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Rapid parameterization of small molecules using the force field toolkit
Rapid parameterization of small molecules using the force field toolkit
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Rapid parameterization of small molecules using the force field toolkit

Mayne, Christopher G. ; Saam, Jan ; Schulten, Klaus ; Tajkhorshid, Emad ; Gumbart, James C.

Journal of computational chemistry, 2013-12, Vol.34 (32), p.2757-2770 [Periódico revisado por pares]

United States: Blackwell Publishing Ltd

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2
Molecular Dynamics Simulations of RNA Motifs to Guide the Architectural Parameters and Design Principles of RNA Nanostructures
Molecular Dynamics Simulations of RNA Motifs to Guide the Architectural Parameters and Design Principles of RNA Nanostructures
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Molecular Dynamics Simulations of RNA Motifs to Guide the Architectural Parameters and Design Principles of RNA Nanostructures

Perdomo, Valentina Abondano ; Kim, Taejin

Methods in molecular biology (Clifton, N.J.), 2023, Vol.2709, p.3-29

New York, NY: Springer US

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3
CHARMM‐GUI DEER facilitator for spin‐pair distance distribution calculations and preparation of restrained‐ensemble molecular dynamics simulations
CHARMM‐GUI DEER facilitator for spin‐pair distance distribution calculations and preparation of restrained‐ensemble molecular dynamics simulations
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CHARMM‐GUI DEER facilitator for spin‐pair distance distribution calculations and preparation of restrained‐ensemble molecular dynamics simulations

Qi, Yifei ; Lee, Jumin ; Cheng, Xi ; Shen, Rong ; Islam, Shahidul M. ; Roux, Benoît ; Im, Wonpil

Journal of computational chemistry, 2020-02, Vol.41 (5), p.415-420 [Periódico revisado por pares]

Hoboken, USA: John Wiley & Sons, Inc

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4
Molecular dynamics simulation on vegetable oil modified model asphalt
Molecular dynamics simulation on vegetable oil modified model asphalt
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Molecular dynamics simulation on vegetable oil modified model asphalt

Sonibare, Kolawole ; Rucker, George ; Zhang, Liqun

Construction & building materials, 2021-02, Vol.270 (C), p.121687, Article 121687 [Periódico revisado por pares]

United Kingdom: Elsevier Ltd

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5
SwissParam: A fast force field generation tool for small organic molecules
SwissParam: A fast force field generation tool for small organic molecules
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SwissParam: A fast force field generation tool for small organic molecules

Zoete, Vincent ; Cuendet, Michel A. ; Grosdidier, Aurélien ; Michielin, Olivier

Journal of computational chemistry, 2011-08, Vol.32 (11), p.2359-2368 [Periódico revisado por pares]

Hoboken: Wiley Subscription Services, Inc., A Wiley Company

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6
CHARMM: The biomolecular simulation program
CHARMM: The biomolecular simulation program
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CHARMM: The biomolecular simulation program

Brooks, B.R ; Brooks, C.L. III ; Mackerell, A.D. Jr ; Nilsson, L ; Petrella, R.J ; Roux, B ; Won, Y ; Archontis, G ; Bartels, C ; Boresch, S ; Caflisch, A ; Caves, L ; Cui, Q ; Dinner, A.R ; Feig, M ; Fischer, S ; Gao, J ; Hodoscek, M ; Im, W ; Kuczera, K ; Lazaridis, T ; Ma, J ; Ovchinnikov, V ; Paci, E ; Pastor, R.W ; Post, C.B ; Pu, J.Z ; Schaefer, M ; Tidor, B ; Venable, R.M ; Woodcock, H.L ; Wu, X ; Yang, W ; York, D.M ; Karplus, M

Journal of computational chemistry, 2009-07, Vol.30 (10), p.1545-1614 [Periódico revisado por pares]

Hoboken: Wiley Subscription Services, Inc., A Wiley Company

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7
The CHARMM-TURBOMOLE interface for efficient and accurate QM/MM molecular dynamics, free energies, and excited state properties
The CHARMM-TURBOMOLE interface for efficient and accurate QM/MM molecular dynamics, free energies, and excited state properties
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The CHARMM-TURBOMOLE interface for efficient and accurate QM/MM molecular dynamics, free energies, and excited state properties

Riahi, Saleh ; Rowley, Christopher N.

Journal of computational chemistry, 2014-10, Vol.35 (28), p.2076-2086 [Periódico revisado por pares]

United States: Blackwell Publishing Ltd

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8
Parametrization of halogen bonds in the CHARMM general force field: Improved treatment of ligand–protein interactions
Parametrization of halogen bonds in the CHARMM general force field: Improved treatment of ligand–protein interactions
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Parametrization of halogen bonds in the CHARMM general force field: Improved treatment of ligand–protein interactions

Soteras Gutiérrez, Ignacio ; Lin, Fang-Yu ; Vanommeslaeghe, Kenno ; Lemkul, Justin A. ; Armacost, Kira A. ; Brooks, Charles L. ; MacKerell, Alexander D.

Bioorganic & medicinal chemistry, 2016-10, Vol.24 (20), p.4812-4825 [Periódico revisado por pares]

England: Elsevier Ltd

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9
Mechanical properties of lipid bilayers from molecular dynamics simulation
Mechanical properties of lipid bilayers from molecular dynamics simulation
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Mechanical properties of lipid bilayers from molecular dynamics simulation

Venable, Richard M. ; Brown, Frank L.H. ; Pastor, Richard W.

Chemistry and physics of lipids, 2015-11, Vol.192, p.60-74 [Periódico revisado por pares]

Ireland: Elsevier B.V

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10
A CGenFF‐based force field for simulations of peptoids with both cis and trans peptide bonds
A CGenFF‐based force field for simulations of peptoids with both cis and trans peptide bonds
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A CGenFF‐based force field for simulations of peptoids with both cis and trans peptide bonds

Weiser, Laura J. ; Santiso, Erik E.

Journal of computational chemistry, 2019-08, Vol.40 (22), p.1946-1956 [Periódico revisado por pares]

Hoboken, USA: John Wiley & Sons, Inc

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