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IDBA-UD: a de novo assembler for single-cell and metagenomic sequencing data with highly uneven depth
IDBA-UD: a de novo assembler for single-cell and metagenomic sequencing data with highly uneven depth
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IDBA-UD: a de novo assembler for single-cell and metagenomic sequencing data with highly uneven depth

YU PENG ; LEUNG, Henry C. M ; YIU, S. M ; CHIN, Francis Y. L

Bioinformatics (Oxford, England), 2012-06, Vol.28 (11), p.1420-1428 [Periódico revisado por pares]

Oxford: Oxford University Press

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CD-HIT: accelerated for clustering the next-generation sequencing data
CD-HIT: accelerated for clustering the next-generation sequencing data
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CD-HIT: accelerated for clustering the next-generation sequencing data

Fu, Limin ; Niu, Beifang ; Zhu, Zhengwei ; Wu, Sitao ; Li, Weizhong

Bioinformatics, 2012-12, Vol.28 (23), p.3150-3152 [Periódico revisado por pares]

Oxford: Oxford University Press

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GenAlEx 6.5: genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research—an update
GenAlEx 6.5: genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research—an update
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GenAlEx 6.5: genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research—an update

PEAKALL, Rod ; SMOUSE, Peter E

Bioinformatics (Oxford, England), 2012-10, Vol.28 (19), p.2537-2539 [Periódico revisado por pares]

Oxford: Oxford University Press

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Geneious Basic: An integrated and extendable desktop software platform for the organization and analysis of sequence data
Geneious Basic: An integrated and extendable desktop software platform for the organization and analysis of sequence data
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Geneious Basic: An integrated and extendable desktop software platform for the organization and analysis of sequence data

KEARSE, Matthew ; MOIR, Richard ; THIERER, Tobias ; ASHTON, Bruce ; MEINTJES, Peter ; DRUMMOND, Alexei ; WILSON, Amy ; STONES-HAVAS, Steven ; CHEUNG, Matthew ; STURROCK, Shane ; BUXTON, Simon ; COOPER, Alex ; MARKOWITZ, Sidney ; DURAN, Chris

Bioinformatics (Oxford, England), 2012-06, Vol.28 (12), p.1647-1649 [Periódico revisado por pares]

Oxford: Oxford University Press

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SortMeRNA: fast and accurate filtering of ribosomal RNAs in metatranscriptomic data
SortMeRNA: fast and accurate filtering of ribosomal RNAs in metatranscriptomic data
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SortMeRNA: fast and accurate filtering of ribosomal RNAs in metatranscriptomic data

KOPYLOVA, Evguenia ; NOE, Laurent ; TOUZET, Hélène

Bioinformatics, 2012-12, Vol.28 (24), p.3211-3217 [Periódico revisado por pares]

Oxford: Oxford University Press

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SINA: Accurate high-throughput multiple sequence alignment of ribosomal RNA genes
SINA: Accurate high-throughput multiple sequence alignment of ribosomal RNA genes
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SINA: Accurate high-throughput multiple sequence alignment of ribosomal RNA genes

PRUESSE, Elmar ; PEPLIES, Jörg ; GLÖCKNER, Frank Oliver

Bioinformatics, 2012-07, Vol.28 (14), p.1823-1829 [Periódico revisado por pares]

Oxford: Oxford University Press

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A high-performance computing toolset for relatedness and principal component analysis of SNP data
A high-performance computing toolset for relatedness and principal component analysis of SNP data
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A high-performance computing toolset for relatedness and principal component analysis of SNP data

XIUWEN ZHENG ; LEVINE, David ; SHEN, Jess ; GOGARTEN, Stephanie M ; LAURIE, Cathy ; WEIR, Bruce S

Bioinformatics, 2012-12, Vol.28 (24), p.3326-3328 [Periódico revisado por pares]

Oxford: Oxford University Press

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FLASH: fast length adjustment of short reads to improve genome assemblies
FLASH: fast length adjustment of short reads to improve genome assemblies
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FLASH: fast length adjustment of short reads to improve genome assemblies

Mago, Tanja ; Salzberg, Steven L

Bioinformatics, 2011-11, Vol.27 (21), p.2957-2963 [Periódico revisado por pares]

Oxford: Oxford University Press

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9
The sva package for removing batch effects and other unwanted variation in high-throughput experiments
The sva package for removing batch effects and other unwanted variation in high-throughput experiments
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The sva package for removing batch effects and other unwanted variation in high-throughput experiments

LEEK, Jeffrey T ; EVAN JOHNSON, W ; PARKER, Hilary S ; JAFFE, Andrew E ; STOREY, John D

Bioinformatics (Oxford, England), 2012-03, Vol.28 (6), p.882-883 [Periódico revisado por pares]

Oxford: Oxford University Press

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UCHIME improves sensitivity and speed of chimera detection
UCHIME improves sensitivity and speed of chimera detection
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UCHIME improves sensitivity and speed of chimera detection

Edgar, Robert C ; Haas, Brian J ; Clemente, Jose C ; Quince, Christopher ; Knight, Rob

Bioinformatics, 2011-08, Vol.27 (16), p.2194-2200 [Periódico revisado por pares]

Oxford: Oxford University Press

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