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GPU-Accelerated Molecular Dynamics and Free Energy Methods in Amber18: Performance Enhancements and New Features
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GPU-Accelerated Molecular Dynamics and Free Energy Methods in Amber18: Performance Enhancements and New Features

Lee, Tai-Sung ; Cerutti, David S ; Mermelstein, Dan ; Lin, Charles ; LeGrand, Scott ; Giese, Timothy J ; Roitberg, Adrian ; Case, David A ; Walker, Ross C ; York, Darrin M

Journal of chemical information and modeling, 2018-10, Vol.58 (10), p.2043-2050 [Periódico revisado por pares]

United States: American Chemical Society

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2
Relative Binding Free Energy Calculations in Drug Discovery: Recent Advances and Practical Considerations
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Relative Binding Free Energy Calculations in Drug Discovery: Recent Advances and Practical Considerations

Cournia, Zoe ; Allen, Bryce ; Sherman, Woody

Journal of chemical information and modeling, 2017-12, Vol.57 (12), p.2911-2937 [Periódico revisado por pares]

United States: American Chemical Society

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3
TRAVIS - A Free Analyzer and Visualizer for Monte Carlo and Molecular Dynamics Trajectories
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TRAVIS - A Free Analyzer and Visualizer for Monte Carlo and Molecular Dynamics Trajectories

Brehm, Martin ; Kirchner, Barbara

Journal of chemical information and modeling, 2011-08, Vol.51 (8), p.2007-2023 [Periódico revisado por pares]

Washington, DC: American Chemical Society

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4
The IDP-Specific Force Field ff14IDPSFF Improves the Conformer Sampling of Intrinsically Disordered Proteins
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The IDP-Specific Force Field ff14IDPSFF Improves the Conformer Sampling of Intrinsically Disordered Proteins

Song, Dong ; Luo, Ray ; Chen, Hai-Feng

Journal of chemical information and modeling, 2017-05, Vol.57 (5), p.1166-1178 [Periódico revisado por pares]

United States: American Chemical Society

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5
Adaptive activation functions accelerate convergence in deep and physics-informed neural networks
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Adaptive activation functions accelerate convergence in deep and physics-informed neural networks

Jagtap, Ameya D. ; Kawaguchi, Kenji ; Karniadakis, George Em

Journal of computational physics, 2020-03, Vol.404 (C), p.109136, Article 109136 [Periódico revisado por pares]

Cambridge: Elsevier Inc

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6
Enumeration of 166 Billion Organic Small Molecules in the Chemical Universe Database GDB-17
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Enumeration of 166 Billion Organic Small Molecules in the Chemical Universe Database GDB-17

Ruddigkeit, Lars ; van Deursen, Ruud ; Blum, Lorenz C ; Reymond, Jean-Louis

Journal of chemical information and modeling, 2012-11, Vol.52 (11), p.2864-2875 [Periódico revisado por pares]

Washington, DC: American Chemical Society

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7
Machine learning of linear differential equations using Gaussian processes
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Machine learning of linear differential equations using Gaussian processes

Raissi, Maziar ; Perdikaris, Paris ; Karniadakis, George Em

Journal of computational physics, 2017-11, Vol.348, p.683-693 [Periódico revisado por pares]

Cambridge: Elsevier Inc

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8
MolTrans: Molecular Interaction Transformer for drug–target interaction prediction
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MolTrans: Molecular Interaction Transformer for drug–target interaction prediction

Huang, Kexin ; Xiao, Cao ; Glass, Lucas M ; Sun, Jimeng Lu, Zhiyong

Bioinformatics, 2021-05, Vol.37 (6), p.830-836 [Periódico revisado por pares]

England: Oxford University Press

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9
fastsimcoal2: demographic inference under complex evolutionary scenarios
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fastsimcoal2: demographic inference under complex evolutionary scenarios

Excoffier, Laurent ; Marchi, Nina ; Marques, David Alexander ; Matthey-Doret, Remi ; Gouy, Alexandre ; Sousa, Vitor C Schwartz, Russell

Bioinformatics, 2021-12, Vol.37 (24), p.4882-4885 [Periódico revisado por pares]

England: Oxford University Press

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10
Fixed-Charge Atomistic Force Fields for Molecular Dynamics Simulations in the Condensed Phase: An Overview
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Fixed-Charge Atomistic Force Fields for Molecular Dynamics Simulations in the Condensed Phase: An Overview

Riniker, Sereina

Journal of chemical information and modeling, 2018-03, Vol.58 (3), p.565-578 [Periódico revisado por pares]

United States: American Chemical Society

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