Abstract 4625: A comprehensive guided workflow for highplex imaging, tissue segmentation, and multiplex cellular phenotyping for tumor microenvironment analysis

O'Neill, Brenna ; Kala, Smriti ; Lim, Sam ; Hupple, Clinton ; Lane, Nina ; Sorensen, Rasmus Norre ; Lyngby, Rasmus A. ; Massaro, Alessandro ; Hussing, Andreas ; Thagaard, Jeppe ; Dore-Hansen, Johan ; Mansfield, James Robert

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Abstract 1708: Novel analysis method for in situ spatial phenotyping of cell populations in multimarker imagery

Schneider, Fabian T. ; Mansfield, James R. ; Massaro, Alessandro S. ; Haastrup, Simon ; Lyngby, Rasmus A. ; Hussing, Andreas ; Hansen, Johan Dore ; Thagaard, Jeppe

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Pitfalls in machine learning-based assessment of tumor-infiltrating lymphocytes in breast cancer: A report of the International Immuno-Oncology Biomarker Working Group on Breast Cancer

Thagaard, Jeppe ; Broeckx, Glenn ; Page, David B ; Jahangir, Chowdhury Arif ; Verbandt, Sara ; Kos, Zuzana ; Gupta, Rajarsi ; Abduljabbar, Khalid ; Acs, Balazs ; Akturk, Guray ; Almeida, Jonas S ; Azmoudeh-Ardalan, Farid ; Badve, Sunil ; Baharun, Nurkhairul Bariyah ; Bellolio, Enrique R ; Bheemaraju, Vydehi ; Blenman, Kim Rm ; Botinelly Mendonça Fujimoto, Luciana ; Burgues, Octavio ; Chon U Cheang, Maggie ; Ciompi, Francesco ; Cooper, Lee Ad ; Coosemans, An ; Corredor, Germán ; Dahl, Anders B ; Dantas Portela, Flavio Luis ; Deman, Frederik ; Demaria, Sandra ; Dudgeon, Sarah N ; Ebstrup, Thomas ; Elghazawy, Mahmoud ; Gallagher, William M ; Grigoriadis, Anita ; Halama, Niels ; Hart, Steven N ; Hartman, Johan ; Hewitt, Stephen ; Hida, Akira I ; Husain, Zaheed ; Hytopoulos, Evangelos ; Irshad, Sheeba ; Janssen, Emiel Am ; Kataoka, Tatsuki R ; Kharidehal, Durga ; Khramtsov, Andrey I ; Kiraz, Umay ; Kirtani, Pawan ; Korski, Konstanty ; Lang-Schwarz, Corinna ; Larsimont, Denis ; Lennerz, Jochen K ; Li, Xiaoxian ; Ly, Amy ; Madabhushi, Anant ; Maley, Sai K ; Manur Narasimhamurthy, Vidya ; Michiels, Stefan ; Minhas, Fayyaz Ul Amir Afsar ; Mittal, Shachi ; Moore, David A ; Mushtaq, Shamim ; Nighat, Hussain ; Papathomas, Thomas ; Pinard, Christopher J ; Pinto-Cardenas, Juan Carlos ; Pruneri, Giancarlo ; Pusztai, Lajos ; Rau, Tilman T ; Ribeiro, Joana M ; Roslind, Anne ; Vincent-Salomon, Anne ; Salto-Tellez, Manuel ; Saltz, Joel ; Scott, Ely ; Siziopikou, Kalliopi P ; Sughayer, Maher A ; Sur, Daniel ; Fineberg, Susan ; Symmans, Fraser ; Tanaka, Sunao ; Taxter, Timothy ; Tejpar, Sabine ; Teuwen, Jonas ; Thompson, E Aubrey ; Tramm, Trine ; Tran, William T ; van der Laak, Jeroen ; van Diest, Paul J ; Verghese, Gregory E ; Viale, Giuseppe ; Vieth, Michael ; Wahab, Noorul ; Walter, Thomas ; Yuan, Yinyin ; Adams, Sylvia ; Bartlett, John ; Savas, Peter ; Loi, Sherene ; Salgado, Roberto ; Specht Stovgaard, Elisabeth

2023-08

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Pitfalls in machine learning-based assessment of tumor-infiltrating lymphocytes in breast cancer: a report of the international immuno-oncology biomarker working group

Thagaard, Jeppe ; Broeckx, Glenn ; Page, David B ; Jahangir, Chowdhury Arif ; Verbandt, Sara ; Kos, Zuzana ; Gupta, Rajarsi ; Abduljabbar, Khalid ; Acosta Haab, Gabriela ; Acs, Balazs ; Akturk, Guray ; Almeida, Jonas S ; Azmoudeh-Ardalan, Farid ; Badve, Sunil ; Baharun, Nurkhairul Bariyah ; Bellolio, Enrique R ; Bheemaraju, Vydehi ; Blenman, Kim RM ; Botinelly Mendonça Fujimoto, Luciana ; Burgues, Octavio ; Chon U Cheang, Maggie ; Ciompi, Francesco ; Coosemans, An ; Corredor, Germán ; Dahl, Anders B ; Dantas Portela, Flavio Luis ; Deman, Frederik ; Demaria, Sandra ; Dudgeon, Sarah N ; Ebstrup, Thomas ; Elghazawy, Mahmoud ; Gallagher, William M ; Grigoriadis, Anita ; Halama, Niels ; Hart, Steven N ; Hartman, Johan ; Hewitt, Stephen ; Hida, Akira I ; Husain, Zaheed ; Hytopoulos, Evangelos ; Irshad, Sheeba ; Janssen, Emiel ; Kataoka, Tatsuki R ; Kharidehal, Durga ; Khramtsov, Andrey I ; Kiraz, Umay ; Kirtani, Pawan ; Korski, Konstanty ; Lang-Schwarz, Corinna ; Larsimont, Denis ; Lennerz, Jochen K ; Li, Xiaoxian ; Ly, Amy ; Madabhushi, Anant ; Maley, Sai K ; Manur Narasimhamurthy, Vidya ; Michiels, Stefan ; Minhas, Fayyaz ul Amir Afsar ; Mittal, Shachi ; Moore, David A ; Mushtaq, Shamim ; Nighat, Hussain ; Papathomas, Thomas ; Pinard, Christopher J ; Pinto-Cardenas, Juan Carlos ; Pruneri, Giancarlo ; Pusztai, Lajos ; Rau, Tilman T ; Ribeiro, Joana M ; Roslind, Anne ; Vincent-Salomon, Anne ; Salto-Tellez, Manuel ; Saltz, Joel ; Scott, Ely ; Siziopikou, Kalliopi P ; Sughayer, Maher A ; Sur, Daniel ; Fineberg, Susan ; Symmans, Fraser ; Tanaka, Sunao ; Taxter, Timothy ; Tejpar, Sabine ; Teuwen, Jonas ; Thompson, E Aubrey ; Tramm, Trine ; Tran, William T ; van der Laak, Jeroen ; van Diest, Paul J ; Verghese, Gregory E ; Viale, Giuseppe ; Vieth, Michael ; Wahab, Noorul ; Walter, Thomas ; Yuan, Yinyin ; Adams, Sylvia ; Bartlett, John ; Savas, Peter ; Loi, Sherene ; Salgado, Roberto ; Specht Stovgaard, Elisabeth

Wiley 2023

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Pitfalls in machine learning-based assessment of tumor-infiltrating lymphocytes in breast cancer: a report of the international immuno-oncology biomarker working group

Thagaard, Jeppe ; Broeckx, Glenn ; Page, David B ; Jahangir, Chowdhury Arif ; Verbandt, Sara ; Kos, Zuzana ; Gupta, Rajarsi ; Abduljabbar, Khalid ; Acosta Haab, Gabriela ; Acs, Balazs ; Akturk, Guray ; Almeida, Jonas S ; Azmoudeh-Ardalan, Farid ; Badve, Sunil ; Baharun, Nurkhairul Bariyah ; Bellolio, Enrique R ; Bheemaraju, Vydehi ; Blenman, Kim RM ; Botinelly Mendonça Fujimoto, Luciana ; Burgues, Octavio ; Chon U Cheang, Maggie ; Ciompi, Francesco ; Coosemans, An ; Corredor, Germán ; Dahl, Anders B ; Dantas Portela, Flavio Luis ; Deman, Frederik ; Demaria, Sandra ; Dudgeon, Sarah N ; Ebstrup, Thomas ; Elghazawy, Mahmoud ; Gallagher, William M ; Grigoriadis, Anita ; Halama, Niels ; Hart, Steven N ; Hartman, Johan ; Hewitt, Stephen ; Hida, Akira I ; Husain, Zaheed ; Hytopoulos, Evangelos ; Irshad, Sheeba ; Janssen, Emiel ; Kataoka, Tatsuki R ; Kharidehal, Durga ; Khramtsov, Andrey I ; Kiraz, Umay ; Kirtani, Pawan ; Korski, Konstanty ; Lang-Schwarz, Corinna ; Larsimont, Denis ; Lennerz, Jochen K ; Li, Xiaoxian ; Ly, Amy ; Madabhushi, Anant ; Maley, Sai K ; Manur Narasimhamurthy, Vidya ; Michiels, Stefan ; Minhas, Fayyaz ul Amir Afsar ; Mittal, Shachi ; Moore, David A ; Mushtaq, Shamim ; Nighat, Hussain ; Papathomas, Thomas ; Pinard, Christopher J ; Pinto-Cardenas, Juan Carlos ; Pruneri, Giancarlo ; Pusztai, Lajos ; Rau, Tilman T ; Ribeiro, Joana M ; Roslind, Anne ; Vincent-Salomon, Anne ; Salto-Tellez, Manuel ; Saltz, Joel ; Scott, Ely ; Siziopikou, Kalliopi P ; Sughayer, Maher A ; Sur, Daniel ; Fineberg, Susan ; Symmans, Fraser ; Tanaka, Sunao ; Taxter, Timothy ; Tejpar, Sabine ; Teuwen, Jonas ; Thompson, E Aubrey ; Tramm, Trine ; Tran, William T ; van der Laak, Jeroen ; van Diest, Paul J ; Verghese, Gregory E ; Viale, Giuseppe ; Vieth, Michael ; Wahab, Noorul ; Walter, Thomas ; Yuan, Yinyin ; Adams, Sylvia ; Bartlett, John ; Savas, Peter ; Loi, Sherene ; Salgado, Roberto ; Specht Stovgaard, Elisabeth

Wiley 2023

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Disentangling type 2 diabetes and metformin treatment signatures in the human gut microbiota

Forslund, Kristoffer ; Hildebrand, Falk ; Nielsen, Trine ; Falony, Gwen ; Le Chatelier, Emmanuelle ; Sunagawa, Shinichi ; Prifti, Edi ; Vieira-Silva, Sara ; Gudmundsdottir, Valborg ; Pedersen, Helle K ; Arumugam, Manimozhiyan ; Kristiansen, Karsten ; Voigt, Anita Yvonne ; Vestergaard, Henrik ; Hercog, Rajna ; Costea, Paul Igor ; Kultima, Jens Roat ; Li, Junhua ; Jørgensen, Torben ; Levenez, Florence ; Dore, Joël ; Nielsen, H Bjørn ; Brunak, Søren ; Raes, Jeroen ; Hansen, Torben ; Wang, Jun ; Ehrlich, S Dusko ; Bork, Peer ; Pedersen, Oluf

England: Nature Publishing Group

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Human gut microbes impact host serum metabolome and insulin sensitivity

Pedersen, Helle Krogh ; Gudmundsdottir, Valborg ; Nielsen, Henrik Bjørn ; Hyotylainen, Tuulia ; Nielsen, Trine ; Jensen, Benjamin A H ; Forslund, Kristoffer ; Hildebrand, Falk ; Prifti, Edi ; Falony, Gwen ; Le Chatelier, Emmanuelle ; Levenez, Florence ; Doré, Joel ; Mattila, Ismo ; Plichta, Damian R ; Pöhö, Päivi ; Hellgren, Lars I ; Arumugam, Manimozhiyan ; Sunagawa, Shinichi ; Vieira-Silva, Sara ; Jørgensen, Torben ; Holm, Jacob Bak ; Trošt, Kajetan ; Kristiansen, Karsten ; Brix, Susanne ; Raes, Jeroen ; Wang, Jun ; Hansen, Torben ; Bork, Peer ; Brunak, Søren ; Oresic, Matej ; Ehrlich, S Dusko ; Pedersen, Oluf

England: Nature Publishing Group

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Richness of human gut microbiome correlates with metabolic markers

Le Chatelier, Emmanuelle ; Nielsen, Trine ; Qin, Junjie ; Prifti, Edi ; Hildebrand, Falk ; Falony, Gwen ; Almeida, Mathieu ; Arumugam, Manimozhiyan ; Batto, Jean-Michel ; Kennedy, Sean ; Leonard, Pierre ; Li, Junhua ; Burgdorf, Kristoffer ; Grarup, Niels ; Jørgensen, Torben ; Brandslund, Ivan ; Nielsen, Henrik Bjørn ; Juncker, Agnieszka S ; Bertalan, Marcelo ; Levenez, Florence ; Pons, Nicolas ; Rasmussen, Simon ; Sunagawa, Shinichi ; Tap, Julien ; Tims, Sebastian ; Zoetendal, Erwin G ; Brunak, Søren ; Clément, Karine ; Doré, Joël ; Kleerebezem, Michiel ; Kristiansen, Karsten ; Renault, Pierre ; Sicheritz-Ponten, Thomas ; de Vos, Willem M ; Zucker, Jean-Daniel ; Raes, Jeroen ; Hansen, Torben ; Bork, Peer ; Wang, Jun ; Ehrlich, S Dusko ; Pedersen, Oluf

England: Nature Publishing Group

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Identification and assembly of genomes and genetic elements in complex metagenomic samples without using reference genomes

Nielsen, H Bjørn ; Almeida, Mathieu ; Juncker, Agnieszka Sierakowska ; Rasmussen, Simon ; Li, Junhua ; Sunagawa, Shinichi ; Plichta, Damian R ; Gautier, Laurent ; Pedersen, Anders G ; Le Chatelier, Emmanuelle ; Pelletier, Eric ; Bonde, Ida ; Nielsen, Trine ; Manichanh, Chaysavanh ; Arumugam, Manimozhiyan ; Batto, Jean-Michel ; Quintanilha Dos Santos, Marcelo B ; Blom, Nikolaj ; Borruel, Natalia ; Burgdorf, Kristoffer S ; Boumezbeur, Fouad ; Casellas, Francesc ; Doré, Joël ; Dworzynski, Piotr ; Guarner, Francisco ; Hansen, Torben ; Hildebrand, Falk ; Kaas, Rolf S ; Kennedy, Sean ; Kristiansen, Karsten ; Kultima, Jens Roat ; Léonard, Pierre ; Levenez, Florence ; Lund, Ole ; Moumen, Bouziane ; Le Paslier, Denis ; Pons, Nicolas ; Pedersen, Oluf ; Prifti, Edi ; Qin, Junjie ; Raes, Jeroen ; Sørensen, Søren ; Tap, Julien ; Tims, Sebastian ; Ussery, David W ; Yamada, Takuji ; Renault, Pierre ; Sicheritz-Ponten, Thomas ; Bork, Peer ; Wang, Jun ; Brunak, Søren ; Ehrlich, S Dusko

United States: Nature Publishing Group

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An integrated catalog of reference genes in the human gut microbiome

Li, Junhua ; Jia, Huijue ; Cai, Xianghang ; Zhong, Huanzi ; Feng, Qiang ; Sunagawa, Shinichi ; Arumugam, Manimozhiyan ; Kultima, Jens Roat ; Prifti, Edi ; Nielsen, Trine ; Juncker, Agnieszka Sierakowska ; Manichanh, Chaysavanh ; Chen, Bing ; Zhang, Wenwei ; Levenez, Florence ; Wang, Juan ; Xu, Xun ; Xiao, Liang ; Liang, Suisha ; Zhang, Dongya ; Zhang, Zhaoxi ; Chen, Weineng ; Zhao, Hailong ; Al-Aama, Jumana Yousuf ; Edris, Sherif ; Yang, Huanming ; Wang, Jian ; Hansen, Torben ; Nielsen, Henrik Bjørn ; Brunak, Søren ; Kristiansen, Karsten ; Guarner, Francisco ; Pedersen, Oluf ; Doré, Joel ; Ehrlich, S Dusko ; Bork, Peer ; Wang, Jun

United States: Nature Publishing Group

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