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hictk: blazing fast toolkit to work with .hic and .cool files
hictk: blazing fast toolkit to work with .hic and .cool files
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hictk: blazing fast toolkit to work with .hic and .cool files

Rossini, Roberto ; Paulsen, Jonas Valencia, Alfonso

Bioinformatics (Oxford, England), 2024-07, Vol.40 (7) [Periódico revisado por pares]

Oxford University Press

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2
Adjustment of spurious correlations in co-expression measurements from RNA-Sequencing data
Adjustment of spurious correlations in co-expression measurements from RNA-Sequencing data
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Adjustment of spurious correlations in co-expression measurements from RNA-Sequencing data

Hsieh, Ping-Han ; Lopes-Ramos, Camila Miranda ; Zucknick, Manuela ; Sandve, Geir Kjetil ; Glass, Kimberly ; Kuijjer, Marieke Lydia Boeva, Valentina

Bioinformatics (Oxford, England), 2023-10, Vol.39 (10) [Periódico revisado por pares]

England: Oxford University Press

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3
screenwerk: a modular tool for the design and analysis of drug combination screens
screenwerk: a modular tool for the design and analysis of drug combination screens
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screenwerk: a modular tool for the design and analysis of drug combination screens

Hanes, Robert ; Ayuda-Durán, Pilar ; Rønneberg, Leiv ; Nakken, Sigve ; Hovig, Eivind ; Zucknick, Manuela ; Enserink, Jorrit M Wren, Jonathan

Bioinformatics (Oxford, England), 2023-01, Vol.39 (1) [Periódico revisado por pares]

England: Oxford University Press

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4
PoDCall: positive droplet calling and normalization of droplet digital PCR DNA methylation data
PoDCall: positive droplet calling and normalization of droplet digital PCR DNA methylation data
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PoDCall: positive droplet calling and normalization of droplet digital PCR DNA methylation data

Jeanmougin, Marine ; Brodal, Hans Petter ; Dietrichson Pharo, Heidi ; Vedeld, Hege Marie ; Lind, Guro Elisabeth Boeva, Valentina

Bioinformatics (Oxford, England), 2023-01, Vol.39 (1) [Periódico revisado por pares]

England: Oxford University Press

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5
Access to ground truth at unconstrained size makes simulated data as indispensable as experimental data for bioinformatics methods development and benchmarking
Access to ground truth at unconstrained size makes simulated data as indispensable as experimental data for bioinformatics methods development and benchmarking
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Access to ground truth at unconstrained size makes simulated data as indispensable as experimental data for bioinformatics methods development and benchmarking

Sandve, Geir Kjetil ; Greiff, Victor Valencia, Alfonso

Bioinformatics (Oxford, England), 2022-10, Vol.38 (21), p.4994-4996 [Periódico revisado por pares]

Oxford University Press

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6
CompAIRR: ultra-fast comparison of adaptive immune receptor repertoires by exact and approximate sequence matching
CompAIRR: ultra-fast comparison of adaptive immune receptor repertoires by exact and approximate sequence matching
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CompAIRR: ultra-fast comparison of adaptive immune receptor repertoires by exact and approximate sequence matching

Rognes, Torbjørn ; Scheffer, Lonneke ; Greiff, Victor ; Sandve, Geir Kjetil Valencia, Alfonso

Bioinformatics, 2022-09, Vol.38 (17), p.4230-4232 [Periódico revisado por pares]

England: Oxford University Press

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7
Structural feature-driven pattern analysis for multitarget modulator landscapes
Structural feature-driven pattern analysis for multitarget modulator landscapes
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Structural feature-driven pattern analysis for multitarget modulator landscapes

Namasivayam, Vigneshwaran ; Stefan, Katja ; Silbermann, Katja ; Pahnke, Jens ; Wiese, Michael ; Stefan, Sven Marcel Wren, Jonathan

Bioinformatics (Oxford, England), 2022-02, Vol.38 (5), p.1385-1392 [Periódico revisado por pares]

England: Oxford University Press

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8
Modeling dependency structures in 450k DNA methylation data
Modeling dependency structures in 450k DNA methylation data
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Modeling dependency structures in 450k DNA methylation data

Nustad, Haakon E ; Steinsland, Ingelin ; Ollikainen, Miina ; Cazaly, Emma ; Kaprio, Jaakko ; Benjamini, Yuval ; Gervin, Kristina ; Lyle, Robert Kendziorski, Christina

Bioinformatics, 2022-01, Vol.38 (4), p.885-891 [Periódico revisado por pares]

England: Oxford University Press

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9
ShinyArchR.UiO: user-friendly,integrative and open-source tool for visualization of single-cell ATAC-seq data using ArchR
ShinyArchR.UiO: user-friendly,integrative and open-source tool for visualization of single-cell ATAC-seq data using ArchR
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ShinyArchR.UiO: user-friendly,integrative and open-source tool for visualization of single-cell ATAC-seq data using ArchR

Sharma, Ankush ; Akshay, Akshay ; Rogne, Marie ; Eskeland, Ragnhild Alkan, Can

Bioinformatics (Oxford, England), 2022-01, Vol.38 (3), p.834-836 [Periódico revisado por pares]

England: Oxford University Press

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10
rPanglaoDB: an R package to download and merge labeled single-cell RNA-seq data from the PanglaoDB database
rPanglaoDB: an R package to download and merge labeled single-cell RNA-seq data from the PanglaoDB database
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Artigo 		Adicionar ao Meu Espaço

rPanglaoDB: an R package to download and merge labeled single-cell RNA-seq data from the PanglaoDB database

Osorio, Daniel ; Kuijjer, Marieke L ; Cai, James J Kendziorski, Christina

Bioinformatics, 2022-01, Vol.38 (2), p.580-582 [Periódico revisado por pares]

England: Oxford University Press

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