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SEraster: a rasterization preprocessing framework for scalable spatial omics data analysis
SEraster: a rasterization preprocessing framework for scalable spatial omics data analysis
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SEraster: a rasterization preprocessing framework for scalable spatial omics data analysis

Aihara, Gohta ; Clifton, Kalen ; Chen, Mayling ; Li, Zhuoyan ; Atta, Lyla ; Miller, Brendan F ; Satija, Rahul ; Hickey, John W ; Fan, Jean Martelli, Pier Luigi

Bioinformatics (Oxford, England), 2024-07, Vol.40 (7) [Periódico revisado por pares]

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Document-level biomedical relation extraction via hierarchical tree graph and relation segmentation module
Document-level biomedical relation extraction via hierarchical tree graph and relation segmentation module
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Document-level biomedical relation extraction via hierarchical tree graph and relation segmentation module

Yuan, Jianyuan ; Zhang, Fengyu ; Qiu, Yimeng ; Lin, Hongfei ; Zhang, Yijia Wren, Jonathan

Bioinformatics (Oxford, England), 2024-07, Vol.40 (7) [Periódico revisado por pares]

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HGTDR: Advancing drug repurposing with heterogeneous graph transformers
HGTDR: Advancing drug repurposing with heterogeneous graph transformers
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HGTDR: Advancing drug repurposing with heterogeneous graph transformers

Gharizadeh, Ali ; Abbasi, Karim ; Ghareyazi, Amin ; Mofrad, Mohammad R K ; Rabiee, Hamid R Lu, Zhiyong

Bioinformatics (Oxford, England), 2024-07, Vol.40 (7) [Periódico revisado por pares]

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D’or: deep orienter of protein–protein interaction networks
D’or: deep orienter of protein–protein interaction networks
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D’or: deep orienter of protein–protein interaction networks

Pirak, Daniel ; Sharan, Roded Cowen, Lenore

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GALEON: a comprehensive bioinformatic tool to analyse and visualize gene clusters in complete genomes
GALEON: a comprehensive bioinformatic tool to analyse and visualize gene clusters in complete genomes
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GALEON: a comprehensive bioinformatic tool to analyse and visualize gene clusters in complete genomes

Pisarenco, Vadim A ; Vizueta, Joel ; Rozas, Julio Alkan, Can

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hictk: blazing fast toolkit to work with .hic and .cool files
hictk: blazing fast toolkit to work with .hic and .cool files
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hictk: blazing fast toolkit to work with .hic and .cool files

Rossini, Roberto ; Paulsen, Jonas Valencia, Alfonso

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mLiftOver: harmonizing data across Infinium DNA methylation platforms
mLiftOver: harmonizing data across Infinium DNA methylation platforms
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mLiftOver: harmonizing data across Infinium DNA methylation platforms

Chen, Brian H ; Zhou, Wanding Alkan, Can

Bioinformatics (Oxford, England), 2024-07, Vol.40 (7) [Periódico revisado por pares]

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BAllC and BAllCools: efficient formatting and operating for single-cell DNA methylation data
BAllC and BAllCools: efficient formatting and operating for single-cell DNA methylation data
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BAllC and BAllCools: efficient formatting and operating for single-cell DNA methylation data

Tian, Wei ; Ding, Wubin ; Shen, Jiawei ; Li, Daofeng ; Wang, Ting ; Ecker, Joseph R Valencia, Alfonso

Bioinformatics (Oxford, England), 2024-07, Vol.40 (7) [Periódico revisado por pares]

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DeepGSEA: explainable deep gene set enrichment analysis for single-cell transcriptomic data
DeepGSEA: explainable deep gene set enrichment analysis for single-cell transcriptomic data
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DeepGSEA: explainable deep gene set enrichment analysis for single-cell transcriptomic data

Xiong, Guangzhi ; LeRoy, Nathan J ; Bekiranov, Stefan ; Sheffield, Nathan C ; Zhang, Aidong Wren, Jonathan

Bioinformatics (Oxford, England), 2024-07, Vol.40 (7) [Periódico revisado por pares]

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CodonBERT: a BERT-based architecture tailored for codon optimization using the cross-attention mechanism
CodonBERT: a BERT-based architecture tailored for codon optimization using the cross-attention mechanism
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CodonBERT: a BERT-based architecture tailored for codon optimization using the cross-attention mechanism

Ren, Zilin ; Jiang, Lili ; Di, Yaxin ; Zhang, Dufei ; Gong, Jianli ; Gong, Jianting ; Jiang, Qiwei ; Fu, Zhiguo ; Sun, Pingping ; Zhou, Bo ; Ni, Ming Birol, Inanc

Bioinformatics (Oxford, England), 2024-07, Vol.40 (7) [Periódico revisado por pares]

England: Oxford University Press

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