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Dinâmica de redes booleanas limiarizadas utilizando programação em GPU

Ferreira, William Lira

Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP; Universidade de São Paulo; Instituto de Matemática e Estatística 2013-09-13

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Título:
Dinâmica de redes booleanas limiarizadas utilizando programação em GPU
Autor: Ferreira, William Lira
Orientador: Hashimoto, Ronaldo Fumio
Assuntos: Aprendizado Computacional; Atratores
Notas: Dissertação (Mestrado)
Descrição: A área de Biologia Sistêmica procura estudar os vários mecanismos celulares e seus componen- tes, os quais realizam diversas interações e reações químicas. Nessa área, para representar estas interações e reações no nível gênico, isto é, o relacionamento entre os genes e sua expressão gênica, é comum o uso de modelos matemáticos e computacionais de Redes de Regulação Gênica (GRN - do inglês Gene Regulatory Network). Existem diversos modelos para representar GRNs, os quais possuem relação temporal síncrona ou assíncrona e caracterizados como determinísticos ou pro- babilísticos. Um dos modelos de grande interesse e estudado na literatura é o de Redes Booleanas (BN - do inglês Boolean Networks), no qual os genes podem assumir dois estados, ativo ou inativo - se expressos ou não, respectivamente, e, além disso, possuir uma função booleana associada. A evolução dos estados dos genes no tempo, é dada pela transição de um estado da rede para outro e assim sucessivamente. Esta evolução forma uma dinâmica temporal, na qual as transições de estado são ditadas pelas funções booleanas associadas a cada gene. Como o número de estados é finito, em algum momento a rede deve voltar para um estado no qual já esteve anteriormente, formando um ciclo. Este ciclo é chamado de atrator.
DOI: 10.11606/D.45.2013.tde-20230727-113419
Editor: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP; Universidade de São Paulo; Instituto de Matemática e Estatística
Data de criação/publicação: 2013-09-13
Formato: Adobe PDF
Idioma: Português

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Ferreira, William Lira

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