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Computational and analytical challenges in single-cell transcriptomics
Computational and analytical challenges in single-cell transcriptomics
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Computational and analytical challenges in single-cell transcriptomics

Stegle, Oliver ; Teichmann, Sarah A ; Marioni, John C

Nature reviews. Genetics, 2015-03, Vol.16 (3), p.133-145 [Periódico revisado por pares]

England: Nature Publishing Group

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EmptyDrops: distinguishing cells from empty droplets in droplet-based single-cell RNA sequencing data
EmptyDrops: distinguishing cells from empty droplets in droplet-based single-cell RNA sequencing data
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EmptyDrops: distinguishing cells from empty droplets in droplet-based single-cell RNA sequencing data

Lun, Aaron T L ; Riesenfeld, Samantha ; Andrews, Tallulah ; Dao, The Phuong ; Gomes, Tomas ; Marioni, John C

Genome Biology, 2019-03, Vol.20 (1), p.63-63, Article 63 [Periódico revisado por pares]

England: BioMed Central

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Classification of low quality cells from single-cell RNA-seq data
Classification of low quality cells from single-cell RNA-seq data
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Classification of low quality cells from single-cell RNA-seq data

Ilicic, Tomislav ; Kim, Jong Kyoung ; Kolodziejczyk, Aleksandra A ; Bagger, Frederik Otzen ; McCarthy, Davis James ; Marioni, John C ; Teichmann, Sarah A

Genome Biology, 2016-02, Vol.17 (1), p.29-29, Article 29 [Periódico revisado por pares]

England: BioMed Central

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Inferring the kinetics of stochastic gene expression from single-cell RNA-sequencing data
Inferring the kinetics of stochastic gene expression from single-cell RNA-sequencing data
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Inferring the kinetics of stochastic gene expression from single-cell RNA-sequencing data

Kim, Jong Kyoung ; Marioni, John C

Genome biology, 2013-01, Vol.14 (1), p.R7-R7 [Periódico revisado por pares]

England: Springer-Verlag

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EmptyDropsMultiome discriminates real cells from background in single-cell multiomics assays
EmptyDropsMultiome discriminates real cells from background in single-cell multiomics assays
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EmptyDropsMultiome discriminates real cells from background in single-cell multiomics assays

Megas, Stathis ; Lorenzi, Valentina ; Marioni, John C

Genome Biology, 2024-05, Vol.25 (1), p.121-15, Article 121 [Periódico revisado por pares]

England: BioMed Central

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f-scLVM: scalable and versatile factor analysis for single-cell RNA-seq
f-scLVM: scalable and versatile factor analysis for single-cell RNA-seq
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f-scLVM: scalable and versatile factor analysis for single-cell RNA-seq

Buettner, Florian ; Pratanwanich, Naruemon ; McCarthy, Davis J ; Marioni, John C ; Stegle, Oliver

Genome Biology, 2017-11, Vol.18 (1), p.212-13, Article 212 [Periódico revisado por pares]

England: BioMed Central

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Population-scale single-cell RNA-seq profiling across dopaminergic neuron differentiation
Population-scale single-cell RNA-seq profiling across dopaminergic neuron differentiation
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Population-scale single-cell RNA-seq profiling across dopaminergic neuron differentiation

Jerber, Julie ; Seaton, Daniel D ; Cuomo, Anna S E ; Kumasaka, Natsuhiko ; Haldane, James ; Steer, Juliette ; Patel, Minal ; Pearce, Daniel ; Andersson, Malin ; Bonder, Marc Jan ; Mountjoy, Ed ; Ghoussaini, Maya ; Lancaster, Madeline A ; Marioni, John C ; Merkle, Florian T ; Gaffney, Daniel J ; Stegle, Oliver

Nature genetics, 2021-03, Vol.53 (3), p.304-312 [Periódico revisado por pares]

United States: Nature Publishing Group

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A genome-wide study of DNA methylation patterns and gene expression levels in multiple human and chimpanzee tissues
A genome-wide study of DNA methylation patterns and gene expression levels in multiple human and chimpanzee tissues
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A genome-wide study of DNA methylation patterns and gene expression levels in multiple human and chimpanzee tissues

Pai, Athma A ; Bell, Jordana T ; Marioni, John C ; Pritchard, Jonathan K ; Gilad, Yoav Gibson, Greg

PLoS genetics, 2011-02, Vol.7 (2), p.e1001316-e1001316 [Periódico revisado por pares]

United States: Public Library of Science

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Coordinated changes in gene expression kinetics underlie both mouse and human erythroid maturation
Coordinated changes in gene expression kinetics underlie both mouse and human erythroid maturation
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Coordinated changes in gene expression kinetics underlie both mouse and human erythroid maturation

Barile, Melania ; Imaz-Rosshandler, Ivan ; Inzani, Isabella ; Ghazanfar, Shila ; Nichols, Jennifer ; Marioni, John C ; Guibentif, Carolina ; Göttgens, Berthold

Genome Biology, 2021-07, Vol.22 (1), p.197-197, Article 197 [Periódico revisado por pares]

England: BioMed Central

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10
Sex-specific and lineage-specific alternative splicing in primates
Sex-specific and lineage-specific alternative splicing in primates
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Sex-specific and lineage-specific alternative splicing in primates

Blekhman, Ran ; Marioni, John C ; Zumbo, Paul ; Stephens, Matthew ; Gilad, Yoav

Genome research, 2010-02, Vol.20 (2), p.180-189 [Periódico revisado por pares]

United States: Cold Spring Harbor Laboratory Press

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