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O genoma da alga vermelha Gracilaria domingensis (Rhodophyta, Gracilariales)

Gouvea, Natalia Nakamura

Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP; Universidade de São Paulo; Bioinformática 2022-01-26

Acesso online. A biblioteca também possui exemplares impressos.

  • Título:
    O genoma da alga vermelha Gracilaria domingensis (Rhodophyta, Gracilariales)
  • Autor: Gouvea, Natalia Nakamura
  • Orientador: Setubal, João Carlos
  • Assuntos: Rodófita; Montagem; Macroalga; Gracilaria Domingensis; Genômica; Genoma; Descontaminação; Anotação; Agar; Alga; Decontamination; Rhodophyta; Genomics; Annotation; Genome; Assembly
  • Notas: Dissertação (Mestrado)
  • Notas Locais: Programa Interunidades de Pós-graduação em Bioinformática
  • Descrição: A alga vermelha multicelular Gracilaria domingensis pode ser encontrada ao longo de toda a costa brasileira, e apresenta grande potencial de cultivo e exploração para extração de compostos de interesse industrial. Além disso, as algas vermelhas, que compõem o filo Rhodophyta, são um grupo com papel importante no histórico evolutivo da multicelularidade e fotossíntese, assim como na manutenção de ecossistemas marinhos. No entanto, ainda são poucos os genomas de Rhodophyta publicados. Obter e descrever um genoma inédito é um grande passo para esclarecer seu potencial metabólico e relações evolutivas, além de servir de base para outros estudos analíticos e experimentais. Neste trabalho, o genoma de Gracilaria domingensis foi obtido através da montagem e anotação automática por métodos computacionais, a partir do seu sequenciamento pela plataforma PacBio. O sequenciamento da Gracilaria domingensis gerou 6.011.680 leituras longas, resultando na montagem de 3.332 contigs, totalizando 212 Mpb. Após a montagem foi feito o processo de descontaminação in silico dos contigs, resultando em uma montagem limpa de 78 Mpb, distribuídos em 684 scaffolds, com N50 de 180.332 pb. A anotação estrutural e funcional dos genes foi feita com o uso de diversos softwares e bancos de dados públicos. Foram identificados 11.437 genes codificantes de proteínas, dos quais 38% (4.075) não obtiveram correspondência no banco de dados NCBI-nr, sugerindo se tratarem de proteínas potencialmente desconhecidas. Somada à anotação automática, foram identificados genes relacionados a importantes processos biológicos e produção de metabólitos com interesse industrial, apenas com a anotação in silico do genoma, através de buscas por BLAST. Os resultados da montagens e anotação estrutural e funcional do genoma foram comparados com os de outros genomas de Rhodophyta já publicados, os quais foram reanotados neste trabalho utilizando a mesma metodologia, na tentativa de evitar vieses metodológicos que poderiam impactar as análises comparativas.
  • DOI: 10.11606/D.95.2022.tde-21032022-114006
  • Editor: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP; Universidade de São Paulo; Bioinformática
  • Data de criação/publicação: 2022-01-26
  • Formato: Adobe PDF
  • Idioma: Português
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