skip to main content
Idioma:

Identificação e anotação de RNAs longos não-codificantes em Schistosoma mansoni e Schistosoma japonicum 

Maciel, Lucas Ferreira

Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP; Universidade de São Paulo; Bioinformática 2020-03-23

Acesso online. A biblioteca também possui exemplares impressos.

  • Título:
    Identificação e anotação de RNAs longos não-codificantes em Schistosoma mansoni e Schistosoma japonicum 
  • Autor: Maciel, Lucas Ferreira
  • Orientador: Almeida, Sergio Verjovski de
  • Assuntos: Análise De Co-Expressão; Transcriptômica; Rnas Longos Não-Codificantes; Parasitologia; Rna-Seq; Parasitology; Long Non-Coding Rnas; Co-Expression Analysis; Transcriptomics
  • Notas: Dissertação (Mestrado)
  • Notas Locais: Programa Interunidades de Pós-graduação em Bioinformática
  • Descrição: Os RNAs longos não-codificantes (lncRNAs) (> 200 nt) são expressos em níveis inferiores aos dos RNAs mensageiros (mRNAs) e, em todas as espécies modelo eucarióticas onde foram caracterizados, são transcritos a partir de milhares de diferentes loci genômicos. Em humanos, cerca de quatro dezenas de lncRNAs foram estudados em detalhes e demonstraram desempenhar papéis importantes na regulação da transcrição, agindo em conjunto com fatores de transcrição e marcas epigenéticas para modular os programas de ativação e repressão da transcrição gênica tecido-específica. Trabalhos anteriores identificaram cerca de 10.000 e 3.000 lncRNAs em Schistosoma mansoni e Schistosoma japonicum, respectivamente. Estes são os vermes que causam a esquistossomose, uma importante doença tropical negligenciada. O número limitado de bibliotecas de sequenciamento de RNA (RNA-seq) que haviam sido previamente avaliadas, juntamente com o uso de versões antigas e incompletas dos genomas de S. mansoni e S. japonicum e suas anotações no transcriptoma de codificação de proteínas, dificultaram a identificação de todos os lncRNAs expressos nesses parasitas. Aqui foram utilizadas 66 bibliotecas de RNA-seq de S. japonicum de vermes inteiros em diferentes estágios do ciclo de vida e 633 bibliotecas de RNA-seq de S. mansoni de vermes inteiros de diferentes estágios, de tecidos isolados, de populações de células e de células únicas para identificar lncRNAs. Todas as bibliotecas foram obtidas do domínio público. Um pipeline foi desenvolvido e utilizado para o mapeamento de transcritos contra os genomas e a montagem dos genes. Um conjunto de 16.583 transcritos de S. mansoni e 12.291 transcritos de S. japonicum foram identificados e anotados como lncRNAs; as análises de identidade de sequencia e sintenia dos genes entre as espécies demonstram que alguns lncRNAs possuem conservação de sintenia, mesmo quando há falta de conservação da sequência. Análises de redes de co-expressão gênica ponderadas foram realizadas para ambas as espécies e lncRNAs com expressão dinâmica através do desenvolvimento do parasita foram identificados. Esses lncRNAs são co-expressos com genes codificadores de proteínas associados a várias importantes vias biológicas, como reprodução, replicação, metabolismo de medicamentos e desenvolvimento do sistema nervoso. Este trabalho abre caminho para a futura caracterização funcional do papel dos lncRNAs nos esquistossomos
  • DOI: 10.11606/D.95.2020.tde-22042020-093507
  • Editor: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP; Universidade de São Paulo; Bioinformática
  • Data de criação/publicação: 2020-03-23
  • Formato: Adobe PDF
  • Idioma: Português
Links
Voltar para lista de resultados

  • Realização: ABCD-USP USP   Logos de Redes Sociais: Freepik

Buscando em bases de dados remotas. Favor aguardar.