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1
High‐accuracy refinement using Rosetta in CASP13
High‐accuracy refinement using Rosetta in CASP13
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High‐accuracy refinement using Rosetta in CASP13

Park, Hahnbeom ; Lee, Gyu Rie ; Kim, David E. ; Anishchenko, Ivan ; Cong, Qian ; Baker, David

Proteins, structure, function, and bioinformatics, 2019-12, Vol.87 (12), p.1276-1282 [Periódico revisado por pares]

Hoboken, USA: John Wiley & Sons, Inc

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2
Sampling and scoring: A marriage made in heaven
Sampling and scoring: A marriage made in heaven
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Sampling and scoring: A marriage made in heaven

Vajda, Sandor ; Hall, David R. ; Kozakov, Dima

Proteins, structure, function, and bioinformatics, 2013-11, Vol.81 (11), p.1874-1884 [Periódico revisado por pares]

United States: Blackwell Publishing Ltd

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3
A Hybrid Cuckoo Search and Differential Evolution Approach to Protein⁻Ligand Docking
A Hybrid Cuckoo Search and Differential Evolution Approach to Protein⁻Ligand Docking
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A Hybrid Cuckoo Search and Differential Evolution Approach to Protein⁻Ligand Docking

Lin, Hang ; Siu, Shirley W I

International journal of molecular sciences, 2018-10, Vol.19 (10), p.3181 [Periódico revisado por pares]

Switzerland: MDPI

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4
PSOVina: The hybrid particle swarm optimization algorithm for protein–ligand docking
PSOVina: The hybrid particle swarm optimization algorithm for protein–ligand docking
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PSOVina: The hybrid particle swarm optimization algorithm for protein–ligand docking

Ng, Marcus C. K ; Fong, Simon ; Siu, Shirley W. I

Journal of bioinformatics and computational biology, 2015-06, Vol.13 (3), p.1541007-1-1541007-18 [Periódico revisado por pares]

Singapore: World Scientific Publishing Co. Pte., Ltd

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5
Development of a new physics-based internal coordinate mechanics force field and its application to protein loop modeling
Development of a new physics-based internal coordinate mechanics force field and its application to protein loop modeling
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Development of a new physics-based internal coordinate mechanics force field and its application to protein loop modeling

Arnautova, Yelena A. ; Abagyan, Ruben A. ; Totrov, Maxim

Proteins, structure, function, and bioinformatics, 2011-02, Vol.79 (2), p.477-498 [Periódico revisado por pares]

Hoboken: Wiley Subscription Services, Inc., A Wiley Company

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6
Targeted conformational search with map-restrained self-guided Langevin dynamics: application to flexible fitting into electron microscopic density maps
Targeted conformational search with map-restrained self-guided Langevin dynamics: application to flexible fitting into electron microscopic density maps
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Targeted conformational search with map-restrained self-guided Langevin dynamics: application to flexible fitting into electron microscopic density maps

Wu, Xiongwu ; Subramaniam, Sriram ; Case, David A ; Wu, Katherine W ; Brooks, Bernard R

Journal of structural biology, 2013-09, Vol.183 (3), p.429-440 [Periódico revisado por pares]

United States

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7
Improving computational modeling coupled with ion mobility-mass spectrometry data for efficient drug metabolite structural determination
Improving computational modeling coupled with ion mobility-mass spectrometry data for efficient drug metabolite structural determination
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Improving computational modeling coupled with ion mobility-mass spectrometry data for efficient drug metabolite structural determination

Ivashchenko, Dmytro A. ; Cerqueira, Nuno M.F.S.A. ; Magalhães, Alexandre L.

Structural chemistry, 2021, Vol.32 (5), p.1993-2005 [Periódico revisado por pares]

New York: Springer US

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8
Algorithms for protein design
Algorithms for protein design
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Algorithms for protein design

Talluri, Sekhar

Advances in protein chemistry and structural biology, 2022, Vol.130, p.1-38 [Periódico revisado por pares]

Netherlands

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9
Efficiency of tabu-search-based conformational search algorithms
Efficiency of tabu-search-based conformational search algorithms
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Efficiency of tabu-search-based conformational search algorithms

Grebner, Christoph ; Becker, Johannes ; Stepanenko, Svetlana ; Engels, Bernd

Journal of computational chemistry, 2011-07, Vol.32 (10), p.2245-2253 [Periódico revisado por pares]

Hoboken: Wiley Subscription Services, Inc., A Wiley Company

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10
GRID: A high-resolution protein structure refinement algorithm
GRID: A high-resolution protein structure refinement algorithm
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GRID: A high-resolution protein structure refinement algorithm

Chitsaz, Mohsen ; Mayo, Stephen L.

Journal of computational chemistry, 2013-03, Vol.34 (6), p.445-450 [Periódico revisado por pares]

Hoboken: Wiley Subscription Services, Inc., A Wiley Company

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