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Análise computacional da variação do potencial metabólico microbiano em metagenomas

Barbosa, Deibs

Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP; Universidade de São Paulo; Bioinformática 2015-08-21

Acesso online. A biblioteca também possui exemplares impressos.

  • Título:
    Análise computacional da variação do potencial metabólico microbiano em metagenomas
  • Autor: Barbosa, Deibs
  • Orientador: Setubal, João Carlos; Silva, Aline Maria da
  • Assuntos: Compostagem; Lago São Francisco; Metagenoma; Potencial Metabólico; Composting; Lake São Francisco; Metabolic Potential; Metagenome
  • Notas: Tese (Doutorado)
  • Notas Locais: Programa Interunidades de Pós-graduação em Bioinformática
  • Descrição: Este trabalho teve como objetivo analisar, através de uma abordagem metagenômica/computacional, a variação do conteúdo gênico e do potencial metabólico das comunidades microbianas associadas a dois ambientes da Fundação Parque Zoológico de São Paulo: um reservatório artificial, o Lago São Francisco e o sistema de compostagem de resíduos do parque. Para o estudo do primeiro ambiente, amostras foram coletadas mensalmente no Lago São Francisco de outubro de 2012 a setembro de 2013 e submetidas ao sequenciamento metagenômico. Esse estudo mostrou que agrupamentos de amostras de uma mesma estação são estatisticamente suportados. As coocorrências de espécies, com suporte estatístico alto, foram estabelecidas e representadas em uma rede separada em 60 grupos ou módulos. A maioria dos grandes módulos foram formados quase exclusivamente por espécies do mesmo filo, indicando possíveis mecanismos de resposta a fatores ambientais e à presença de nutrientes ao invés da pura interação entre espécies. Os fatores que levaram à variação dos táxons também influenciaram o potencial metabólico da comunidade: embora os módulos metabólicos de forma geral estivessem distribuídos ao longo dos meses, alguns se destacaram pela variação intensa, principalmente na amostra de novembro de 2012. Para o estudo do segundo ambiente, foram analisados dois conjuntos de dados de sequenciamento metagenômico gerados a partir de amostras seriadas coletadas ao longo do processo de compostagem. Nos dias iniciais do processo de compostagem, os mais discrepantes, houve uma super-representação de módulos metabólicos relacionados principalmente ao metabolismo de carboidratos e à síntese de aminoácidos. Em conjunto, os dados obtidos nesse estudo indicaram uma comunidade microbiana com potencial metabólico variando direcionalmente em função dos compostos inicialmente presentes ou oriundos do substrato, em função da presença de oxigênio e em função da etapa do processo.
  • DOI: 10.11606/T.95.2015.tde-22092015-114705
  • Editor: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP; Universidade de São Paulo; Bioinformática
  • Data de criação/publicação: 2015-08-21
  • Formato: Adobe PDF
  • Idioma: Português
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