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Incorporação de evidências biológicas para a identificação de SNPs interferindo em sítios alvos de miRNAs

Oliveira, Paula Prieto

Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP; Universidade de São Paulo; Bioinformática 2018-12-10

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  • Title:
    Incorporação de evidências biológicas para a identificação de SNPs interferindo em sítios alvos de miRNAs
  • Author: Oliveira, Paula Prieto
  • Supervisor: Brentani, Helena Paula; Lima, Ariane Machado
  • Subjects: Interferência De Snps; Sítios De Micrornas; Snps; Micrornas Sites; Snps Interference
  • Notes: Tese (Doutorado)
  • Local notes: Programa Interunidades de Pós-graduação em Bioinformática
  • Description: SIMTar (SNPs Interfering in MicroRNA Targets) é uma ferramenta computacional que realiza a predição de interferência de SNPs em sítios alvos de miRNAs. Dada uma lista de SNPs, SIMTar analisa uma janela ao redor de cada SNP e verifica se tal SNP cria ou rompe um sítio de miRNA utilizando como base programas de predição de sítios de miRNAs nos vários alelos desta janela. Se o resultado da predição para um dado miRNA é diferente para diferentes alelos, então tal SNP está potencialmente interferindo em tal sítio. O presente trabalho teve como objetivo melhorar o processo de identificação de interferência de SNPs em sítios alvos de miRNAs, usando um novo programa de predição de sítios de miRNAs, assim como a incorporação de resultados biológicos experimentais. A hipótese deste trabalho é que com estas modificações poderia-se diminuir a expectativa de falsos positivos sem diminuir a sensibilidade. Os resultados obtidos validam a hipótese e ainda mostram que o SIMTar possui vantagens quando comparado com outras ferramentas ou bancos de dados de propósito similar.
  • DOI: 10.11606/T.95.2019.tde-13012019-200435
  • Publisher: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP; Universidade de São Paulo; Bioinformática
  • Creation Date: 2018-12-10
  • Format: Adobe PDF
  • Language: Portuguese
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