 2015-10, Vol.31 (19), p.3210-3212 [Periódico revisado por pares]

England

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13
Accurate Proteome-wide Label-free Quantification by Delayed Normalization and Maximal Peptide Ratio Extraction, Termed MaxLFQ
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Accurate Proteome-wide Label-free Quantification by Delayed Normalization and Maximal Peptide Ratio Extraction, Termed MaxLFQ

Cox, Jürgen ; Hein, Marco Y. ; Luber, Christian A. ; Paron, Igor ; Nagaraj, Nagarjuna ; Mann, Matthias

Molecular & cellular proteomics, 2014-09, Vol.13 (9), p.2513-2526 [Periódico revisado por pares]

United States: Elsevier Inc

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14
BioBERT: a pre-trained biomedical language representation model for biomedical text mining
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BioBERT: a pre-trained biomedical language representation model for biomedical text mining

Lee, Jinhyuk ; Yoon, Wonjin ; Kim, Sungdong ; Kim, Donghyeon ; Kim, Sunkyu ; So, Chan Ho ; Kang, Jaewoo Wren, Jonathan

Bioinformatics, 2020-02, Vol.36 (4), p.1234-1240 [Periódico revisado por pares]

England: Oxford University Press

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15
ImageJ2: ImageJ for the next generation of scientific image data
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ImageJ2: ImageJ for the next generation of scientific image data

Rueden, Curtis T ; Schindelin, Johannes ; Hiner, Mark C ; DeZonia, Barry E ; Walter, Alison E ; Arena, Ellen T ; Eliceiri, Kevin W

BMC bioinformatics, 2017-11, Vol.18 (1), p.529-529, Article 529 [Periódico revisado por pares]

England: BioMed Central Ltd

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16
Parallelization of MAFFT for large-scale multiple sequence alignments
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Parallelization of MAFFT for large-scale multiple sequence alignments

Nakamura, Tsukasa ; Yamada, Kazunori D ; Tomii, Kentaro ; Katoh, Kazutaka Hancock, John

Bioinformatics, 2018-07, Vol.34 (14), p.2490-2492 [Periódico revisado por pares]

England: Oxford University Press

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17
BioGPT: generative pre-trained transformer for biomedical text generation and mining
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BioGPT: generative pre-trained transformer for biomedical text generation and mining

Luo, Renqian ; Sun, Liai ; Xia, Yingce ; Qin, Tao ; Zhang, Sheng ; Poon, Hoifung ; Liu, Tie-Yan

Briefings in bioinformatics, 2022-11, Vol.23 (6) [Periódico revisado por pares]

England

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18
Multivariable association discovery in population-scale meta-omics studies
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Multivariable association discovery in population-scale meta-omics studies

Mallick, Himel ; Rahnavard, Ali ; McIver, Lauren J ; Ma, Siyuan ; Zhang, Yancong ; Nguyen, Long H ; Tickle, Timothy L ; Weingart, George ; Ren, Boyu ; Schwager, Emma H ; Chatterjee, Suvo ; Thompson, Kelsey N ; Wilkinson, Jeremy E ; Subramanian, Ayshwarya ; Lu, Yiren ; Waldron, Levi ; Paulson, Joseph N ; Franzosa, Eric A ; Bravo, Hector Corrada ; Huttenhower, Curtis Coelho, Luis Pedro

PLoS computational biology, 2021-11, Vol.17 (11), p.e1009442 [Periódico revisado por pares]

United States: Public Library of Science

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19
Graph embedding on biomedical networks: methods, applications and evaluations
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Graph embedding on biomedical networks: methods, applications and evaluations

Yue, Xiang ; Wang, Zhen ; Huang, Jingong ; Parthasarathy, Srinivasan ; Moosavinasab, Soheil ; Huang, Yungui ; Lin, Simon M ; Zhang, Wen ; Zhang, Ping ; Sun, Huan Cowen, Lenore

Bioinformatics, 2020-02, Vol.36 (4), p.1241-1251 [Periódico revisado por pares]

England: Oxford University Press

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20
mixOmics: An R package for 'omics feature selection and multiple data integration
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mixOmics: An R package for 'omics feature selection and multiple data integration

Rohart, Florian ; Gautier, Benoît ; Singh, Amrit ; Lê Cao, Kim-Anh Schneidman, Dina

PLoS computational biology, 2017-11, Vol.13 (11), p.e1005752-e1005752 [Periódico revisado por pares]

United States: Public Library of Science

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