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1
Assessing the Accuracy of the SIRAH Force Field to Model DNA at Coarse Grain Level
Assessing the Accuracy of the SIRAH Force Field to Model DNA at Coarse Grain Level
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Assessing the Accuracy of the SIRAH Force Field to Model DNA at Coarse Grain Level

Dans, Pablo D. ; Darré, Leonardo ; Machado, Matías R. ; Zeida, Ari ; Brandner, Astrid F. ; Pantano, Sergio Almeida, Nalvo F. ; Setubal, João C.

Advances in Bioinformatics and Computational Biology, p.71-81 [Periódico revisado por pares]

Cham: Springer International Publishing

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2
The Trouble with Long-Range Base Pairs in RNA Folding
The Trouble with Long-Range Base Pairs in RNA Folding
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Ata de Congresso 		Adicionar ao Meu Espaço

The Trouble with Long-Range Base Pairs in RNA Folding

Amman, Fabian ; Bernhart, Stephan H. ; Doose, Gero ; Hofacker, Ivo L. ; Qin, Jing ; Stadler, Peter F. ; Will, Sebastian Almeida, Nalvo F. ; Setubal, João C.

Advances in Bioinformatics and Computational Biology, p.1-11 [Periódico revisado por pares]

Cham: Springer International Publishing

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3
How to Multiply Dynamic Programming Algorithms
How to Multiply Dynamic Programming Algorithms
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How to Multiply Dynamic Programming Algorithms

Höner zu Siederdissen, Christian ; Hofacker, Ivo L. ; Stadler, Peter F. Almeida, Nalvo F. ; Setubal, João C.

Advances in Bioinformatics and Computational Biology, p.82-93 [Periódico revisado por pares]

Cham: Springer International Publishing

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4
MSA-GPU: Exact Multiple Sequence Alignment Using GPU
MSA-GPU: Exact Multiple Sequence Alignment Using GPU
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MSA-GPU: Exact Multiple Sequence Alignment Using GPU

Sundfeld, Daniel ; de Melo, Alba C. M. A. Almeida, Nalvo F. ; Setubal, João C.

Advances in Bioinformatics and Computational Biology, p.47-58 [Periódico revisado por pares]

Cham: Springer International Publishing

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5
Random Forest and Gene Networks for Association of SNPs to Alzheimer’s Disease
Random Forest and Gene Networks for Association of SNPs to Alzheimer’s Disease
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Random Forest and Gene Networks for Association of SNPs to Alzheimer’s Disease

Araújo, Gilderlanio S. ; Souza, Manuela R. B. ; Oliveira, João Ricardo M. ; Costa, Ivan G. Almeida, Nalvo F. ; Setubal, João C.

Advances in Bioinformatics and Computational Biology, p.104-115 [Periódico revisado por pares]

Cham: Springer International Publishing

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6
Influence of Scaffold Stability and Electrostatics on Top7-Based Engineered Helical HIV-1 Epitopes
Influence of Scaffold Stability and Electrostatics on Top7-Based Engineered Helical HIV-1 Epitopes
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Influence of Scaffold Stability and Electrostatics on Top7-Based Engineered Helical HIV-1 Epitopes

Viana, Isabelle F. T. ; Dhalia, Rafael ; Krieger, Marco A. ; Marques, Ernesto T. A. ; Lins, Roberto D. Almeida, Nalvo F. ; Setubal, João C.

Advances in Bioinformatics and Computational Biology, p.94-103 [Periódico revisado por pares]

Cham: Springer International Publishing

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7
On the 1.375-Approximation Algorithm for Sorting by Transpositions in O(n logn) Time
On the 1.375-Approximation Algorithm for Sorting by Transpositions in O(n logn) Time
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On the 1.375-Approximation Algorithm for Sorting by Transpositions in O(n logn) Time

Cunha, Luís Felipe I. ; Kowada, Luis Antonio B. ; de A. Hausen, Rodrigo ; de Figueiredo, Celina M. H. Almeida, Nalvo F. ; Setubal, João C.

Advances in Bioinformatics and Computational Biology, p.126-135 [Periódico revisado por pares]

Cham: Springer International Publishing

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8
Restricted DCJ-Indel Model Revisited
Restricted DCJ-Indel Model Revisited
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Ata de Congresso 		Adicionar ao Meu Espaço

Restricted DCJ-Indel Model Revisited

Braga, Marília D. V. ; Stoye, Jens Almeida, Nalvo F. ; Setubal, João C.

Advances in Bioinformatics and Computational Biology, p.36-46 [Periódico revisado por pares]

Cham: Springer International Publishing

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9
Inference of Genetic Regulatory Networks Using an Estimation of Distribution Algorithm
Inference of Genetic Regulatory Networks Using an Estimation of Distribution Algorithm
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Inference of Genetic Regulatory Networks Using an Estimation of Distribution Algorithm

Salvá, Thyago ; Emmendorfer, Leonardo R. ; Werhli, Adriano V. Almeida, Nalvo F. ; Setubal, João C.

Advances in Bioinformatics and Computational Biology, p.148-159 [Periódico revisado por pares]

Cham: Springer International Publishing

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10
A Pipeline to Characterize Virulence Factors in Mycobacterium Massiliense Genome
A Pipeline to Characterize Virulence Factors in Mycobacterium Massiliense Genome
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A Pipeline to Characterize Virulence Factors in Mycobacterium Massiliense Genome

Menegói, Guilherme ; Raiol, Tainá ; de Araújo Oliveira, João Victor ; de Oliveira Sandes, Edans Flávius ; de Melo, Alba Cristina Magalhães Alves ; Maranhão, Andréa Queiroz ; Silva-Pereira, Ildinete ; Bocca, Anamélia Lorenzetti ; Junqueira-Kipnis, Ana Paula ; Walter, Maria Emília M. T. ; Kipnis, André ; de Macedo Brígido, Marcelo Almeida, Nalvo F. ; Setubal, João C.

Advances in Bioinformatics and Computational Biology, p.202-213 [Periódico revisado por pares]

Cham: Springer International Publishing

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