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All biology is computational biology
All biology is computational biology
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All biology is computational biology

Markowetz, Florian

PLoS biology, 2017-03, Vol.15 (3), p.e2002050-e2002050 [Periódico revisado por pares]

United States: Public Library of Science

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Applying interpretable machine learning in computational biology—pitfalls, recommendations and opportunities for new developments
Applying interpretable machine learning in computational biology—pitfalls, recommendations and opportunities for new developments
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Applying interpretable machine learning in computational biology—pitfalls, recommendations and opportunities for new developments

Chen, Valerie ; Yang, Muyu ; Cui, Wenbo ; Kim, Joon Sik ; Talwalkar, Ameet ; Ma, Jian

Nature methods, 2024-08, Vol.21 (8), p.1454-1461 [Periódico revisado por pares]

New York: Nature Publishing Group

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3
Reproducible computational biology experiments with SED-ML--the Simulation Experiment Description Markup Language
Reproducible computational biology experiments with SED-ML--the Simulation Experiment Description Markup Language
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Reproducible computational biology experiments with SED-ML--the Simulation Experiment Description Markup Language

Waltemath, Dagmar ; Adams, Richard ; Bergmann, Frank T ; Hucka, Michael ; Kolpakov, Fedor ; Miller, Andrew K ; Moraru, Ion I ; Nickerson, David ; Sahle, Sven ; Snoep, Jacky L ; Le Novère, Nicolas

BMC systems biology, 2011-12, Vol.5 (200), p.198-198, Article 198 [Periódico revisado por pares]

England: BioMed Central Ltd

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4
A practical guide to methods controlling false discoveries in computational biology
A practical guide to methods controlling false discoveries in computational biology
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A practical guide to methods controlling false discoveries in computational biology

Korthauer, Keegan ; Kimes, Patrick K ; Duvallet, Claire ; Reyes, Alejandro ; Subramanian, Ayshwarya ; Teng, Mingxiang ; Shukla, Chinmay ; Alm, Eric J ; Hicks, Stephanie C

Genome Biology, 2019-06, Vol.20 (1), p.118-118, Article 118 [Periódico revisado por pares]

England: BioMed Central

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5
Computational biology: How to catch rare cell types
Computational biology: How to catch rare cell types
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Computational biology: How to catch rare cell types

Wen, Lu ; Tang, Fuchou

Nature (London), 2015-09, Vol.525 (7568), p.197-198 [Periódico revisado por pares]

England

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6
Database Resources of the National Genomics Data Center, China National Center for Bioinformation in 2021
Database Resources of the National Genomics Data Center, China National Center for Bioinformation in 2021
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Database Resources of the National Genomics Data Center, China National Center for Bioinformation in 2021

Bao, Yiming ; Zhao, Wenming ; Li, Yixue ; Song, Shuhui ; Tian, Dongmei ; Gong, Zheng ; Chen, Meili ; Wang, Anke ; Teng, Xufei ; Cui, Ying ; Duan, Guangya ; Shi, Chengmin ; Du, Zhenglin ; Zhang, Yadong ; Hao, Lili ; Jiang, Shuai ; Chen, Hua ; Han, Dali ; Zhang, Tao ; Kang, Wang ; Qu, Jing ; Zhang, Weiqi ; Liu, Guang-Hui ; Liu, Lin ; Zhang, Yang ; Niu, Guangyi ; Zhu, Tongtong ; Liu, Xiaonan ; Chen, Ruru ; Hua, Zhongyi ; Jiang, Chao ; Chen, Ziyuan ; Zhao, Yuyang ; Huang, Luqi ; Yuan, Yuan ; Zhou, Chenfen ; He, Sheng ; Ye, Wei ; Wang, Pengyu ; Ling, Yunchao ; Wang, Qingzhong ; Du, Qiang ; Zong, Wenting ; Kang, Hongen ; Huan, Wendi ; Zhang, Sirui ; Xia, Qiguang ; Fan, Xiaojuan ; Chen, Tingting ; Tang, Bixia ; Zhang, Zhewen ; Kang, Hailong ; Liu, Chang ; Shao, Xueying ; Li, Yanyan ; Kang, Quan ; Hao, Di ; Luo, Huaxia ; Hao, Yajing ; Nie, Zhi ; Yu, Shuhuan ; Zhang, Xiangquan ; Wang, Guodong ; Zhu, Qianghui ; Li, Xin ; Li, Menghua ; Yan, Jun ; Li, Chen ; Wang, Zhennan ; Liu, Yuanming ; Luo, Hong ; Wu, Xiaoyuan ; Zhao, Lianhe ; Zhao, Yi ; Mehmood, Furrukh ; Ali, Amjad ; Saleem, Shoaib ; Zuo, Zhixiang ; Ren, Jian ; Zhang, Xinxin ; Xiao, Yun ; Xue, Yu ; Wu, Wanying ; Ji, Peifeng ; Peng, Di ; Gao, Feng ; Ning, Wanshan ; Lin, Shaofeng ; Liu, Teng ; Yuan, Hao ; Zhang, Yong E ; Tan, Xiaodan ; Zhang, Weizhi ; Wang, Chenwei ; Yang, De-Chang ; Tian, Feng ; Yao, Lan ; Cui, Qinghua ; An, Ni A ; Li, Chuan-Yun

Nucleic acids research, 2021-01, Vol.49 (D1), p.D18-D28 [Periódico revisado por pares]

England: Oxford University Press

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7
The nf-core framework for community-curated bioinformatics pipelines
The nf-core framework for community-curated bioinformatics pipelines
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The nf-core framework for community-curated bioinformatics pipelines

Ewels, Philip A ; Peltzer, Alexander ; Fillinger, Sven ; Patel, Harshil ; Alneberg, Johannes ; Wilm, Andreas ; Garcia, Maxime Ulysse ; Di Tommaso, Paolo ; Nahnsen, Sven

Nature biotechnology, 2020-03, Vol.38 (3), p.276-278 [Periódico revisado por pares]

United States: Nature Publishing Group

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8
Prize-based contests can provide solutions to computational biology problems
Prize-based contests can provide solutions to computational biology problems
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Prize-based contests can provide solutions to computational biology problems

Lakhani, Karim R ; Boudreau, Kevin J ; Loh, Po-Ru ; Backstrom, Lars ; Baldwin, Carliss ; Lonstein, Eric ; Lydon, Mike ; MacCormack, Alan ; Arnaout, Ramy A ; Guinan, Eva C

Nature biotechnology, 2013-02, Vol.31 (2), p.108-111 [Periódico revisado por pares]

United States: Nature Publishing Group

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9
Computational approaches to natural product discovery
Computational approaches to natural product discovery
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Computational approaches to natural product discovery

Medema, Marnix H ; Fischbach, Michael A

Nature chemical biology, 2015-09, Vol.11 (9), p.639-648 [Periódico revisado por pares]

United States: Nature Publishing Group

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10
Toward predictive R-loop computational biology: genome-scale prediction of R-loops reveals their association with complex promoter structures, G-quadruplexes and transcriptionally active enhancers
Toward predictive R-loop computational biology: genome-scale prediction of R-loops reveals their association with complex promoter structures, G-quadruplexes and transcriptionally active enhancers
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Toward predictive R-loop computational biology: genome-scale prediction of R-loops reveals their association with complex promoter structures, G-quadruplexes and transcriptionally active enhancers

Kuznetsov, Vladimir A ; Bondarenko, Vladyslav ; Wongsurawat, Thidathip ; Yenamandra, Surya P ; Jenjaroenpun, Piroon

Nucleic acids research, 2018-09, Vol.46 (15), p.8023-8023 [Periódico revisado por pares]

England: Oxford University Press

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