skip to main content
Visitante
Meu Espaço
Minha Conta
Sair
Identificação
This feature requires javascript
Tags
Revistas Eletrônicas (eJournals)
Livros Eletrônicos (eBooks)
Bases de Dados
Bibliotecas USP
Ajuda
Ajuda
Idioma:
Inglês
Espanhol
Português
This feature required javascript
This feature requires javascript
Primo Search
Busca Geral
Busca Geral
Acervo Físico
Acervo Físico
Produção Intelectual da USP
Produção USP
Search For:
Clear Search Box
Search in:
Busca Geral
Or hit Enter to replace search target
Or select another collection:
Search in:
Busca Geral
Busca Avançada
Busca por Índices
This feature requires javascript
This feature requires javascript
Caravela: um navegador para metagenomas
Silva, Gianluca Major Machado Da
Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP; Universidade de São Paulo; Bioinformática 2017-06-12
Acesso online. A biblioteca também possui exemplares impressos.
Exibir Online
Localização & Reservas
Detalhes
Resenhas & Tags
Solicitações
Mais Opções
Prateleira Virtual
This feature requires javascript
Enviar para
Adicionar ao Meu Espaço
Remover do Meu Espaço
E-mail (máximo 30 registros por vez)
Imprimir
Link permanente
Referência
EasyBib
EndNote
RefWorks
del.icio.us
Exportar RIS
Exportar BibTeX
This feature requires javascript
Título:
Caravela: um navegador para metagenomas
Autor:
Silva, Gianluca Major Machado Da
Orientador:
Setubal, João Carlos
Assuntos:
Bioinformática
;
Navegador
;
Metagenômica
;
Ferramenta
;
Desenvolvimento De Software
;
Development
;
Metagenomic
;
Browser
;
Bioinformatics
;
Software
;
Tools
Notas:
Dissertação (Mestrado)
Notas Locais:
Programa Interunidades de Pós-graduação em Bioinformática
Descrição:
Metagenômica é a técnica que permite analisar os genomas de microorganismos que habitam determinados nichos do ambiente sem a necessidade de isolar e cultivar cada um separadamente. Ao conjunto de microorganismos que habita um determinado nicho se dá o nome de microbi- oma. Análises do perfil da diversidade taxonômica e funcional de comunidades microbianas em microbiomas são comuns em estudos de metagenômica. No entanto, atualmente as plata- formas de uso geral (como MG-RAST e IMG/M) tendem a separar as análises baseadas em reads (sequências não montadas) das baseadas em contigs (sequências montadas), isto dificulta as análises destes dados. Motivado por esta separação, desenvolvemos uma plataforma web, batizada de CARAVELA, que facilita a conexão entre os resultados de análises de diversidade taxonômica e funcional baseadas em reads e contigs respectivamente. Uma das principais fun- ções da plataforma CARAVELA é associar a identificação taxonômica de cada read com o contig que este read faz parte e, anotações funcionais do contig, quando existirem. Essa função deve permitir a rápida identificação de contigs potencialmente quiméricos bem como contigs taxonomicamente bem resolvidos. Também é possvel fazer buscas, tais como: listar todos os contigs que tenham um ou mais reads classificados como Pseudoxanthomonas suwonensis em sua composição e ainda, é possvel navegar nos contigs de maneira similar a navegadores de metagenomas tradicionais. Podem ser utilizados como arquivos de entrada a sada de outros programas, desde que o formato atenda certos padrões. A plataforma CARAVELA foi desenvol- vida com Java, HTML, CSS, Javascript e Mysql, e com o fim de testar a ferramenta, utilizamos o conjunto de dados metagnômicos obtidos a partir da operação de compostagem do Parque Zoológico de São Paulo.
DOI:
10.11606/D.95.2017.tde-26092017-075422
Editor:
Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP; Universidade de São Paulo; Bioinformática
Data de criação/publicação:
2017-06-12
Formato:
Adobe PDF
Idioma:
Português
Links
Este item no Dedalus
Teses e Dissertações USP
This feature requires javascript
This feature requires javascript
Voltar para lista de resultados
Anterior
Resultado
2
Avançar
This feature requires javascript
This feature requires javascript
Buscando em bases de dados remotas. Favor aguardar.
Buscando por
em
scope:(USP_VIDEOS),scope:("PRIMO"),scope:(USP_FISICO),scope:(USP_EREVISTAS),scope:(USP),scope:(USP_EBOOKS),scope:(USP_PRODUCAO),primo_central_multiple_fe
Mostrar o que foi encontrado até o momento
This feature requires javascript
This feature requires javascript