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Computational analysis of cell-to-cell heterogeneity in single-cell RNA-sequencing data reveals hidden subpopulations of cells
Computational analysis of cell-to-cell heterogeneity in single-cell RNA-sequencing data reveals hidden subpopulations of cells
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Computational analysis of cell-to-cell heterogeneity in single-cell RNA-sequencing data reveals hidden subpopulations of cells

Buettner, Florian ; Natarajan, Kedar N ; Casale, F Paolo ; Proserpio, Valentina ; Scialdone, Antonio ; Theis, Fabian J ; Teichmann, Sarah A ; Marioni, John C ; Stegle, Oliver

Nature biotechnology, 2015-02, Vol.33 (2), p.155-160 [Periódico revisado por pares]

United States: Nature Publishing Group

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Classification of low quality cells from single-cell RNA-seq data
Classification of low quality cells from single-cell RNA-seq data
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Classification of low quality cells from single-cell RNA-seq data

Ilicic, Tomislav ; Kim, Jong Kyoung ; Kolodziejczyk, Aleksandra A ; Bagger, Frederik Otzen ; McCarthy, Davis James ; Marioni, John C ; Teichmann, Sarah A

Genome Biology, 2016-02, Vol.17 (1), p.29-29, Article 29 [Periódico revisado por pares]

England: BioMed Central

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Heterogeneity in Oct4 and Sox2 Targets Biases Cell Fate in 4-Cell Mouse Embryos
Heterogeneity in Oct4 and Sox2 Targets Biases Cell Fate in 4-Cell Mouse Embryos
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Heterogeneity in Oct4 and Sox2 Targets Biases Cell Fate in 4-Cell Mouse Embryos

Goolam, Mubeen ; Scialdone, Antonio ; Graham, Sarah J.L. ; Macaulay, Iain C. ; Jedrusik, Agnieszka ; Hupalowska, Anna ; Voet, Thierry ; Marioni, John C. ; Zernicka-Goetz, Magdalena

Cell, 2016-03, Vol.165 (1), p.61-74 [Periódico revisado por pares]

United States: Elsevier Inc

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High-throughput spatial mapping of single-cell RNA-seq data to tissue of origin
High-throughput spatial mapping of single-cell RNA-seq data to tissue of origin
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High-throughput spatial mapping of single-cell RNA-seq data to tissue of origin

Achim, Kaia ; Pettit, Jean-Baptiste ; Saraiva, Luis R ; Gavriouchkina, Daria ; Larsson, Tomas ; Arendt, Detlev ; Marioni, John C

Nature biotechnology, 2015-05, Vol.33 (5), p.503-509 [Periódico revisado por pares]

United States: Nature Publishing Group

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scNMT-seq enables joint profiling of chromatin accessibility DNA methylation and transcription in single cells
scNMT-seq enables joint profiling of chromatin accessibility DNA methylation and transcription in single cells
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scNMT-seq enables joint profiling of chromatin accessibility DNA methylation and transcription in single cells

Clark, Stephen J ; Argelaguet, Ricard ; Kapourani, Chantriolnt-Andreas ; Stubbs, Thomas M ; Lee, Heather J ; Alda-Catalinas, Celia ; Krueger, Felix ; Sanguinetti, Guido ; Kelsey, Gavin ; Marioni, John C ; Stegle, Oliver ; Reik, Wolf

Nature communications, 2018-02, Vol.9 (1), p.781-9, Article 781 [Periódico revisado por pares]

England: Nature Publishing Group

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Intratumor heterogeneity in human glioblastoma reflects cancer evolutionary dynamics
Intratumor heterogeneity in human glioblastoma reflects cancer evolutionary dynamics
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Intratumor heterogeneity in human glioblastoma reflects cancer evolutionary dynamics

Sottoriva, Andrea ; Spiteri, Inmaculada ; Piccirillo, Sara G. M. ; Touloumis, Anestis ; Collins, V. Peter ; Marioni, John C. ; Curtis, Christina ; Watts, Colin ; Tavaré, Simon

Proceedings of the National Academy of Sciences - PNAS, 2013-03, Vol.110 (10), p.4009-4014 [Periódico revisado por pares]

United States: National Academy of Sciences

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Tools for mapping high-throughput sequencing data
Tools for mapping high-throughput sequencing data
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Tools for mapping high-throughput sequencing data

FONSECA, Nuno A ; RUNG, Johan ; BRAZMA, Alvis ; MARIONI, John C

Bioinformatics, 2012-12, Vol.28 (24), p.3169-3177 [Periódico revisado por pares]

Oxford: Oxford University Press

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Differentiation dynamics of mammary epithelial cells revealed by single-cell RNA sequencing
Differentiation dynamics of mammary epithelial cells revealed by single-cell RNA sequencing
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Differentiation dynamics of mammary epithelial cells revealed by single-cell RNA sequencing

Bach, Karsten ; Pensa, Sara ; Grzelak, Marta ; Hadfield, James ; Adams, David J ; Marioni, John C ; Khaled, Walid T

Nature communications, 2017-12, Vol.8 (1), p.2128-11, Article 2128 [Periódico revisado por pares]

England: Nature Publishing Group

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Detection and removal of barcode swapping in single-cell RNA-seq data
Detection and removal of barcode swapping in single-cell RNA-seq data
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Detection and removal of barcode swapping in single-cell RNA-seq data

Griffiths, Jonathan A ; Richard, Arianne C ; Bach, Karsten ; Lun, Aaron T L ; Marioni, John C

Nature communications, 2018-07, Vol.9 (1), p.2667-6, Article 2667 [Periódico revisado por pares]

England: Nature Publishing Group

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Single Cell RNA-Sequencing of Pluripotent States Unlocks Modular Transcriptional Variation
Single Cell RNA-Sequencing of Pluripotent States Unlocks Modular Transcriptional Variation
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Single Cell RNA-Sequencing of Pluripotent States Unlocks Modular Transcriptional Variation

Kolodziejczyk, Aleksandra A. ; Kim, Jong Kyoung ; Tsang, Jason C.H. ; Ilicic, Tomislav ; Henriksson, Johan ; Natarajan, Kedar N. ; Tuck, Alex C. ; Gao, Xuefei ; Bühler, Marc ; Liu, Pentao ; Marioni, John C. ; Teichmann, Sarah A.

Cell stem cell, 2015-10, Vol.17 (4), p.471-485 [Periódico revisado por pares]

United States: Elsevier Inc

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