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Dinâmica de Biomoléculas em Água: Simulações com Representação Explícita do Solvente
Cassiano
, Marta Maria
Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP; Universidade de São Paulo; Instituto de Física 1998-04-29
Acesso online. A biblioteca também possui exemplares impressos.
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Título:
Dinâmica de Biomoléculas em Água: Simulações com Representação Explícita do Solvente
Autor:
Cassiano
, Marta Maria
Orientador:
Bisch, Paulo Mascarello; Ito, Amando Siuiti
Assuntos:
Biologia Molecular
;
Matéria Condensada
;
Condensed Matter
;
Molecular Biology
Notas:
Tese (Doutorado)
Descrição:
O programa THOR de dinâmica e mecânica molecular foi aprimorado com a introdução de técnicas que permitem a modelagem de sistemas biomoleculares na presença do solvente representado explicitamente. Essas técnicas incluem o emprego de condições de contorno periódicas, raio de corte, potencial eletrostático modificado e método shake para vínculos de distância. Além disso, a técnica da lista de vizinhos foi implementada devido ao grande aumento no número de átomos do sistema, pela inclusão explícita do solvente. Alguns sistemas foram modelados e a influência do solvente sobre suas propriedades conformacionais foi analisada, respondendo às expectativas baseadas em previsões teóricas e evidências experimentais.
DOI:
10.11606/T.43.1998.tde-21022014-174534
Editor:
Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP; Universidade de São Paulo; Instituto de Física
Data de criação/publicação:
1998-04-29
Formato:
Adobe PDF
Idioma:
Português
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