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G-quadruplex forming sequences in the genome of all known human viruses: A comprehensive guide
G-quadruplex forming sequences in the genome of all known human viruses: A comprehensive guide
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G-quadruplex forming sequences in the genome of all known human viruses: A comprehensive guide

Lavezzo, Enrico ; Berselli, Michele ; Frasson, Ilaria ; Perrone, Rosalba ; Palù, Giorgio ; Brazzale, Alessandra R ; Richter, Sara N ; Toppo, Stefano Lexa, Matej

PLoS computational biology, 2018-12, Vol.14 (12), p.e1006675 [Periódico revisado por pares]

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OpenMM 7: Rapid development of high performance algorithms for molecular dynamics
OpenMM 7: Rapid development of high performance algorithms for molecular dynamics
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OpenMM 7: Rapid development of high performance algorithms for molecular dynamics

Eastman, Peter ; Swails, Jason ; Chodera, John D ; McGibbon, Robert T ; Zhao, Yutong ; Beauchamp, Kyle A ; Wang, Lee-Ping ; Simmonett, Andrew C ; Harrigan, Matthew P ; Stern, Chaya D ; Wiewiora, Rafal P ; Brooks, Bernard R ; Pande, Vijay S Gentleman, Robert

PLoS computational biology, 2017-07, Vol.13 (7), p.e1005659-e1005659 [Periódico revisado por pares]

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Unicycler: Resolving bacterial genome assemblies from short and long sequencing reads
Unicycler: Resolving bacterial genome assemblies from short and long sequencing reads
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Unicycler: Resolving bacterial genome assemblies from short and long sequencing reads

Wick, Ryan R ; Judd, Louise M ; Gorrie, Claire L ; Holt, Kathryn E Phillippy, Adam M.

PLoS computational biology, 2017-06, Vol.13 (6), p.e1005595-e1005595 [Periódico revisado por pares]

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Multivariable association discovery in population-scale meta-omics studies
Multivariable association discovery in population-scale meta-omics studies
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Multivariable association discovery in population-scale meta-omics studies

Mallick, Himel ; Rahnavard, Ali ; McIver, Lauren J ; Ma, Siyuan ; Zhang, Yancong ; Nguyen, Long H ; Tickle, Timothy L ; Weingart, George ; Ren, Boyu ; Schwager, Emma H ; Chatterjee, Suvo ; Thompson, Kelsey N ; Wilkinson, Jeremy E ; Subramanian, Ayshwarya ; Lu, Yiren ; Waldron, Levi ; Paulson, Joseph N ; Franzosa, Eric A ; Bravo, Hector Corrada ; Huttenhower, Curtis Coelho, Luis Pedro

PLoS computational biology, 2021-11, Vol.17 (11), p.e1009442 [Periódico revisado por pares]

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5
mixOmics: An R package for 'omics feature selection and multiple data integration
mixOmics: An R package for 'omics feature selection and multiple data integration
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mixOmics: An R package for 'omics feature selection and multiple data integration

Rohart, Florian ; Gautier, Benoît ; Singh, Amrit ; Lê Cao, Kim-Anh Schneidman, Dina

PLoS computational biology, 2017-11, Vol.13 (11), p.e1005752-e1005752 [Periódico revisado por pares]

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6
MUMmer4: A fast and versatile genome alignment system
MUMmer4: A fast and versatile genome alignment system
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MUMmer4: A fast and versatile genome alignment system

Marçais, Guillaume ; Delcher, Arthur L ; Phillippy, Adam M ; Coston, Rachel ; Salzberg, Steven L ; Zimin, Aleksey Darling, Aaron E.

PLoS computational biology, 2018-01, Vol.14 (1), p.e1005944-e1005944 [Periódico revisado por pares]

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7
Transcriptomics technologies
Transcriptomics technologies
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Transcriptomics technologies

Lowe, Rohan ; Shirley, Neil ; Bleackley, Mark ; Dolan, Stephen ; Shafee, Thomas

PLoS computational biology, 2017-05, Vol.13 (5), p.e1005457-e1005457 [Periódico revisado por pares]

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8
Integrating Hi-C links with assembly graphs for chromosome-scale assembly
Integrating Hi-C links with assembly graphs for chromosome-scale assembly
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Integrating Hi-C links with assembly graphs for chromosome-scale assembly

Ghurye, Jay ; Rhie, Arang ; Walenz, Brian P ; Schmitt, Anthony ; Selvaraj, Siddarth ; Pop, Mihai ; Phillippy, Adam M ; Koren, Sergey Ioshikhes, Ilya

PLoS computational biology, 2019-08, Vol.15 (8), p.e1007273-e1007273 [Periódico revisado por pares]

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9
DeepConv-DTI: Prediction of drug-target interactions via deep learning with convolution on protein sequences
DeepConv-DTI: Prediction of drug-target interactions via deep learning with convolution on protein sequences
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DeepConv-DTI: Prediction of drug-target interactions via deep learning with convolution on protein sequences

Lee, Ingoo ; Keum, Jongsoo ; Nam, Hojung Briggs, James M.

PLoS computational biology, 2019-06, Vol.15 (6), p.e1007129 [Periódico revisado por pares]

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MAGMA: generalized gene-set analysis of GWAS data
MAGMA: generalized gene-set analysis of GWAS data
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MAGMA: generalized gene-set analysis of GWAS data

de Leeuw, Christiaan A ; Mooij, Joris M ; Heskes, Tom ; Posthuma, Danielle Tang, Hua

PLoS computational biology, 2015-04, Vol.11 (4), p.e1004219-e1004219 [Periódico revisado por pares]

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