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Simulações computacionais na proteína TM1030 da bactéria hipertermófila
Thermotoga maritima
David Leandro Palomino Salcedo Eduardo Horjales Reboredo
2016
Localização:
IFSC - Inst. Física de São Carlos
(Te2448 )
(Acessar)
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Título:
Simulações computacionais na proteína TM1030 da bactéria hipertermófila
Thermotoga maritima
Autor:
David Leandro Palomino Salcedo
Eduardo Horjales Reboredo
Assuntos:
PROTEÍNAS
;
SIMULAÇÃO
;
CRISTALOGRAFIA
;
Analises De Modos Normais
;
Crytallographic Temperature Factors
;
Dinâmica Molecular De Proteínas
;
Fatores De Temperatura Cristalográficos
;
Normal Mode Analysis
;
Protein Molecular Dynamics
;
Rmsd
;
Thermotoga Maritima
;
Tm1030
Notas:
Dissertação (Mestrado)
Descrição:
A Thermotoga marítima (Tm) é uma bactéria que vive em temperaturas na faixa dos 65 até 90°C, com temperatura ótima do redor dos 80°C. A proteína TM1030 de Tm, é um regulador transcricional da família TetR (Tetracycline repressor protein) reguladores da expressão génica das proteínas TetA e TetB (Tetracycline resistance protein). Neste trabalho se rodarem 200ns de trajetória de dinâmica molecular a três temperaturas (293, 323 e 353K) da proteína TM1030 (PDB-1Z77) usando o pacote GROMACS com o potencial Amber99 e solvente explicito numa caixa cúbica com 90Å de comprimento, observando que RMSD da estrutura média da trajetória é menor em relação à estrutura cristalográfica, além disso que num primer momento esse RMSD tem uma mudança grande e que se estabiliza com uma maior velocidade nas maiores temperaturas. Também foi feito um analise de modos normais na mesma estrutura usando o mesmo potencial, mas com solvente implícito, usando o modelo GBSA, minimizando a estrutura até ter um coeficiente de força média de 6,4x10-8J·mol-1·cm-1 que assegura um bom mínimo local. Das trajetórias simuladas a partir das 6 menores frequências se achou uma relação com os movimentos observados nas dinâmicas moleculares e os esperados na transição alostérica entre as duas estruturas cristalográficas. Finalmente se calculam os fatores de temperatura das três trajetórias de dinâmica molecular, observando que seus esses fatores de temperatura aumentam com o aumento da
temperatura, contrario do esperado da cristalografia onde diminuam com o aumento da temperatura do sistema
Data de criação/publicação:
2016
Formato:
91 p.
Idioma:
Português
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