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Integrating protein structural dynamics and evolutionary analysis with Bio3D
Integrating protein structural dynamics and evolutionary analysis with Bio3D
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Integrating protein structural dynamics and evolutionary analysis with Bio3D

Skjærven, Lars ; Yao, Xin-Qiu ; Scarabelli, Guido ; Grant, Barry J

BMC bioinformatics, 2014-12, Vol.15 (1), p.399-399, Article 399 [Periódico revisado por pares]

England: BioMed Central Ltd

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2
Progress of quantum molecular dynamics model and its applications in heavy ion collisions
Progress of quantum molecular dynamics model and its applications in heavy ion collisions
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Progress of quantum molecular dynamics model and its applications in heavy ion collisions

Zhang, Ying-Xun ; Wang, Ning ; Li, Qing-Feng ; Ou, Li ; Tian, Jun-Long ; Liu, Min ; Zhao, Kai ; Wu, Xi-Zhen ; Li, Zhu-Xia

Frontiers of physics, 2020-10, Vol.15 (5), p.54301, Article 54301 [Periódico revisado por pares]

Beijing: Higher Education Press

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3
Hunting the main protease of SARS-CoV-2 by plitidepsin: Molecular docking and temperature-dependent molecular dynamics simulations
Hunting the main protease of SARS-CoV-2 by plitidepsin: Molecular docking and temperature-dependent molecular dynamics simulations
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Hunting the main protease of SARS-CoV-2 by plitidepsin: Molecular docking and temperature-dependent molecular dynamics simulations

Vishvakarma, Vijay Kumar ; Singh, Madhur Babu ; Jain, Pallavi ; Kumari, Kamlesh ; Singh, Prashant

Amino acids, 2022-02, Vol.54 (2), p.205-213 [Periódico revisado por pares]

Vienna: Springer Vienna

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4
The future of molecular dynamics simulations in drug discovery
The future of molecular dynamics simulations in drug discovery
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The future of molecular dynamics simulations in drug discovery

Borhani, David W. ; Shaw, David E.

Journal of computer-aided molecular design, 2012-01, Vol.26 (1), p.15-26 [Periódico revisado por pares]

Dordrecht: Springer Netherlands

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5
Lessons learned from comparing molecular dynamics engines on the SAMPL5 dataset
Lessons learned from comparing molecular dynamics engines on the SAMPL5 dataset
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Lessons learned from comparing molecular dynamics engines on the SAMPL5 dataset

Shirts, Michael R. ; Klein, Christoph ; Swails, Jason M. ; Yin, Jian ; Gilson, Michael K. ; Mobley, David L. ; Case, David A. ; Zhong, Ellen D.

Journal of computer-aided molecular design, 2017-01, Vol.31 (1), p.147-161 [Periódico revisado por pares]

Cham: Springer International Publishing

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6
Ins and outs of AlphaFold2 transmembrane protein structure predictions
Ins and outs of AlphaFold2 transmembrane protein structure predictions
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Ins and outs of AlphaFold2 transmembrane protein structure predictions

Hegedűs, Tamás ; Geisler, Markus ; Lukács, Gergely László ; Farkas, Bianka

Cellular and molecular life sciences : CMLS, 2022-01, Vol.79 (1), p.73-73, Article 73 [Periódico revisado por pares]

Cham: Springer International Publishing

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7
FreeSolv: a database of experimental and calculated hydration free energies, with input files
FreeSolv: a database of experimental and calculated hydration free energies, with input files
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FreeSolv: a database of experimental and calculated hydration free energies, with input files

Mobley, David L. ; Guthrie, J. Peter

Journal of computer-aided molecular design, 2014-07, Vol.28 (7), p.711-720 [Periódico revisado por pares]

Cham: Springer International Publishing

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8
Computational Binding Analysis of Ethyl 3,3,5,5-Tetracyano-2-Hydroxy-2-Methyl-4,6-Diphenylcyclohexane-1-Carboxylate in Calf Thymus DNA
Computational Binding Analysis of Ethyl 3,3,5,5-Tetracyano-2-Hydroxy-2-Methyl-4,6-Diphenylcyclohexane-1-Carboxylate in Calf Thymus DNA
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Artigo 		Adicionar ao Meu Espaço

Computational Binding Analysis of Ethyl 3,3,5,5-Tetracyano-2-Hydroxy-2-Methyl-4,6-Diphenylcyclohexane-1-Carboxylate in Calf Thymus DNA

Kurbanova, Malahat ; Saravanan, Kandasamy ; Ahmad, Sajjad ; Sadigova, Arzu ; Askerov, Rizvan ; Magerramov, Abel ; Bakri, Youness El

Applied biochemistry and biotechnology, 2023-09, Vol.195 (9), p.5338-5354 [Periódico revisado por pares]

New York: Springer US

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9
Deciphering the molecular choreography of Janus kinase 2 inhibition via Gaussian accelerated molecular dynamics simulations: a dynamic odyssey
Deciphering the molecular choreography of Janus kinase 2 inhibition via Gaussian accelerated molecular dynamics simulations: a dynamic odyssey
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Deciphering the molecular choreography of Janus kinase 2 inhibition via Gaussian accelerated molecular dynamics simulations: a dynamic odyssey

Sk, Md Fulbabu ; Samanta, Sunanda ; Poddar, Sayan ; Kar, Parimal

Journal of computer-aided molecular design, 2024-12, Vol.38 (1), p.8-8, Article 8 [Periódico revisado por pares]

Cham: Springer International Publishing

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10
Supervised molecular dynamics for exploring the druggability of the SARS-CoV-2 spike protein
Supervised molecular dynamics for exploring the druggability of the SARS-CoV-2 spike protein
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Supervised molecular dynamics for exploring the druggability of the SARS-CoV-2 spike protein

Deganutti, Giuseppe ; Prischi, Filippo ; Reynolds, Christopher A.

Journal of computer-aided molecular design, 2021-02, Vol.35 (2), p.195-207 [Periódico revisado por pares]

Cham: Springer International Publishing

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