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Regional analysis to delineate intrasample heterogeneity with RegionalST
Regional analysis to delineate intrasample heterogeneity with RegionalST
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Regional analysis to delineate intrasample heterogeneity with RegionalST

Lyu, Yue ; Wu, Chong ; Sun, Wei ; Li, Ziyi Kelso, Janet

Bioinformatics (Oxford, England), 2024-03, Vol.40 (4) [Periódico revisado por pares]

England: Oxford University Press

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Tumor origin detection with tissue-specific miRNA and DNA methylation markers
Tumor origin detection with tissue-specific miRNA and DNA methylation markers
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Tumor origin detection with tissue-specific miRNA and DNA methylation markers

Tang, Wei ; Wan, Shixiang ; Yang, Zhen ; Teschendorff, Andrew E ; Zou, Quan Sahinalp, Cenk

Bioinformatics, 2018-02, Vol.34 (3), p.398-406 [Periódico revisado por pares]

England: Oxford University Press

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3
gVolante for standardizing completeness assessment of genome and transcriptome assemblies
gVolante for standardizing completeness assessment of genome and transcriptome assemblies
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gVolante for standardizing completeness assessment of genome and transcriptome assemblies

Nishimura, Osamu ; Hara, Yuichiro ; Kuraku, Shigehiro Hancock, John

Bioinformatics (Oxford, England), 2017-11, Vol.33 (22), p.3635-3637 [Periódico revisado por pares]

England: Oxford University Press

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4
SOAPdenovo-Trans: de novo transcriptome assembly with short RNA-Seq reads
SOAPdenovo-Trans: de novo transcriptome assembly with short RNA-Seq reads
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SOAPdenovo-Trans: de novo transcriptome assembly with short RNA-Seq reads

Xie, Yinlong ; Wu, Gengxiong ; Tang, Jingbo ; Luo, Ruibang ; Patterson, Jordan ; Liu, Shanlin ; Huang, Weihua ; He, Guangzhu ; Gu, Shengchang ; Li, Shengkang ; Zhou, Xin ; Lam, Tak-Wah ; Li, Yingrui ; Xu, Xun ; Wong, Gane Ka-Shu ; Wang, Jun

Bioinformatics (Oxford, England), 2014-06, Vol.30 (12), p.1660-1666 [Periódico revisado por pares]

England

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5
Novel human lncRNA-disease association inference based on lncRNA expression profiles
Novel human lncRNA-disease association inference based on lncRNA expression profiles
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Novel human lncRNA-disease association inference based on lncRNA expression profiles

Chen, Xing ; Yan, Gui-Ying

Bioinformatics (Oxford, England), 2013-10, Vol.29 (20), p.2617-2624 [Periódico revisado por pares]

England

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6
SPRING: a kinetic interface for visualizing high dimensional single-cell expression data
SPRING: a kinetic interface for visualizing high dimensional single-cell expression data
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SPRING: a kinetic interface for visualizing high dimensional single-cell expression data

Weinreb, Caleb ; Wolock, Samuel ; Klein, Allon M Berger, Bonnie

Bioinformatics, 2018-04, Vol.34 (7), p.1246-1248 [Periódico revisado por pares]

England: Oxford University Press

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7
Causal analysis approaches in Ingenuity Pathway Analysis
Causal analysis approaches in Ingenuity Pathway Analysis
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Causal analysis approaches in Ingenuity Pathway Analysis

Krämer, Andreas ; Green, Jeff ; Pollard, Jr, Jack ; Tugendreich, Stuart

Bioinformatics, 2014-02, Vol.30 (4), p.523-530 [Periódico revisado por pares]

England: Oxford University Press

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8
Polyester: simulating RNA-seq datasets with differential transcript expression
Polyester: simulating RNA-seq datasets with differential transcript expression
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Polyester: simulating RNA-seq datasets with differential transcript expression

Frazee, Alyssa C ; Jaffe, Andrew E ; Langmead, Ben ; Leek, Jeffrey T

Bioinformatics, 2015-09, Vol.31 (17), p.2778-2784 [Periódico revisado por pares]

England: Oxford University Press

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9
Data exploration, quality control and testing in single-cell qPCR-based gene expression experiments
Data exploration, quality control and testing in single-cell qPCR-based gene expression experiments
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Data exploration, quality control and testing in single-cell qPCR-based gene expression experiments

McDavid, Andrew ; Finak, Greg ; Chattopadyay, Pratip K ; Dominguez, Maria ; Lamoreaux, Laurie ; Ma, Steven S ; Roederer, Mario ; Gottardo, Raphael

Bioinformatics, 2013-02, Vol.29 (4), p.461-467 [Periódico revisado por pares]

England: Oxford University Press

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10
GSEA-InContext: identifying novel and common patterns in expression experiments
GSEA-InContext: identifying novel and common patterns in expression experiments
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GSEA-InContext: identifying novel and common patterns in expression experiments

Powers, Rani K ; Goodspeed, Andrew ; Pielke-Lombardo, Harrison ; Tan, Aik-Choon ; Costello, James C

Bioinformatics, 2018-07, Vol.34 (13), p.i555-i564 [Periódico revisado por pares]

England: Oxford University Press

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