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1
Protein homology model refinement by large-scale energy optimization
Protein homology model refinement by large-scale energy optimization
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Protein homology model refinement by large-scale energy optimization

Park, Hahnbeom ; Ovchinnikov, Sergey ; Kim, David E. ; DiMaio, Frank ; Baker, David

Proceedings of the National Academy of Sciences - PNAS, 2018-03, Vol.115 (12), p.3054-3059 [Periódico revisado por pares]

United States: National Academy of Sciences

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2
Investigating Protein–Peptide Interactions Using the Schrödinger Computational Suite
Investigating Protein–Peptide Interactions Using the Schrödinger Computational Suite
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Investigating Protein–Peptide Interactions Using the Schrödinger Computational Suite

Bhachoo, Jas ; Beuming, Thijs

Methods in molecular biology (Clifton, N.J.), 2017, Vol.1561, p.235-254

New York, NY: Springer New York

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3
High‐accuracy refinement using Rosetta in CASP13
High‐accuracy refinement using Rosetta in CASP13
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Artigo 		Adicionar ao Meu Espaço

High‐accuracy refinement using Rosetta in CASP13

Park, Hahnbeom ; Lee, Gyu Rie ; Kim, David E. ; Anishchenko, Ivan ; Cong, Qian ; Baker, David

Proteins, structure, function, and bioinformatics, 2019-12, Vol.87 (12), p.1276-1282 [Periódico revisado por pares]

Hoboken, USA: John Wiley & Sons, Inc

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4
Sampling and scoring: A marriage made in heaven
Sampling and scoring: A marriage made in heaven
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Sampling and scoring: A marriage made in heaven

Vajda, Sandor ; Hall, David R. ; Kozakov, Dima

Proteins, structure, function, and bioinformatics, 2013-11, Vol.81 (11), p.1874-1884 [Periódico revisado por pares]

United States: Blackwell Publishing Ltd

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5
PSOVina: The hybrid particle swarm optimization algorithm for protein–ligand docking
PSOVina: The hybrid particle swarm optimization algorithm for protein–ligand docking
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PSOVina: The hybrid particle swarm optimization algorithm for protein–ligand docking

Ng, Marcus C. K ; Fong, Simon ; Siu, Shirley W. I

Journal of bioinformatics and computational biology, 2015-06, Vol.13 (3), p.1541007-1-1541007-18 [Periódico revisado por pares]

Singapore: World Scientific Publishing Co. Pte., Ltd

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6
Recent advances in automated protein design and its future challenges
Recent advances in automated protein design and its future challenges
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Artigo 		Adicionar ao Meu Espaço

Recent advances in automated protein design and its future challenges

Setiawan, Dani ; Brender, Jeffrey ; Zhang, Yang

Expert opinion on drug discovery, 2018-07, Vol.13 (7), p.587-604 [Periódico revisado por pares]

England

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7
Generalized ensemble methods for de novo structure prediction
Generalized ensemble methods for de novo structure prediction
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Generalized ensemble methods for de novo structure prediction

Shmygelska, Alena ; Levitt, Michael

Proceedings of the National Academy of Sciences - PNAS, 2009-02, Vol.106 (5), p.1415-1420 [Periódico revisado por pares]

United States: National Academy of Sciences

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8
Probabilistic Search and Energy Guidance for Biased Decoy Sampling in Ab Initio Protein Structure Prediction
Probabilistic Search and Energy Guidance for Biased Decoy Sampling in Ab Initio Protein Structure Prediction
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Probabilistic Search and Energy Guidance for Biased Decoy Sampling in Ab Initio Protein Structure Prediction

Molloy, Kevin ; Saleh, Sameh ; Shehu, Amarda

IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics, 2013-09, Vol.10 (5), p.1162-1175 [Periódico revisado por pares]

United States: IEEE

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9
GRID: A high-resolution protein structure refinement algorithm
GRID: A high-resolution protein structure refinement algorithm
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GRID: A high-resolution protein structure refinement algorithm

Chitsaz, Mohsen ; Mayo, Stephen L.

Journal of computational chemistry, 2013-03, Vol.34 (6), p.445-450 [Periódico revisado por pares]

Hoboken: Wiley Subscription Services, Inc., A Wiley Company

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10
Conformational analysis of a modified RGD adhesive sequence
Conformational analysis of a modified RGD adhesive sequence
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Conformational analysis of a modified RGD adhesive sequence

Triguero, Jordi ; Zanuy, David ; Alemán, Carlos

Journal of peptide science, 2017-02, Vol.23 (2), p.172-181 [Periódico revisado por pares]

England: Wiley Subscription Services, Inc

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