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Implementação de um banco de dados Genotípico como ferramenta da Bioinformática

P. A. Machado Andrés Henrique Lai Reyes; Helena Javiel Alves; M. F. do Rosário; Luiz Lehmann Coutinho; Simpósio Internacional de Iniciação Científica da Universidade de São Paulo (13. 2005 Piracicaba, SP)

Agropecuária; resumos São Paulo : USP, 2005

São Paulo USP 2005

Available at ESALQ - Biblioteca Central    (CD E 757 13/2005 1472210 ) and other locations(GetIt)

  • Title:
    Implementação de um banco de dados Genotípico como ferramenta da Bioinformática
  • Author: P. A. Machado
  • Andrés Henrique Lai Reyes; Helena Javiel Alves; M. F. do Rosário; Luiz Lehmann Coutinho; Simpósio Internacional de Iniciação Científica da Universidade de São Paulo (13. 2005 Piracicaba, SP)
  • Subjects: BIOINFORMÁTICA; GENÓTIPOS
  • Is Part Of: Agropecuária; resumos São Paulo : USP, 2005
  • Notes: Disponível também em http://www.usp.br/siicusp
  • Description: Uma vez que um projeto de mapeamento de QTL (Quantitative Trait Loci) gera uma enorme quantidade de informações (fenotípica e genotípica), este projeto teve por objetivo implementar um banco para armazenar ordenadamente dados genotípicos gerados. Dessa forma, poupando tempo e trabalho para a equipe envolvida no projeto de mapeamento de QTL para características de desempenho zootécnico e de carcaça da galinha (Desenvolvido no Laboratório de Biotecnologia Animal). Para tanto, foi utilizado o programa Genetic Profiler (MegaBace 1000-GE Healthcare) para a obtenção dos genótipos, enquanto os programas PHP, MySQL e Perl foram empregados na implementação do banco de dados e interface do programa com os usuários. Ainda, foi utilizado o programa CRIMAP para definir a ordem mais provável dos marcadores com base no número de meioses informativas entre os marcadores estudados. Os dados genotípicos gerados foram submetidos e acessados via internet pelos usuários, assim, eliminou-se parte da manipulação feita exclusivamente pelos pesquisadores, inserindo automaticamente tais informações no CRIMAP. Esta automatização diminuiu o tempo gasto com análise, manipulação, exclusão e inclusão de dados e contribuiu para a minimização de erros, pois após obter os dados (Genetic Profiler), os pesquisadores somente têm o trabalho de certificar o tamanho dos alelos e de submeter as informações no site, para posteriormente, construir o mapa de ligação e mapear QTL.
  • Publisher: São Paulo USP
  • Creation Date: 2005
  • Format: 1 CD-ROM col 4 3/4 in.
  • Language: Portuguese
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