Adult mouse cortical cell taxonomy revealed by single cell transcriptomics

Tasic, Bosiljka ; Menon, Vilas ; Nguyen, Thuc Nghi ; Kim, Tae Kyung ; Jarsky, Tim ; Yao, Zizhen ; Levi, Boaz ; Gray, Lucas T ; Sorensen, Staci A ; Dolbeare, Tim ; Bertagnolli, Darren ; Goldy, Jeff ; Shapovalova, Nadiya ; Parry, Sheana ; Lee, Changkyu ; Smith, Kimberly ; Bernard, Amy ; Madisen, Linda ; Sunkin, Susan M ; Hawrylycz, Michael ; Koch, Christof ; Zeng, Hongkui

United States: Nature Publishing Group

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Shared and distinct transcriptomic cell types across neocortical areas

Tasic, Bosiljka ; Yao, Zizhen ; Graybuck, Lucas T ; Smith, Kimberly A ; Nguyen, Thuc Nghi ; Bertagnolli, Darren ; Goldy, Jeff ; Garren, Emma ; Economo, Michael N ; Viswanathan, Sarada ; Penn, Osnat ; Bakken, Trygve ; Menon, Vilas ; Miller, Jeremy ; Fong, Olivia ; Hirokawa, Karla E ; Lathia, Kanan ; Rimorin, Christine ; Tieu, Michael ; Larsen, Rachael ; Casper, Tamara ; Barkan, Eliza ; Kroll, Matthew ; Parry, Sheana ; Shapovalova, Nadiya V ; Hirschstein, Daniel ; Pendergraft, Julie ; Sullivan, Heather A ; Kim, Tae Kyung ; Szafer, Aaron ; Dee, Nick ; Groblewski, Peter ; Wickersham, Ian ; Cetin, Ali ; Harris, Julie A ; Levi, Boaz P ; Sunkin, Susan M ; Madisen, Linda ; Daigle, Tanya L ; Looger, Loren ; Bernard, Amy ; Phillips, John ; Lein, Ed ; Hawrylycz, Michael ; Svoboda, Karel ; Jones, Allan R ; Koch, Christof ; Zeng, Hongkui

England: Nature Publishing Group

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Conserved cell types with divergent features in human versus mouse cortex

Hodge, Rebecca D ; Bakken, Trygve E ; Miller, Jeremy A ; Smith, Kimberly A ; Barkan, Eliza R ; Graybuck, Lucas T ; Close, Jennie L ; Long, Brian ; Johansen, Nelson ; Penn, Osnat ; Yao, Zizhen ; Eggermont, Jeroen ; Höllt, Thomas ; Levi, Boaz P ; Shehata, Soraya I ; Aevermann, Brian ; Beller, Allison ; Bertagnolli, Darren ; Brouner, Krissy ; Casper, Tamara ; Cobbs, Charles ; Dalley, Rachel ; Dee, Nick ; Ding, Song-Lin ; Ellenbogen, Richard G ; Fong, Olivia ; Garren, Emma ; Goldy, Jeff ; Gwinn, Ryder P ; Hirschstein, Daniel ; Keene, C Dirk ; Keshk, Mohamed ; Ko, Andrew L ; Lathia, Kanan ; Mahfouz, Ahmed ; Maltzer, Zoe ; McGraw, Medea ; Nguyen, Thuc Nghi ; Nyhus, Julie ; Ojemann, Jeffrey G ; Oldre, Aaron ; Parry, Sheana ; Reynolds, Shannon ; Rimorin, Christine ; Shapovalova, Nadiya V ; Somasundaram, Saroja ; Szafer, Aaron ; Thomsen, Elliot R ; Tieu, Michael ; Quon, Gerald ; Scheuermann, Richard H ; Yuste, Rafael ; Sunkin, Susan M ; Lelieveldt, Boudewijn ; Feng, David ; Ng, Lydia ; Bernard, Amy ; Hawrylycz, Michael ; Phillips, John W ; Tasic, Bosiljka ; Zeng, Hongkui ; Jones, Allan R ; Koch, Christof ; Lein, Ed S

England: Nature Publishing Group

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A transcriptomic and epigenomic cell atlas of the mouse primary motor cortex

Yao, Zizhen ; Liu, Hanqing ; Xie, Fangming ; Fischer, Stephan ; Adkins, Ricky S ; Aldridge, Andrew I ; Ament, Seth A ; Bartlett, Anna ; Behrens, M Margarita ; Van den Berge, Koen ; Bertagnolli, Darren ; de Bézieux, Hector Roux ; Biancalani, Tommaso ; Booeshaghi, A Sina ; Bravo, Héctor Corrada ; Casper, Tamara ; Colantuoni, Carlo ; Crabtree, Jonathan ; Creasy, Heather ; Crichton, Kirsten ; Crow, Megan ; Dee, Nick ; Dougherty, Elizabeth L ; Doyle, Wayne I ; Dudoit, Sandrine ; Fang, Rongxin ; Felix, Victor ; Fong, Olivia ; Giglio, Michelle ; Goldy, Jeff ; Hawrylycz, Mike ; Herb, Brian R ; Hertzano, Ronna ; Hou, Xiaomeng ; Hu, Qiwen ; Kancherla, Jayaram ; Kroll, Matthew ; Lathia, Kanan ; Li, Yang Eric ; Lucero, Jacinta D ; Luo, Chongyuan ; Mahurkar, Anup ; McMillen, Delissa ; Nadaf, Naeem M ; Nery, Joseph R ; Nguyen, Thuc Nghi ; Niu, Sheng-Yong ; Ntranos, Vasilis ; Orvis, Joshua ; Osteen, Julia K ; Pham, Thanh ; Pinto-Duarte, Antonio ; Poirion, Olivier ; Preissl, Sebastian ; Purdom, Elizabeth ; Rimorin, Christine ; Risso, Davide ; Rivkin, Angeline C ; Smith, Kimberly ; Street, Kelly ; Sulc, Josef ; Svensson, Valentine ; Tieu, Michael ; Torkelson, Amy ; Tung, Herman ; Vaishnav, Eeshit Dhaval ; Vanderburg, Charles R ; van Velthoven, Cindy ; Wang, Xinxin ; White, Owen R ; Huang, Z Josh ; Kharchenko, Peter V ; Pachter, Lior ; Ngai, John ; Regev, Aviv ; Tasic, Bosiljka ; Welch, Joshua D ; Gillis, Jesse ; Macosko, Evan Z ; Ren, Bing ; Ecker, Joseph R ; Zeng, Hongkui ; Mukamel, Eran A

England: Nature Publishing Group

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Single-nucleus and single-cell transcriptomes compared in matched cortical cell types

Bakken, Trygve E ; Hodge, Rebecca D ; Miller, Jeremy A ; Yao, Zizhen ; Nguyen, Thuc Nghi ; Aevermann, Brian ; Barkan, Eliza ; Bertagnolli, Darren ; Casper, Tamara ; Dee, Nick ; Garren, Emma ; Goldy, Jeff ; Graybuck, Lucas T ; Kroll, Matthew ; Lasken, Roger S ; Lathia, Kanan ; Parry, Sheana ; Rimorin, Christine ; Scheuermann, Richard H ; Schork, Nicholas J ; Shehata, Soraya I ; Tieu, Michael ; Phillips, John W ; Bernard, Amy ; Smith, Kimberly A ; Zeng, Hongkui ; Lein, Ed S ; Tasic, Bosiljka Soriano, Eduardo

United States: Public Library of Science

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A comprehensive transcriptional map of primate brain development

Bakken, Trygve E ; Miller, Jeremy A ; Ding, Song-Lin ; Sunkin, Susan M ; Smith, Kimberly A ; Ng, Lydia ; Szafer, Aaron ; Dalley, Rachel A ; Royall, Joshua J ; Lemon, Tracy ; Shapouri, Sheila ; Aiona, Kaylynn ; Arnold, James ; Bennett, Jeffrey L ; Bertagnolli, Darren ; Bickley, Kristopher ; Boe, Andrew ; Brouner, Krissy ; Butler, Stephanie ; Byrnes, Emi ; Caldejon, Shiella ; Carey, Anita ; Cate, Shelby ; Chapin, Mike ; Chen, Jefferey ; Dee, Nick ; Desta, Tsega ; Dolbeare, Tim A ; Dotson, Nadia ; Ebbert, Amanda ; Fulfs, Erich ; Gee, Garrett ; Gilbert, Terri L ; Goldy, Jeff ; Gourley, Lindsey ; Gregor, Ben ; Gu, Guangyu ; Hall, Jon ; Haradon, Zeb ; Haynor, David R ; Hejazinia, Nika ; Hoerder-Suabedissen, Anna ; Howard, Robert ; Jochim, Jay ; Kinnunen, Marty ; Kriedberg, Ali ; Kuan, Chihchau L ; Lau, Christopher ; Lee, Chang-Kyu ; Lee, Felix ; Luong, Lon ; Mastan, Naveed ; May, Ryan ; Melchor, Jose ; Mosqueda, Nerick ; Mott, Erika ; Ngo, Kiet ; Nyhus, Julie ; Oldre, Aaron ; Olson, Eric ; Parente, Jody ; Parker, Patrick D ; Parry, Sheana ; Pendergraft, Julie ; Potekhina, Lydia ; Reding, Melissa ; Riley, Zackery L ; Roberts, Tyson ; Rogers, Brandon ; Roll, Kate ; Rosen, David ; Sandman, David ; Sarreal, Melaine ; Shapovalova, Nadiya ; Shi, Shu ; Sjoquist, Nathan ; Sodt, Andy J ; Townsend, Robbie ; Velasquez, Lissette ; Wagley, Udi ; Wakeman, Wayne B ; White, Cassandra ; Bennett, Crissa ; Wu, Jennifer ; Young, Rob ; Youngstrom, Brian L ; Wohnoutka, Paul ; Gibbs, Richard A ; Rogers, Jeffrey ; Hohmann, John G ; Hawrylycz, Michael J ; Hevner, Robert F ; Molnár, Zoltán ; Phillips, John W ; Dang, Chinh ; Jones, Allan R ; Amaral, David G ; Bernard, Amy ; Lein, Ed S

England: Nature Publishing Group

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Transcriptional landscape of the prenatal human brain

Miller, Jeremy A ; Ding, Song-Lin ; Sunkin, Susan M ; Smith, Kimberly A ; Ng, Lydia ; Szafer, Aaron ; Ebbert, Amanda ; Riley, Zackery L ; Royall, Joshua J ; Aiona, Kaylynn ; Arnold, James M ; Bennet, Crissa ; Bertagnolli, Darren ; Brouner, Krissy ; Butler, Stephanie ; Caldejon, Shiella ; Carey, Anita ; Cuhaciyan, Christine ; Dalley, Rachel A ; Dee, Nick ; Dolbeare, Tim A ; Facer, Benjamin A C ; Feng, David ; Fliss, Tim P ; Gee, Garrett ; Goldy, Jeff ; Gourley, Lindsey ; Gregor, Benjamin W ; Gu, Guangyu ; Howard, Robert E ; Jochim, Jayson M ; Kuan, Chihchau L ; Lau, Christopher ; Lee, Chang-Kyu ; Lee, Felix ; Lemon, Tracy A ; Lesnar, Phil ; McMurray, Bergen ; Mastan, Naveed ; Mosqueda, Nerick ; Naluai-Cecchini, Theresa ; Ngo, Nhan-Kiet ; Nyhus, Julie ; Oldre, Aaron ; Olson, Eric ; Parente, Jody ; Parker, Patrick D ; Parry, Sheana E ; Stevens, Allison ; Pletikos, Mihovil ; Reding, Melissa ; Roll, Kate ; Sandman, David ; Sarreal, Melaine ; Shapouri, Sheila ; Shapovalova, Nadiya V ; Shen, Elaine H ; Sjoquist, Nathan ; Slaughterbeck, Clifford R ; Smith, Michael ; Sodt, Andy J ; Williams, Derric ; Zöllei, Lilla ; Fischl, Bruce ; Gerstein, Mark B ; Geschwind, Daniel H ; Glass, Ian A ; Hawrylycz, Michael J ; Hevner, Robert F ; Huang, Hao ; Jones, Allan R ; Knowles, James A ; Levitt, Pat ; Phillips, John W ; Sestan, Nenad ; Wohnoutka, Paul ; Dang, Chinh ; Bernard, Amy ; Hohmann, John G ; Lein, Ed S

England: Nature Publishing Group

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A high-resolution transcriptomic and spatial atlas of cell types in the whole mouse brain

Yao, Zizhen ; van Velthoven, Cindy T J ; Kunst, Michael ; Zhang, Meng ; McMillen, Delissa ; Lee, Changkyu ; Jung, Won ; Goldy, Jeff ; Abdelhak, Aliya ; Aitken, Matthew ; Baker, Katherine ; Baker, Pamela ; Barkan, Eliza ; Bertagnolli, Darren ; Bhandiwad, Ashwin ; Bielstein, Cameron ; Bishwakarma, Prajal ; Campos, Jazmin ; Carey, Daniel ; Casper, Tamara ; Chakka, Anish Bhaswanth ; Chakrabarty, Rushil ; Chavan, Sakshi ; Chen, Min ; Clark, Michael ; Close, Jennie ; Crichton, Kirsten ; Daniel, Scott ; DiValentin, Peter ; Dolbeare, Tim ; Ellingwood, Lauren ; Fiabane, Elysha ; Fliss, Timothy ; Gee, James ; Gerstenberger, James ; Glandon, Alexandra ; Gloe, Jessica ; Gould, Joshua ; Gray, James ; Guilford, Nathan ; Guzman, Junitta ; Hirschstein, Daniel ; Ho, Windy ; Hooper, Marcus ; Huang, Mike ; Hupp, Madie ; Jin, Kelly ; Kroll, Matthew ; Lathia, Kanan ; Leon, Arielle ; Li, Su ; Long, Brian ; Madigan, Zach ; Malloy, Jessica ; Malone, Jocelin ; Maltzer, Zoe ; Martin, Naomi ; McCue, Rachel ; McGinty, Ryan ; Mei, Nicholas ; Melchor, Jose ; Meyerdierks, Emma ; Mollenkopf, Tyler ; Moonsman, Skyler ; Nguyen, Thuc Nghi ; Otto, Sven ; Pham, Trangthanh ; Rimorin, Christine ; Ruiz, Augustin ; Sanchez, Raymond ; Sawyer, Lane ; Shapovalova, Nadiya ; Shepard, Noah ; Slaughterbeck, Cliff ; Sulc, Josef ; Torkelson, Amy ; Tung, Herman ; Valera Cuevas, Nasmil ; Vance, Shane ; Wadhwani, Katherine ; Ward, Katelyn ; Levi, Boaz ; Farrell, Colin ; Young, Rob ; Staats, Brian ; Wang, Ming-Qiang Michael ; Thompson, Carol L ; Mufti, Shoaib ; Pagan, Chelsea M ; Kruse, Lauren ; Dee, Nick ; Sunkin, Susan M ; Esposito, Luke ; Hawrylycz, Michael J ; Waters, Jack ; Ng, Lydia ; Smith, Kimberly ; Tasic, Bosiljka ; Zhuang, Xiaowei ; Zeng, Hongkui

England: Nature Publishing Group

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A transcriptomic and epigenomic cell atlas of the mouse primary motor cortex

Yao, Zizhen ; Liu, Hanqing ; Xie, Fangming ; Fischer, Stephan ; Adkins, Ricky S ; Aldridge, Andrew I ; Ament, Seth A ; Bartlett, Anna ; Behrens, M. Margarita ; Van den Berge, Koen ; Bertagnolli, Darren ; de Bézieux, Hector Roux ; Biancalani, Tommaso ; Booeshaghi, A. Sina ; Bravo, Héctor Corrada ; Casper, Tamara ; Colantuoni, Carlo ; Crabtree, Jonathan ; Creasy, Heather ; Crichton, Kirsten ; Crow, Megan ; Dee, Nick ; Dougherty, Elizabeth L ; Doyle, Wayne I ; Dudoit, Sandrine ; Fang, Rongxin ; Felix, Victor ; Fong, Olivia ; Giglio, Michelle ; Goldy, Jeff ; Hawrylycz, Mike ; Herb, Brian R ; Hertzano, Ronna ; Hou, Xiaomeng ; Hu, Qiwen ; Kancherla, Jayaram ; Kroll, Matthew ; Lathia, Kanan ; Li, Yang Eric ; Lucero, Jacinta D ; Luo, Chongyuan ; Mahurkar, Anup ; McMillen, Delissa ; Nadaf, Naeem M ; Nery, Joseph R ; Nguyen, Thuc Nghi ; Niu, Sheng-Yong ; Ntranos, Vasilis ; Orvis, Joshua ; Osteen, Julia K ; Pham, Thanh ; Pinto-Duarte, Antonio ; Poirion, Olivier ; Preissl, Sebastian ; Purdom, Elizabeth ; Rimorin, Christine ; Risso, Davide ; Rivkin, Angeline C ; Smith, Kimberly ; Street, Kelly ; Sulc, Josef ; Svensson, Valentine ; Tieu, Michael ; Torkelson, Amy ; Tung, Herman ; Vaishnav, Eeshit Dhaval ; Vanderburg, Charles R ; van Velthoven, Cindy ; Wang, Xinxin ; White, Owen R ; Huang, Z. Josh ; Kharchenko, Peter V ; Pachter, Lior ; Ngai, John ; Regev, Aviv ; Tasic, Bosiljka ; Welch, Joshua D ; Gillis, Jesse ; Macosko, Evan Z ; Ren, Bing ; Ecker, Joseph R ; Zeng, Hongkui ; Mukamel, Eran A

2021

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Adult Mouse Cortical Cell Taxonomy by Single Cell Transcriptomics

Tasic, Bosiljka ; Menon, Vilas ; Nguyen, Thuc Nghi ; Kim, Tae Kyung ; Jarsky, Tim ; Yao, Zizhen ; Levi, Boaz ; Gray, Lucas T. ; Sorensen, Staci A. ; Dolbeare, Tim ; Bertagnolli, Darren ; Goldy, Jeff ; Shapovalova, Nadiya ; Parry, Sheana ; Lee, Changkyu ; Smith, Kimberly ; Bernard, Amy ; Madisen, Linda ; Sunkin, Susan M. ; Hawrylycz, Michael ; Koch, Christof ; Zeng, Hongkui

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