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Bigtools: a high-performance BigWig and BigBed library in Rust
Bigtools: a high-performance BigWig and BigBed library in Rust
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Bigtools: a high-performance BigWig and BigBed library in Rust

Huey, Jack D ; Abdennur, Nezar Wren, Jonathan

Bioinformatics (Oxford, England), 2024-06, Vol.40 (6) [Periódico revisado por pares]

Oxford University Press

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Drug–target interaction predictions with multi-view similarity network fusion strategy and deep interactive attention mechanism
Drug–target interaction predictions with multi-view similarity network fusion strategy and deep interactive attention mechanism
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Drug–target interaction predictions with multi-view similarity network fusion strategy and deep interactive attention mechanism

Song, Wei ; Xu, Lewen ; Han, Chenguang ; Tian, Zhen ; Zou, Quan Gao, Xin

Bioinformatics (Oxford, England), 2024-06, Vol.40 (6) [Periódico revisado por pares]

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Mariner: Explore the Hi-Cs
Mariner: Explore the Hi-Cs
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Mariner: Explore the Hi-Cs

Davis, Eric S ; Parker, Sarah M ; Kramer, Nicole E ; Flores, J P ; Kiran, Manjari ; Phanstiel, Douglas H Kelso, Janet

Bioinformatics (Oxford, England), 2024-06, Vol.40 (6) [Periódico revisado por pares]

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Readon: a novel algorithm to identify read-through transcripts with long-read sequencing data
Readon: a novel algorithm to identify read-through transcripts with long-read sequencing data
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Readon: a novel algorithm to identify read-through transcripts with long-read sequencing data

Chen, Siang ; Wang, Hao ; Zhang, Dongdong ; Chen, Runsheng ; Luo, Jianjun Alkan, Can

Bioinformatics (Oxford, England), 2024-06, Vol.40 (6) [Periódico revisado por pares]

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SWGTS-a platform for Stream-Based host DNA depletion
SWGTS-a platform for Stream-Based host DNA depletion
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SWGTS-a platform for Stream-Based host DNA depletion

Spohr, Philipp ; Ried, Max ; Kühle, Laura ; Dilthey, Alexander Alkan, Can

Bioinformatics (Oxford, England), 2024-06, Vol.40 (6) [Periódico revisado por pares]

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PathwayNexus: a tool for interactive metabolic data analysis
PathwayNexus: a tool for interactive metabolic data analysis
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PathwayNexus: a tool for interactive metabolic data analysis

Eberhard, Philipp ; Kern, Martin ; Aichem, Michael ; Borlinghaus, Hanna ; Klein, Karsten ; Delp, Johannes ; Suciu, Ilinca ; Moser, Benjamin ; Dietrich, Daniel ; Leist, Marcel ; Schreiber, Falk Martelli, Pier Luigi

Bioinformatics (Oxford, England), 2024-06, Vol.40 (6) [Periódico revisado por pares]

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SAFPred: Synteny-aware gene function prediction for bacteria using protein embeddings
SAFPred: Synteny-aware gene function prediction for bacteria using protein embeddings
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SAFPred: Synteny-aware gene function prediction for bacteria using protein embeddings

Urhan, Aysun ; Cosma, Bianca-Maria ; Earl, Ashlee M ; Manson, Abigail L ; Abeel, Thomas Cowen, Lenore

Bioinformatics (Oxford, England), 2024-06, Vol.40 (6) [Periódico revisado por pares]

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HE2Gene: image-to-RNA translation via multi-task learning for spatial transcriptomics data
HE2Gene: image-to-RNA translation via multi-task learning for spatial transcriptomics data
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HE2Gene: image-to-RNA translation via multi-task learning for spatial transcriptomics data

Chen, Xingjian ; Lin, Jiecong ; Wang, Yuchen ; Zhang, Weitong ; Xie, Weidun ; Zheng, Zetian ; Wong, Ka-Chun Kelso, Janet

Bioinformatics (Oxford, England), 2024-06, Vol.40 (6) [Periódico revisado por pares]

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ReactomeGSA: New features to simplify public data reuse
ReactomeGSA: New features to simplify public data reuse
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ReactomeGSA: New features to simplify public data reuse

Grentner, Alexander ; Ragueneau, Eliot ; Gong, Chuqiao ; Prinz, Adrian ; Gansberger, Sabina ; Oyarzun, Inigo ; Hermjakob, Henning ; Griss, Johannes Mathelier, Anthony

Bioinformatics (Oxford, England), 2024-06, Vol.40 (6) [Periódico revisado por pares]

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bnglViz: Online visualization of rule-based models
bnglViz: Online visualization of rule-based models
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bnglViz: Online visualization of rule-based models

Liguori-Bills, Noah ; Blinov, Michael L Martelli, Pier Luigi

Bioinformatics (Oxford, England), 2024-06, Vol.40 (6) [Periódico revisado por pares]

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