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Predição in silico e caracterização parcial das bacteriocinas de Xylella fastidiosa

Duarte, Rodrigo Roberto Rafagnin

Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP; Universidade de São Paulo; Instituto de Química 2013-01-16

Online access. The library also has physical copies.

  • Title:
    Predição in silico e caracterização parcial das bacteriocinas de Xylella fastidiosa
  • Author: Duarte, Rodrigo Roberto Rafagnin
  • Supervisor: Silva, Aline Maria da
  • Subjects: Bacteriocinas; Microcinas; Fitopatógenos; Doença De Pierce; Clorose Variegada Do Citros; Citrus Variegated Chlorosis; Bacteriocins; Microcins; Pierce'S Disease; Plant Pathogen
  • Notes: Dissertação (Mestrado)
  • Description: Xylella fastidiosa é o agente causal de uma série de doenças que ocorrem em plantas economicamente importantes como laranjeiras, videiras e cafeeiros, causando no Estado de São Paulo prejuízos relevantes à indústria citrícola. Esta bactéria Gram-negativa é restrita ao xilema das plantas e à porção anterior do trato digestório dos insetos vetores das famílias Cicadellidae e Cercopidae, conhecidos como cigarrinhas. Tentativas de elucidar os mecanismos de virulência e patogenicidade adotados por esta bactéria apontam a formação do biofilme como etapa fundamental para o estabelecimento da infecção e o consequente desenvolvimento da doença na planta, mas fatores adicionais parecem contribuir, tais como a produção de toxinas. As bacteriocinas são proteínas com atividade antibiótica contra cepas próximas à espécie produtora e que já foram associadas à virulência e patogenicidade de outras bactérias. Uma varredura in silico no genoma de X. fastidiosa 9a5c revelou 13 sequências codificadoras de microcinas putativas no cromossomo. Transcritos de todos esses genes foram detectados por RT-qPCR em culturas de X. fastidiosa 9a5c, e análises comparativas com genomas públicos (cepas Temecula1, Dixon, Ann-1, M23, M12, EB92-1 e GB514) e recém sequenciados por nosso grupo de pesquisa (cepas U24d, J1a12, 3124, Hib4, Pr8x e Fb7) revelaram que cada cepa possui seu próprio arsenal de bacteriocinas. Diferenças encontradas in silico entre os loci de bacteriocinas nas cepas foram demonstradas experimentalmente. Nossos resultados comprovam a variabilidade predita nos quatro clusters de bacteriocinas que identificamos, o que é esperado para genes relacionados à adaptação e patogenicidade. Destes loci, três foram detectados por RT-PCR como transcritos policistrônicos. Nossa tentativa de detectar essas proteínas em culturas de X. fastidiosa (através de sequenciamento de polipeptídeos por HPLC-MS/MS) foi capaz de identificar uma das bacteriocinas putativas e, portanto, o conjunto de nossas observações apóia a continuidade dos estudos para elucidar o papel das bacteriocinas na fisiopatologia de X. fastidiosa.
  • DOI: 10.11606/D.46.2013.tde-23042013-085922
  • Publisher: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP; Universidade de São Paulo; Instituto de Química
  • Creation Date: 2013-01-16
  • Format: Adobe PDF
  • Language: Portuguese
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