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OpenMM 7: Rapid development of high performance algorithms for molecular dynamics
OpenMM 7: Rapid development of high performance algorithms for molecular dynamics
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OpenMM 7: Rapid development of high performance algorithms for molecular dynamics

Eastman, Peter ; Swails, Jason ; Chodera, John D ; McGibbon, Robert T ; Zhao, Yutong ; Beauchamp, Kyle A ; Wang, Lee-Ping ; Simmonett, Andrew C ; Harrigan, Matthew P ; Stern, Chaya D ; Wiewiora, Rafal P ; Brooks, Bernard R ; Pande, Vijay S Gentleman, Robert

PLoS computational biology, 2017-07, Vol.13 (7), p.e1005659-e1005659 [Periódico revisado por pares]

United States: Public Library of Science

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mixOmics: An R package for 'omics feature selection and multiple data integration
mixOmics: An R package for 'omics feature selection and multiple data integration
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mixOmics: An R package for 'omics feature selection and multiple data integration

Rohart, Florian ; Gautier, Benoît ; Singh, Amrit ; Lê Cao, Kim-Anh Schneidman, Dina

PLoS computational biology, 2017-11, Vol.13 (11), p.e1005752-e1005752 [Periódico revisado por pares]

United States: Public Library of Science

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Covasim: An agent-based model of COVID-19 dynamics and interventions
Covasim: An agent-based model of COVID-19 dynamics and interventions
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Covasim: An agent-based model of COVID-19 dynamics and interventions

Kerr, Cliff C ; Stuart, Robyn M ; Mistry, Dina ; Abeysuriya, Romesh G ; Rosenfeld, Katherine ; Hart, Gregory R ; Núñez, Rafael C ; Cohen, Jamie A ; Selvaraj, Prashanth ; Hagedorn, Brittany ; George, Lauren ; Jastrzebski, Michal ; Izzo, Amanda S ; Fowler, Greer ; Palmer, Anna ; Delport, Dominic ; Scott, Nick ; Kelly, Sherrie L ; Bennette, Caroline S ; Wagner, Bradley G ; Chang, Stewart T ; Oron, Assaf P ; Wenger, Edward A ; Panovska-Griffiths, Jasmina ; Famulare, Michael ; Klein, Daniel J Marz, Manja

PLoS computational biology, 2021-07, Vol.17 (7), p.e1009149 [Periódico revisado por pares]

San Francisco: Public Library of Science

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4
The effects of soil phosphorus content on plant microbiota are driven by the plant phosphate starvation response
The effects of soil phosphorus content on plant microbiota are driven by the plant phosphate starvation response
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The effects of soil phosphorus content on plant microbiota are driven by the plant phosphate starvation response

Finkel, Omri M ; Salas-González, Isai ; Castrillo, Gabriel ; Spaepen, Stijn ; Law, Theresa F ; Teixeira, Paulo José Pereira Lima ; Jones, Corbin D ; Dangl, Jeffery L Sundaresan, Venkatesan

PLoS biology, 2019-11, Vol.17 (11), p.e3000534-e3000534 [Periódico revisado por pares]

United States: Public Library of Science

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5
BEAST 2: a software platform for Bayesian evolutionary analysis
BEAST 2: a software platform for Bayesian evolutionary analysis
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BEAST 2: a software platform for Bayesian evolutionary analysis

Bouckaert, Remco ; Heled, Joseph ; Kühnert, Denise ; Vaughan, Tim ; Wu, Chieh-Hsi ; Xie, Dong ; Suchard, Marc A ; Rambaut, Andrew ; Drummond, Alexei J Prlic, Andreas

PLoS computational biology, 2014-04, Vol.10 (4), p.e1003537 [Periódico revisado por pares]

United States: Public Library of Science

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6
Unicycler: Resolving bacterial genome assemblies from short and long sequencing reads
Unicycler: Resolving bacterial genome assemblies from short and long sequencing reads
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Unicycler: Resolving bacterial genome assemblies from short and long sequencing reads

Wick, Ryan R ; Judd, Louise M ; Gorrie, Claire L ; Holt, Kathryn E Phillippy, Adam M.

PLoS computational biology, 2017-06, Vol.13 (6), p.e1005595-e1005595 [Periódico revisado por pares]

United States: Public Library of Science

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7
Design of synthetic bacterial communities for predictable plant phenotypes
Design of synthetic bacterial communities for predictable plant phenotypes
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Design of synthetic bacterial communities for predictable plant phenotypes

Herrera Paredes, Sur ; Gao, Tianxiang ; Law, Theresa F ; Finkel, Omri M ; Mucyn, Tatiana ; Teixeira, Paulo José Pereira Lima ; Salas González, Isaí ; Feltcher, Meghan E ; Powers, Matthew J ; Shank, Elizabeth A ; Jones, Corbin D ; Jojic, Vladimir ; Dangl, Jeffery L ; Castrillo, Gabriel Kemen, Eric

PLoS biology, 2018-02, Vol.16 (2), p.e2003962-e2003962 [Periódico revisado por pares]

United States: Public Library of Science

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8
Accurate De Novo Prediction of Protein Contact Map by Ultra-Deep Learning Model
Accurate De Novo Prediction of Protein Contact Map by Ultra-Deep Learning Model
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Accurate De Novo Prediction of Protein Contact Map by Ultra-Deep Learning Model

Wang, Sheng ; Sun, Siqi ; Li, Zhen ; Zhang, Renyu ; Xu, Jinbo Schlessinger, Avner

PLoS computational biology, 2017-01, Vol.13 (1), p.e1005324-e1005324 [Periódico revisado por pares]

United States: Public Library of Science

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9
RESCRIPt: Reproducible sequence taxonomy reference database management
RESCRIPt: Reproducible sequence taxonomy reference database management
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RESCRIPt: Reproducible sequence taxonomy reference database management

Robeson, 2nd, Michael S ; O'Rourke, Devon R ; Kaehler, Benjamin D ; Ziemski, Michal ; Dillon, Matthew R ; Foster, Jeffrey T ; Bokulich, Nicholas A Pertea, Mihaela

PLoS computational biology, 2021-11, Vol.17 (11), p.e1009581 [Periódico revisado por pares]

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10
Orienting the causal relationship between imprecisely measured traits using GWAS summary data
Orienting the causal relationship between imprecisely measured traits using GWAS summary data
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Orienting the causal relationship between imprecisely measured traits using GWAS summary data

Hemani, Gibran ; Tilling, Kate ; Davey Smith, George Li, Jun

PLoS genetics, 2017-11, Vol.13 (11), p.e1007081-e1007081 [Periódico revisado por pares]

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