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The PSIPRED Protein Analysis Workbench: 20 years on
The PSIPRED Protein Analysis Workbench: 20 years on
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The PSIPRED Protein Analysis Workbench: 20 years on

Buchan, Daniel W A ; Jones, David T

Nucleic acids research, 2019-07, Vol.47 (W1), p.W402-W407 [Periódico revisado por pares]

England: Oxford University Press

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2
Improved annotation of protein-coding genes boundaries in metazoan mitochondrial genomes
Improved annotation of protein-coding genes boundaries in metazoan mitochondrial genomes
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Improved annotation of protein-coding genes boundaries in metazoan mitochondrial genomes

Donath, Alexander ; Jühling, Frank ; Al-Arab, Marwa ; Bernhart, Stephan H ; Reinhardt, Franziska ; Stadler, Peter F ; Middendorf, Martin ; Bernt, Matthias

Nucleic acids research, 2019-11, Vol.47 (20), p.10543-10552 [Periódico revisado por pares]

England: Oxford University Press

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3
Detecting circular RNAs: bioinformatic and experimental challenges
Detecting circular RNAs: bioinformatic and experimental challenges
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Detecting circular RNAs: bioinformatic and experimental challenges

Szabo, Linda ; Salzman, Julia

Nature reviews. Genetics, 2016-11, Vol.17 (11), p.679-692 [Periódico revisado por pares]

England: Nature Publishing Group

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4
The CAFA challenge reports improved protein function prediction and new functional annotations for hundreds of genes through experimental screens
The CAFA challenge reports improved protein function prediction and new functional annotations for hundreds of genes through experimental screens
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The CAFA challenge reports improved protein function prediction and new functional annotations for hundreds of genes through experimental screens

Zhou, Naihui ; Jiang, Yuxiang ; Lee, Alexandra J ; Kacsoh, Balint Z ; Crocker, Alex W ; Georghiou, George ; Nguyen, Huy N ; Hamid, Md Nafiz ; Davis, Larry ; Atalay, Volkan ; Rifaioglu, Ahmet S ; Dalkıran, Alperen ; Cetin Atalay, Rengul ; Zhang, Chengxin ; Hurto, Rebecca L ; Freddolino, Peter L ; Supek, Fran ; Fernández, José M ; Gemovic, Branislava ; Sumonja, Neven ; Veljkovic, Nevena ; Asgari, Ehsaneddin ; Mofrad, Mohammad R K ; Savojardo, Castrense ; Martelli, Pier Luigi ; Casadio, Rita ; Boecker, Florian ; Schoof, Heiko ; Thurlby, Natalie ; McHardy, Alice C ; Renaux, Alexandre ; Saidi, Rabie ; Gough, Julian ; Freitas, Alex A ; Antczak, Magdalena ; Fabris, Fabio ; Wass, Mark N ; Hou, Jie ; Wang, Zheng ; Romero, Alfonso E ; Paccanaro, Alberto ; Yang, Haixuan ; Goldberg, Tatyana ; Zhao, Chenguang ; Holm, Liisa ; Tseng, Wei-Cheng ; Linial, Michal ; Rose, Peter W ; Dessimoz, Christophe ; Dzeroski, Saso ; Sillitoe, Ian ; Das, Sayoni ; Wan, Cen ; Fa, Rui ; Notaro, Marco ; Grossi, Giuliano ; Valentini, Giorgio ; Mesiti, Marco ; Ritchie, David W ; Aridhi, Sabeur ; Bonneau, Richard ; Gligorijević, Vladimir ; Fang, Hai ; Toppo, Stefano ; Falda, Marco ; Berselli, Michele ; Mao, Qizhong ; Black, Gage S ; Suh, Erica ; Dayton, Jonathan B ; Larsen, Dallas J ; Omdahl, Ashton R ; McGuffin, Liam J ; Brackenridge, Danielle A ; Babbitt, Patricia C ; Yunes, Jeffrey M ; Fontana, Paolo ; Zhang, Feng ; Zhu, Shanfeng ; Dai, Suyang ; Yao, Shuwei ; Cao, Renzhi ; Amezola, Miguel ; Johnson, Devon ; Liu, Yi-Wei ; Frank, Yotam ; Hoehndorf, Robert ; Kulmanov, Maxat ; Björne, Jari ; Tolvanen, Martti E E ; Salakoski, Tapio ; Altenhoff, Adrian ; Ben-Hur, Asa ; Rost, Burkhard ; Orengo, Christine A ; Bosco, Giovanni ; Martin, Maria J ; Mooney, Sean D ; Greene, Casey S ; Radivojac, Predrag

Genome Biology, 2019-11, Vol.20 (1), p.244-244, Article 244 [Periódico revisado por pares]

England: BioMed Central

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5
FEELnc: a tool for long non-coding RNA annotation and its application to the dog transcriptome
FEELnc: a tool for long non-coding RNA annotation and its application to the dog transcriptome
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FEELnc: a tool for long non-coding RNA annotation and its application to the dog transcriptome

Wucher, Valentin ; Legeai, Fabrice ; Hédan, Benoît ; Rizk, Guillaume ; Lagoutte, Lætitia ; Leeb, Tosso ; Jagannathan, Vidhya ; Cadieu, Edouard ; David, Audrey ; Lohi, Hannes ; Cirera, Susanna ; Fredholm, Merete ; Botherel, Nadine ; Leegwater, Peter A J ; Le Béguec, Céline ; Fieten, Hille ; Johnson, Jeremy ; Alföldi, Jessica ; André, Catherine ; Lindblad-Toh, Kerstin ; Hitte, Christophe ; Derrien, Thomas

Nucleic acids research, 2017-05, Vol.45 (8), p.e57-e57 [Periódico revisado por pares]

England: Oxford University Press

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6
Comparison of circular RNA prediction tools
Comparison of circular RNA prediction tools
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Comparison of circular RNA prediction tools

Hansen, Thomas B ; Venø, Morten T ; Damgaard, Christian K ; Kjems, Jørgen

Nucleic acids research, 2016-04, Vol.44 (6), p.e58-e58 [Periódico revisado por pares]

England: Oxford University Press

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7
An improved assembly and annotation of the allohexaploid wheat genome identifies complete families of agronomic genes and provides genomic evidence for chromosomal translocations
An improved assembly and annotation of the allohexaploid wheat genome identifies complete families of agronomic genes and provides genomic evidence for chromosomal translocations
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An improved assembly and annotation of the allohexaploid wheat genome identifies complete families of agronomic genes and provides genomic evidence for chromosomal translocations

Clavijo, Bernardo J ; Venturini, Luca ; Schudoma, Christian ; Accinelli, Gonzalo Garcia ; Kaithakottil, Gemy ; Wright, Jonathan ; Borrill, Philippa ; Kettleborough, George ; Heavens, Darren ; Chapman, Helen ; Lipscombe, James ; Barker, Tom ; Lu, Fu-Hao ; McKenzie, Neil ; Raats, Dina ; Ramirez-Gonzalez, Ricardo H ; Coince, Aurore ; Peel, Ned ; Percival-Alwyn, Lawrence ; Duncan, Owen ; Trösch, Josua ; Yu, Guotai ; Bolser, Dan M ; Namaati, Guy ; Kerhornou, Arnaud ; Spannagl, Manuel ; Gundlach, Heidrun ; Haberer, Georg ; Davey, Robert P ; Fosker, Christine ; Palma, Federica Di ; Phillips, Andrew L ; Millar, A Harvey ; Kersey, Paul J ; Uauy, Cristobal ; Krasileva, Ksenia V ; Swarbreck, David ; Bevan, Michael W ; Clark, Matthew D

Genome research, 2017-05, Vol.27 (5), p.885-896 [Periódico revisado por pares]

United States: Cold Spring Harbor Laboratory Press

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Next-generation transcriptome assembly
Next-generation transcriptome assembly
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Next-generation transcriptome assembly

Martin, Jeffrey A ; Wang, Zhong

Nature reviews. Genetics, 2011-10, Vol.12 (10), p.671-682 [Periódico revisado por pares]

London: Nature Publishing Group

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A beginner's guide to eukaryotic genome annotation
A beginner's guide to eukaryotic genome annotation
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A beginner's guide to eukaryotic genome annotation

YANDELL, Mark ; ENCE, Daniel

Nature reviews. Genetics, 2012-05, Vol.13 (5), p.329-342 [Periódico revisado por pares]

London: Nature Publishing Group

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10
The status of the human gene catalogue
The status of the human gene catalogue
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The status of the human gene catalogue

Amaral, Paulo ; Carbonell-Sala, Silvia ; De La Vega, Francisco M ; Faial, Tiago ; Frankish, Adam ; Gingeras, Thomas ; Guigo, Roderic ; Harrow, Jennifer L ; Hatzigeorgiou, Artemis G ; Johnson, Rory ; Murphy, Terence D ; Pertea, Mihaela ; Pruitt, Kim D ; Pujar, Shashikant ; Takahashi, Hazuki ; Ulitsky, Igor ; Varabyou, Ales ; Wells, Christine A ; Yandell, Mark ; Carninci, Piero ; Salzberg, Steven L

Nature (London), 2023-10, Vol.622 (7981), p.41-47 [Periódico revisado por pares]

England: Nature Publishing Group

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