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PPanGGOLiN: Depicting microbial diversity via a partitioned pangenome graph
PPanGGOLiN: Depicting microbial diversity via a partitioned pangenome graph
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PPanGGOLiN: Depicting microbial diversity via a partitioned pangenome graph

Gautreau, Guillaume ; Bazin, Adelme ; Gachet, Mathieu ; Planel, Rémi ; Burlot, Laura ; Dubois, Mathieu ; Perrin, Amandine ; Médigue, Claudine ; Calteau, Alexandra ; Cruveiller, Stéphane ; Matias, Catherine ; Ambroise, Christophe ; Rocha, Eduardo P C ; Vallenet, David Ouzounis, Christos A.

PLoS computational biology, 2020-03, Vol.16 (3), p.e1007732-e1007732 [Revista revisada por pares]

United States: Public Library of Science

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4C-ker: A Method to Reproducibly Identify Genome-Wide Interactions Captured by 4C-Seq Experiments
4C-ker: A Method to Reproducibly Identify Genome-Wide Interactions Captured by 4C-Seq Experiments
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4C-ker: A Method to Reproducibly Identify Genome-Wide Interactions Captured by 4C-Seq Experiments

Raviram, Ramya ; Rocha, Pedro P ; Müller, Christian L ; Miraldi, Emily R ; Badri, Sana ; Fu, Yi ; Swanzey, Emily ; Proudhon, Charlotte ; Snetkova, Valentina ; Bonneau, Richard ; Skok, Jane A Morozov, Alexandre V

PLoS computational biology, 2016-03, Vol.12 (3), p.e1004780-e1004780 [Revista revisada por pares]

United States: Public Library of Science

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Swelfe: a detector of internal repeats in sequences and structures
Swelfe: a detector of internal repeats in sequences and structures
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Swelfe: a detector of internal repeats in sequences and structures

Abraham, Anne-Laure ; Rocha, Eduardo P. C. ; Pothier, Joël

Bioinformatics, 2008-07, Vol.24 (13), p.1536-1537 [Revista revisada por pares]

Oxford: Oxford University Press

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Repseek, a tool to retrieve approximate repeats from large DNA sequences
Repseek, a tool to retrieve approximate repeats from large DNA sequences
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Repseek, a tool to retrieve approximate repeats from large DNA sequences

Achaz, Guillaume ; Boyer, Frédéric ; Rocha, Eduardo P. C. ; Viari, Alain ; Coissac, Eric

Bioinformatics, 2007-01, Vol.23 (1), p.119-121 [Revista revisada por pares]

Oxford: Oxford University Press

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D-Tailor: automated analysis and design of DNA sequences
D-Tailor: automated analysis and design of DNA sequences
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D-Tailor: automated analysis and design of DNA sequences

Guimaraes, Joao C ; Rocha, Miguel ; Arkin, Adam P ; Cambray, Guillaume

Bioinformatics, 2014-04, Vol.30 (8), p.1087-1094 [Revista revisada por pares]

England: Oxford University Press (OUP)

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