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Estratégia alternativa para a construção de um microarranjo de DNA

R. K. Dalla Valle A. T. M Ramos; O. V. de Carvalho Netto; Luís Eduardo Aranha Camargo; M. M Zerillo; Reinaldo Montrazi Barata; C. B. M Vitorello; Simpósio Internacional de Iniciação Científica da Universidade de São Paulo (13. 2005 Piracicaba, SP)

Agropecuária; resumos São Paulo : USP, 2005

São Paulo USP 2005

Localização: ESALQ - Biblioteca Central    (CD E 757 13/2005 1472210 ) e outros locais(Acessar)

  • Título:
    Estratégia alternativa para a construção de um microarranjo de DNA
  • Autor: R. K. Dalla Valle
  • A. T. M Ramos; O. V. de Carvalho Netto; Luís Eduardo Aranha Camargo; M. M Zerillo; Reinaldo Montrazi Barata; C. B. M Vitorello; Simpósio Internacional de Iniciação Científica da Universidade de São Paulo (13. 2005 Piracicaba, SP)
  • Assuntos: SEQUENCIAMENTO GENÉTICO; BACTÉRIAS FITOPATOGÊNICAS; DNA
  • É parte de: Agropecuária; resumos São Paulo : USP, 2005
  • Notas: Disponível também em http://www.usp.br/siicusp
  • Descrição: Utilizar estratégia alternativa para construir um microarranjo contendo ORFs preditas no sequenciamento do genoma de Leifsonia xyli subsp. xyli (Lxx) utilizando clones da biblioteca genômica construída para Projeto Genoma. A lâmina será utilizada na comparação com genoma de Leifsonia xyli subsp. cynodontis (Lxc). Lxx é o agente causal do Raquitismo da Soqueira em cana-de-açúcar. Lxc é capaz de colonizar os vasos xilemáticos sem, no entanto, provocar doença. Material e/ou métodos:Um pipeline foi construído selecionando-se clones cujo inserto apresenta 500 e 1000 pb. Numa segunda etapa foram selecionados clones com inserto representativo de uma ORF. Na terceira etapa, os clones foram selecionados manualmente. Os clones foram reorganizados em placas de elisa com 96 amostras. Em seguida, os insertos foram amplificados e impressos na lâmina de microarranjo. Para comprovar a eficiência de hibridização o DNA de Lxx foi marcado através de random primer e utilizado na hibridização competitiva. O DNA de Lxc também foi utilizado. Resultados:Foram selecionados 2.400 clones que representou 2.351 ORFs preditas para o genoma de Lxx. Não foram detectados nenhum erro de endereçamento dos clones reorganizados. O inserto de cada clones foi amplificado utilizando os primers universais R e F. A eficiência de amplificação foi 95%. Conclusões:Os resultados da hibridização competitiva, comprovam a eficiência da metodologia alternativa na construção da lâmina de microarray
  • Editor: São Paulo USP
  • Data de criação/publicação: 2005
  • Formato: 1 CD-ROM col 4 3/4 in.
  • Idioma: Português
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