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CellProfiler 3.0: Next-generation image processing for biology
CellProfiler 3.0: Next-generation image processing for biology
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CellProfiler 3.0: Next-generation image processing for biology

McQuin, Claire ; Goodman, Allen ; Chernyshev, Vasiliy ; Kamentsky, Lee ; Cimini, Beth A ; Karhohs, Kyle W ; Doan, Minh ; Ding, Liya ; Rafelski, Susanne M ; Thirstrup, Derek ; Wiegraebe, Winfried ; Singh, Shantanu ; Becker, Tim ; Caicedo, Juan C ; Carpenter, Anne E Misteli, Tom

PLoS biology, 2018-07, Vol.16 (7), p.e2005970-e2005970 [Periódico revisado por pares]

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Proteome-wide analysis of chaperone-mediated autophagy targeting motifs
Proteome-wide analysis of chaperone-mediated autophagy targeting motifs
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Proteome-wide analysis of chaperone-mediated autophagy targeting motifs

Kirchner, Philipp ; Bourdenx, Mathieu ; Madrigal-Matute, Julio ; Tiano, Simoni ; Diaz, Antonio ; Bartholdy, Boris A ; Will, Britta ; Cuervo, Ana Maria Simonsen, Anne

PLoS biology, 2019-05, Vol.17 (5), p.e3000301-e3000301 [Periódico revisado por pares]

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3
Transcriptomics technologies
Transcriptomics technologies
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Transcriptomics technologies

Lowe, Rohan ; Shirley, Neil ; Bleackley, Mark ; Dolan, Stephen ; Shafee, Thomas

PLoS computational biology, 2017-05, Vol.13 (5), p.e1005457-e1005457 [Periódico revisado por pares]

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4
Peripherally derived macrophages modulate microglial function to reduce inflammation after CNS injury
Peripherally derived macrophages modulate microglial function to reduce inflammation after CNS injury
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Peripherally derived macrophages modulate microglial function to reduce inflammation after CNS injury

Greenhalgh, Andrew D ; Zarruk, Juan G ; Healy, Luke M ; Baskar Jesudasan, Sam J ; Jhelum, Priya ; Salmon, Christopher K ; Formanek, Albert ; Russo, Matthew V ; Antel, Jack P ; McGavern, Dorian B ; McColl, Barry W ; David, Samuel Daneman, Richard

PLoS biology, 2018-10, Vol.16 (10), p.e2005264-e2005264 [Periódico revisado por pares]

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Improved transcriptome assembly using a hybrid of long and short reads with StringTie
Improved transcriptome assembly using a hybrid of long and short reads with StringTie
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Improved transcriptome assembly using a hybrid of long and short reads with StringTie

Shumate, Alaina ; Wong, Brandon ; Pertea, Geo ; Pertea, Mihaela Li, Jinyan

PLoS computational biology, 2022-06, Vol.18 (6), p.e1009730-e1009730 [Periódico revisado por pares]

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Finding, visualizing, and quantifying latent structure across diverse animal vocal repertoires
Finding, visualizing, and quantifying latent structure across diverse animal vocal repertoires
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Finding, visualizing, and quantifying latent structure across diverse animal vocal repertoires

Sainburg, Tim ; Thielk, Marvin ; Gentner, Timothy Q Theunissen, Frédéric E.

PLoS computational biology, 2020-10, Vol.16 (10), p.e1008228-e1008228 [Periódico revisado por pares]

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7
Classical mathematical models for description and prediction of experimental tumor growth
Classical mathematical models for description and prediction of experimental tumor growth
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Classical mathematical models for description and prediction of experimental tumor growth

Benzekry, Sébastien ; Lamont, Clare ; Beheshti, Afshin ; Tracz, Amanda ; Ebos, John M L ; Hlatky, Lynn ; Hahnfeldt, Philip Mac Gabhann, Feilim

PLoS computational biology, 2014-08, Vol.10 (8), p.e1003800-e1003800 [Periódico revisado por pares]

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8
Neural stem cells traffic functional mitochondria via extracellular vesicles
Neural stem cells traffic functional mitochondria via extracellular vesicles
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Neural stem cells traffic functional mitochondria via extracellular vesicles

Peruzzotti-Jametti, Luca ; Bernstock, Joshua D ; Willis, Cory M ; Manferrari, Giulia ; Rogall, Rebecca ; Fernandez-Vizarra, Erika ; Williamson, James C ; Braga, Alice ; van den Bosch, Aletta ; Leonardi, Tommaso ; Krzak, Grzegorz ; Kittel, Ágnes ; Benincá, Cristiane ; Vicario, Nunzio ; Tan, Sisareuth ; Bastos, Carlos ; Bicci, Iacopo ; Iraci, Nunzio ; Smith, Jayden A ; Peacock, Ben ; Muller, Karin H ; Lehner, Paul J ; Buzas, Edit Iren ; Faria, Nuno ; Zeviani, Massimo ; Frezza, Christian ; Brisson, Alain ; Matheson, Nicholas J ; Viscomi, Carlo ; Pluchino, Stefano Storey, Kate G.

PLoS biology, 2021-04, Vol.19 (4), p.e3001166 [Periódico revisado por pares]

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9
Tximeta: Reference sequence checksums for provenance identification in RNA-seq
Tximeta: Reference sequence checksums for provenance identification in RNA-seq
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Tximeta: Reference sequence checksums for provenance identification in RNA-seq

Love, Michael I ; Soneson, Charlotte ; Hickey, Peter F ; Johnson, Lisa K ; Pierce, N Tessa ; Shepherd, Lori ; Morgan, Martin ; Patro, Rob Pertea, Mihaela

PLoS computational biology, 2020-02, Vol.16 (2), p.e1007664 [Periódico revisado por pares]

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Lipid droplet formation in Mycobacterium tuberculosis infected macrophages requires IFN-γ/HIF-1α signaling and supports host defense
Lipid droplet formation in Mycobacterium tuberculosis infected macrophages requires IFN-γ/HIF-1α signaling and supports host defense
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Lipid droplet formation in Mycobacterium tuberculosis infected macrophages requires IFN-γ/HIF-1α signaling and supports host defense

Knight, Matthew ; Braverman, Jonathan ; Asfaha, Kaleb ; Gronert, Karsten ; Stanley, Sarah Salgame, Padmini

PLoS pathogens, 2018-01, Vol.14 (1), p.e1006874-e1006874 [Periódico revisado por pares]

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