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Sequenciamento de nova geração dos pontos de quebra do DNA para investigação dos mecanismos de formação em rearranjos genômicos

Novo Filho, Gil Monteiro

Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP; Universidade de São Paulo; Faculdade de Medicina 2019-02-25

Acesso online. A biblioteca também possui exemplares impressos.

  • Título:
    Sequenciamento de nova geração dos pontos de quebra do DNA para investigação dos mecanismos de formação em rearranjos genômicos
  • Autor: Novo Filho, Gil Monteiro
  • Orientador: Kim, Chong Ae; Kulikowski, Leslie Domenici
  • Assuntos: Análise De Sequência De Dna; Sequenciamento De Nucleotídeos Em Larga Escala; Rearranjo Gênico; Pontos De Quebra Do Cromossomo; Variação Estrutural Do Genoma; High-Throughput Nucleotide Sequencing; Genomic Structural Variation; Gene Rearrangement; Sequence Analysis Dna; Chromosome Breakpoints
  • Notas: Tese (Doutorado)
  • Descrição: Rearranjos genômicos são alterações estruturais na molécula de DNA e podem ser a causa de inúmeras doenças genéticas. O mecanismo gerador dessas alterações é bem variável. Ele pode ser recorrente, por intermédio de low copy repeats (LCRs), resultando num rearranjo causado por recombinação homóloga não-alélica (NAHR), ou não recorrente, ou seja, sem intermédio de um hotspot. Dentre os mecanismo não recorrentes temos: a junção das extremidades não-homólogas (NHEJ - non-homologous end joining) e a junção mediada por micro-homologia (MMEJ - microhomology-mediated end joining), a replicação em série por deslizamento (SRS), a SRS induzida por quebra (BISRS), a replicação induzida pela quebra de DNA por homologia (MMBIR - microhomology-mediated break induced replication), o enrolamento da forquilha de replicação e mudança de molde de DNA (FoSTeS - fork stalling and template switching). A análise dos pontos de quebra dos rearranjos genômicos pode fornecer informações importantes para uma maior compreensão da arquitetura genômica e seu papel na geração das anormalidades estruturais. O objetivo deste trabalho foi sequenciar os pontos de quebra genômicos a fim de identificar o mecanismo formador das alterações encontradas. Para isso, investigamos o panorama estrutural de 10 pacientes por sequenciamento por meio de linked reads (10X Genomics) e sequenciamos os pontos de quebra previamente identificados por array CytoSNP-12 (Illumina) de 12 pacientes com rearranjos genômicos estruturais por utilizando a captura por Nextera Rapid Capture (Illumina). A investigação por linked reads revelou rearranjos estruturais em 5 pacientes, destacando translocações encontradas em dois pacientes, impossíveis de serem detectadas por metodologias de sequenciamento que não envolva long reads. Foi possível sugerir os mecanismos causadores dessas alterações como NHEJ. O sequenciamento após a captura por Nextera foi capaz de identificar elementos que permitiram definir o mecanismo em três pacientes (NAHR E FoSTeS/MMBIR) e sugerir em mais dois pacientes (NHEJ). Com a estratégia utilizada foi possível sequenciar pontos de quebra por meio do flanqueamento das regiões identificadas por array, identificar os elementos genômicos presentes nos pontos de quebra e os mecanismos formadores dessas alterações
  • DOI: 10.11606/T.5.2019.tde-07052019-105038
  • Editor: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP; Universidade de São Paulo; Faculdade de Medicina
  • Data de criação/publicação: 2019-02-25
  • Formato: Adobe PDF
  • Idioma: Português
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