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1
MFEM: A modular finite element methods library
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MFEM: A modular finite element methods library

Anderson, Robert ; Andrej, Julian ; Barker, Andrew ; Bramwell, Jamie ; Camier, Jean-Sylvain ; Cerveny, Jakub ; Dobrev, Veselin ; Dudouit, Yohann ; Fisher, Aaron ; Kolev, Tzanio ; Pazner, Will ; Stowell, Mark ; Tomov, Vladimir ; Akkerman, Ido ; Dahm, Johann ; Medina, David ; Zampini, Stefano

Computers & mathematics with applications (1987), 2021-01, Vol.81 (1), p.42-74 [Periódico revisado por pares]

Oxford: Elsevier Ltd

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2
MMseqs2 enables sensitive protein sequence searching for the analysis of massive data sets
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MMseqs2 enables sensitive protein sequence searching for the analysis of massive data sets

Steinegger, Martin ; Söding, Johannes

Nature biotechnology, 2017-11, Vol.35 (11), p.1026-1028 [Periódico revisado por pares]

United States: Nature Publishing Group

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3
Singularity: Scientific containers for mobility of compute
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Singularity: Scientific containers for mobility of compute

Kurtzer, Gregory M ; Sochat, Vanessa ; Bauer, Michael W Gursoy, Attila

PloS one, 2017-05, Vol.12 (5), p.e0177459-e0177459 [Periódico revisado por pares]

United States: Public Library of Science

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4
Purge Haplotigs: allelic contig reassignment for third-gen diploid genome assemblies
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Purge Haplotigs: allelic contig reassignment for third-gen diploid genome assemblies

Roach, Michael J ; Schmidt, Simon A ; Borneman, Anthony R

BMC bioinformatics, 2018-11, Vol.19 (1), p.460-460, Article 460 [Periódico revisado por pares]

England: BioMed Central Ltd

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5
BEAST 2.5: An advanced software platform for Bayesian evolutionary analysis
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BEAST 2.5: An advanced software platform for Bayesian evolutionary analysis

Bouckaert, Remco ; Vaughan, Timothy G ; Barido-Sottani, Joëlle ; Duchêne, Sebastián ; Fourment, Mathieu ; Gavryushkina, Alexandra ; Heled, Joseph ; Jones, Graham ; Kühnert, Denise ; De Maio, Nicola ; Matschiner, Michael ; Mendes, Fábio K ; Müller, Nicola F ; Ogilvie, Huw A ; du Plessis, Louis ; Popinga, Alex ; Rambaut, Andrew ; Rasmussen, David ; Siveroni, Igor ; Suchard, Marc A ; Wu, Chieh-Hsi ; Xie, Dong ; Zhang, Chi ; Stadler, Tanja ; Drummond, Alexei J Pertea, Mihaela

PLoS computational biology, 2019-04, Vol.15 (4), p.e1006650-e1006650 [Periódico revisado por pares]

United States: Public Library of Science

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6
CellProfiler 3.0: Next-generation image processing for biology
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CellProfiler 3.0: Next-generation image processing for biology

McQuin, Claire ; Goodman, Allen ; Chernyshev, Vasiliy ; Kamentsky, Lee ; Cimini, Beth A ; Karhohs, Kyle W ; Doan, Minh ; Ding, Liya ; Rafelski, Susanne M ; Thirstrup, Derek ; Wiegraebe, Winfried ; Singh, Shantanu ; Becker, Tim ; Caicedo, Juan C ; Carpenter, Anne E Misteli, Tom

PLoS Biology, 2018-07, Vol.16 (7), p.e2005970-e2005970 [Periódico revisado por pares]

United States: Public Library of Science

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7
MEGAN Community Edition - Interactive Exploration and Analysis of Large-Scale Microbiome Sequencing Data
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MEGAN Community Edition - Interactive Exploration and Analysis of Large-Scale Microbiome Sequencing Data

Huson, Daniel H ; Beier, Sina ; Flade, Isabell ; Górska, Anna ; El-Hadidi, Mohamed ; Mitra, Suparna ; Ruscheweyh, Hans-Joachim ; Tappu, Rewati Poisot, Timothée

PLoS computational biology, 2016-06, Vol.12 (6), p.e1004957-e1004957 [Periódico revisado por pares]

United States: Public Library of Science

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8
Metacoder: An R package for visualization and manipulation of community taxonomic diversity data
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Metacoder: An R package for visualization and manipulation of community taxonomic diversity data

Foster, Zachary S L ; Sharpton, Thomas J ; Grünwald, Niklaus J Poisot, Timothée

PLoS computational biology, 2017-02, Vol.13 (2), p.e1005404 [Periódico revisado por pares]

United States: Public Library of Science

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9
High-quality genome sequences of uncultured microbes by assembly of read clouds
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High-quality genome sequences of uncultured microbes by assembly of read clouds

Bishara, Alex ; Moss, Eli L ; Kolmogorov, Mikhail ; Parada, Alma E ; Weng, Ziming ; Sidow, Arend ; Dekas, Anne E ; Batzoglou, Serafim ; Bhatt, Ami S

Nature biotechnology, 2018-12, Vol.36 (11), p.1067-1075 [Periódico revisado por pares]

United States: Nature Publishing Group

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10
A proximity-tagging system to identify membrane protein-protein interactions
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Artigo
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A proximity-tagging system to identify membrane protein-protein interactions

Liu, Qiang ; Zheng, Jun ; Sun, Weiping ; Huo, Yinbo ; Zhang, Liye ; Hao, Piliang ; Wang, Haopeng ; Zhuang, Min

Nature methods, 2018-09, Vol.15 (9), p.715-722 [Periódico revisado por pares]

United States: Nature Publishing Group

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