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Caracterização de processos evolutivos de vírus de RNA a partir de padrões deixados nas filogenias virais

Freire, Caio César De Melo

Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP; Universidade de São Paulo; Bioinformática 2014-12-05

Acesso online. A biblioteca também possui exemplares impressos.

  • Título:
    Caracterização de processos evolutivos de vírus de RNA a partir de padrões deixados nas filogenias virais
  • Autor: Freire, Caio César De Melo
  • Orientador: Zanotto, Paolo Marinho de Andrade
  • Assuntos: Bioinformática; Recombinação; Rearranjos; Genomas De Rna; Filogenias; Evolução De Vírus; Molecular Evolution; Reassortment; Bioinformatics; Recombination; Rna Virus; Viral Evolution
  • Notas: Tese (Doutorado)
  • Notas Locais: Programa Interunidades de Pós-graduação em Bioinformática
  • Descrição: No presente trabalho, investigamos a filodinâmica de três modelos virais diferentes, utilizando técnicas baseadas em verossimilhança e inferência bayesiana. Dois desses são flavivírus com genoma de RNA fita simples e senso positivo. O terceiro é um bunyavírus com genoma tri-segmentado de RNA fita simples com senso negativo. Estes diferentes modelos permitiram estudar diferentes mecanismos promotores de diversidade viral, reagrupamento de segmentos genômicos (shift) e mutação (drift), que atuam em diferentes granularidades. Descrevemos pela primeira vez o espalhamento geográfico das linhagens de vírus Zika (ZIKV) em um nível continental, assim como ocorrência de recombinação e associação entre padrões de glicosilação e vetores. Para o flavivírus da encefalite transmitida por carrapatos (TBEV), investigamos seu espalhamento e encontramos evidências que corroboram a hipótese de circulação viral restrita a focos na Europa central. As análises sobre o vírus da Febre da Grande Fenda Africana (RVFV) apontaram a ocorrência de reagrupamento de segmentos genômicos e também ajudaram a elucidar sua dispersão do leste do continente africano para o oeste, encontrando-se diversas introduções no Senegal e Mauritânia. Aparentemente, este vírus teve a entrada facilitada nesses países por uma região que funciona como um centro de dispersão (hub) por ser encontro de rotas migratórias de animais. Ademais, investigamos a ocorrência de rearranjos de segmentos genômicos de RVFV e também estudamos as diferenças nas dinâmicas evolutivas de cada segmento.
  • DOI: 10.11606/T.95.2014.tde-21012015-165014
  • Editor: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP; Universidade de São Paulo; Bioinformática
  • Data de criação/publicação: 2014-12-05
  • Formato: Adobe PDF
  • Idioma: Português
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