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Caracterização in silico de sequências polimórficas na população de Sporisorium scitamineum e análise da expressão de genes vizinhos aos polimorfismos

Saito, Suzane

Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP; Universidade de São Paulo; Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz 2015-09-15

Acesso online. A biblioteca também possui exemplares impressos.

  • Título:
    Caracterização in silico de sequências polimórficas na população de Sporisorium scitamineum e análise da expressão de genes vizinhos aos polimorfismos
  • Autor: Saito, Suzane
  • Orientador: Vitorello, Claudia Barros Monteiro
  • Assuntos: Expressão Gênica; Sporisorium Scitamineum; Aflp; Carvão Da Cana-De-Açúcar; Polimorfismos; Polymorphisms; Gene Expression; Sugarcane Smut
  • Notas: Dissertação (Mestrado)
  • Descrição: O fungo Sporisorium scitamineum é o agente causador de uma das doenças mais importantes da cultura da cana-de-açúcar, o carvão da cana, e vem sendo alvo de diversos estudos genéticos para a elucidação de seu mecanismo de patogenicidade e interação com o seu hospedeiro. Dentre esses estudos há os que visam acessar a variabilidade genética entre isolados desse fungo utilizando diversos marcadores moleculares, porém todos os experimentos indicaram baixa variabilidade, com exceção de isolados provenientes da Ásia. O primeiro estudo realizado com esse intuito em isolados brasileiros utilizou o tel-RFLP e AFLP, obtendo uma variabilidade de 34 e 3%, respectivamente. O AFLP é muito utilizado para a detecção de variação genética em indivíduos próximos, porém, nesse caso, apresentou baixa variação, o que nos levou a caracterizar, no presente trabalho, os poucos polimorfismos encontrados através dessa técnica. Os fragmentos polimórficos foram reamplificados, sequenciados e caracterizados quanto ao seu contexto genômico. Como essas sequências estão dispersas ao longo do genoma e geralmente estão em regiões intergênicas, foi feita a análise de expressão dos genes vizinhos a esses polimorfismos em três condições distintas. Desses genes, 70% apresentaram maior número de reads mapeadas in planta que em meio de cultura, indicando que são mais importantes durante a interação planta-patógeno. Dessa forma, mesmo havendo uma baixa variabilidade detectada por AFLP, essas diferenças podem ser importantes na regulação desses genes, podendo influenciar na agressividade do patógeno e na sua defesa.
  • DOI: 10.11606/D.11.2015.tde-20102015-155648
  • Editor: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP; Universidade de São Paulo; Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz
  • Data de criação/publicação: 2015-09-15
  • Formato: Adobe PDF
  • Idioma: Português
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