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A systematic evaluation of deep learning methods for the prediction of drug synergy in cancer
A systematic evaluation of deep learning methods for the prediction of drug synergy in cancer
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A systematic evaluation of deep learning methods for the prediction of drug synergy in cancer

Baptista, Delora ; Ferreira, Pedro G ; Rocha, Miguel Zhang, Shihua

PLoS computational biology, 2023-03, Vol.19 (3), p.e1010200-e1010200 [Periódico revisado por pares]

United States: Public Library of Science

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2
Reconstructing Three Decades of Land Use and Land Cover Changes in Brazilian Biomes with Landsat Archive and Earth Engine
Reconstructing Three Decades of Land Use and Land Cover Changes in Brazilian Biomes with Landsat Archive and Earth Engine
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Reconstructing Three Decades of Land Use and Land Cover Changes in Brazilian Biomes with Landsat Archive and Earth Engine

Souza, Carlos M. ; Z. Shimbo, Julia ; Rosa, Marcos R. ; Parente, Leandro L. ; A. Alencar, Ane ; Rudorff, Bernardo F. T. ; Hasenack, Heinrich ; Matsumoto, Marcelo ; G. Ferreira, Laerte ; Souza-Filho, Pedro W. M. ; de Oliveira, Sergio W. ; Rocha, Washington F. ; Fonseca, Antônio V. ; Marques, Camila B. ; Diniz, Cesar G. ; Costa, Diego ; Monteiro, Dyeden ; Rosa, Eduardo R. ; Vélez-Martin, Eduardo ; Weber, Eliseu J. ; Lenti, Felipe E. B. ; Paternost, Fernando F. ; Pareyn, Frans G. C. ; Siqueira, João V. ; Viera, José L. ; Neto, Luiz C. Ferreira ; Saraiva, Marciano M. ; Sales, Marcio H. ; Salgado, Moises P. G. ; Vasconcelos, Rodrigo ; Galano, Soltan ; Mesquita, Vinicius V. ; Azevedo, Tasso

Remote sensing (Basel, Switzerland), 2020-09, Vol.12 (17), p.2735 [Periódico revisado por pares]

Basel: MDPI AG

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3
The human transcriptome across tissues and individuals
The human transcriptome across tissues and individuals
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The human transcriptome across tissues and individuals

Melé, Marta ; Ferreira, Pedro G. ; Reverter, Ferran ; DeLuca, David S. ; Monlong, Jean ; Sammeth, Michael ; Young, Taylor R. ; Goldmann, Jakob M ; Pervouchine, Dmitri D. ; Sullivan, Timothy J. ; Johnson, Rory ; Segrè, Ayellet V. ; Djebali, Sarah ; Niarchou, Anastasia ; Wright, Fred A. ; Lappalainen, Tuuli ; Calvo, Miquel ; Getz, Gad ; Dermitzakis, Emmanouil T. ; Ardlie, Kristin G. ; Guigó, Roderic

Science (American Association for the Advancement of Science), 2015-05, Vol.348 (6235), p.660-665 [Periódico revisado por pares]

Washington: American Association for the Advancement of Science

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Drought tolerance conferred to sugarcane by association with Gluconacetobacter diazotrophicus: a transcriptomic view of hormone pathways
Drought tolerance conferred to sugarcane by association with Gluconacetobacter diazotrophicus: a transcriptomic view of hormone pathways
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Drought tolerance conferred to sugarcane by association with Gluconacetobacter diazotrophicus: a transcriptomic view of hormone pathways

Vargas, Lívia ; Santa Brígida, Ailton B ; Mota Filho, José P ; de Carvalho, Thais G ; Rojas, Cristian A ; Vaneechoutte, Dries ; Van Bel, Michiel ; Farrinelli, Laurent ; Ferreira, Paulo C G ; Vandepoele, Klaas ; Hemerly, Adriana S Yang, Haibing

PloS one, 2014-12, Vol.9 (12), p.e114744-e114744 [Periódico revisado por pares]

United States: Public Library of Science

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How to Intervene in the Caries Process: Dentin Caries in Primary Teeth
How to Intervene in the Caries Process: Dentin Caries in Primary Teeth
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How to Intervene in the Caries Process: Dentin Caries in Primary Teeth

Santamaría, Ruth M. ; Abudrya, Mohamed Hassan ; Gül, Gülsün ; Mourad, MHD Said ; Gomez, Grace Felix ; Zandona, Andrea G. Ferreira

Caries research, 2020-12, Vol.54 (4), p.306-323 [Periódico revisado por pares]

Basel, Switzerland: S. Karger AG

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6
Immunoinformatics Design of Multi-Epitope Peptide-Based Vaccine Against Schistosoma mansoni Using Transmembrane Proteins as a Target
Immunoinformatics Design of Multi-Epitope Peptide-Based Vaccine Against Schistosoma mansoni Using Transmembrane Proteins as a Target
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Immunoinformatics Design of Multi-Epitope Peptide-Based Vaccine Against Schistosoma mansoni Using Transmembrane Proteins as a Target

Sanches, Rodrigo C O ; Tiwari, Sandeep ; Ferreira, Laís C G ; Oliveira, Flávio M ; Lopes, Marcelo D ; Passos, Maria J F ; Maia, Eduardo H B ; Taranto, Alex G ; Kato, Rodrigo ; Azevedo, Vasco A C ; Lopes, Debora O

Frontiers in immunology, 2021-03, Vol.12, p.621706-621706 [Periódico revisado por pares]

Switzerland: Frontiers Media S.A

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7
Scalable transcriptomics analysis with Dask: applications in data science and machine learning
Scalable transcriptomics analysis with Dask: applications in data science and machine learning
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Scalable transcriptomics analysis with Dask: applications in data science and machine learning

Moreno, Marta ; Vilaça, Ricardo ; Ferreira, Pedro G

BMC bioinformatics, 2022-11, Vol.23 (1), p.514-514, Article 514 [Periódico revisado por pares]

England: BioMed Central

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8
DL4MicEverywhere: deep learning for microscopy made flexible, shareable and reproducible
DL4MicEverywhere: deep learning for microscopy made flexible, shareable and reproducible
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DL4MicEverywhere: deep learning for microscopy made flexible, shareable and reproducible

Hidalgo-Cenalmor, Iván ; Pylvänäinen, Joanna W ; G Ferreira, Mariana ; Russell, Craig T ; Saguy, Alon ; Arganda-Carreras, Ignacio ; Shechtman, Yoav ; Jacquemet, Guillaume ; Henriques, Ricardo ; Gómez-de-Mariscal, Estibaliz

Nature methods, 2024-06, Vol.21 (6), p.925-927 [Periódico revisado por pares]

United States: Nature Publishing Group

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9
Cell Fate Reprogramming in the Era of Cancer Immunotherapy
Cell Fate Reprogramming in the Era of Cancer Immunotherapy
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Cell Fate Reprogramming in the Era of Cancer Immunotherapy

Zimmermannova, Olga ; Caiado, Inês ; Ferreira, Alexandra G ; Pereira, Carlos-Filipe

Frontiers in immunology, 2021-07, Vol.12, p.714822-714822 [Periódico revisado por pares]

Switzerland: Frontiers Media S.A

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10
Inhibition of Aspergillus fumigatus and Its Biofilm by Pseudomonas aeruginosa Is Dependent on the Source, Phenotype and Growth Conditions of the Bacterium
Inhibition of Aspergillus fumigatus and Its Biofilm by Pseudomonas aeruginosa Is Dependent on the Source, Phenotype and Growth Conditions of the Bacterium
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Inhibition of Aspergillus fumigatus and Its Biofilm by Pseudomonas aeruginosa Is Dependent on the Source, Phenotype and Growth Conditions of the Bacterium

Ferreira, Jose A G ; Penner, John C ; Moss, Richard B ; Haagensen, Janus A J ; Clemons, Karl V ; Spormann, Alfred M ; Nazik, Hasan ; Cohen, Kevin ; Banaei, Niaz ; Carolino, Elisabete ; Stevens, David A Cramer, Robert A.

PloS one, 2015-08, Vol.10 (8), p.e0134692-e0134692 [Periódico revisado por pares]

United States: Public Library of Science

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