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Bridging the gap between reference and real transcriptomes
Bridging the gap between reference and real transcriptomes
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Bridging the gap between reference and real transcriptomes

Morillon, Antonin ; Gautheret, Daniel

Genome Biology, 2019-06, Vol.20 (1), p.112-112, Article 112 [Periódico revisado por pares]

England: BioMed Central Ltd

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CRISPRCasFinder, an update of CRISRFinder, includes a portable version, enhanced performance and integrates search for Cas proteins
CRISPRCasFinder, an update of CRISRFinder, includes a portable version, enhanced performance and integrates search for Cas proteins
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CRISPRCasFinder, an update of CRISRFinder, includes a portable version, enhanced performance and integrates search for Cas proteins

Couvin, David ; Bernheim, Aude ; Toffano-Nioche, Claire ; Touchon, Marie ; Michalik, Juraj ; Néron, Bertrand ; Rocha, Eduardo P C ; Vergnaud, Gilles ; Gautheret, Daniel ; Pourcel, Christine

Nucleic acids research, 2018-07, Vol.46 (W1), p.W246-W251 [Periódico revisado por pares]

England: Oxford University Press

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3
Rfam 14: expanded coverage of metagenomic, viral and microRNA families
Rfam 14: expanded coverage of metagenomic, viral and microRNA families
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Rfam 14: expanded coverage of metagenomic, viral and microRNA families

Kalvari, Ioanna ; Nawrocki, Eric P ; Ontiveros-Palacios, Nancy ; Argasinska, Joanna ; Lamkiewicz, Kevin ; Marz, Manja ; Griffiths-Jones, Sam ; Toffano-Nioche, Claire ; Gautheret, Daniel ; Weinberg, Zasha ; Rivas, Elena ; Eddy, Sean R ; Finn, Robert D ; Bateman, Alex ; Petrov, Anton I

Nucleic Acids Research, 2021-01, Vol.49 (D1), p.D192-D200 [Periódico revisado por pares]

England: Oxford University Press

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ARNold: A web tool for the prediction of Rho-independent transcription terminators
ARNold: A web tool for the prediction of Rho-independent transcription terminators
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ARNold: A web tool for the prediction of Rho-independent transcription terminators

Naville, Magali ; Ghuillot-Gaudeffroy, Adrien ; Marchais, Antonin ; Gautheret, Daniel

RNA Biol, 2011-01, Vol.8 (1), p.11-13 [Periódico revisado por pares]

United States: Taylor & Francis

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Nonsense-Mediated Decay Restricts LncRNA Levels in Yeast Unless Blocked by Double-Stranded RNA Structure
Nonsense-Mediated Decay Restricts LncRNA Levels in Yeast Unless Blocked by Double-Stranded RNA Structure
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Nonsense-Mediated Decay Restricts LncRNA Levels in Yeast Unless Blocked by Double-Stranded RNA Structure

Wery, Maxime ; Descrimes, Marc ; Vogt, Nicolas ; Dallongeville, Anne-Sophie ; Gautheret, Daniel ; Morillon, Antonin

Molecular & cellular oncology, 2016-02, Vol.61 (3), p.379-392 [Periódico revisado por pares]

United States: Elsevier Inc

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2-kupl: mapping-free variant detection from DNA-seq data of matched samples
2-kupl: mapping-free variant detection from DNA-seq data of matched samples
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2-kupl: mapping-free variant detection from DNA-seq data of matched samples

Wang, Yunfeng ; Xue, Haoliang ; Pourcel, Christine ; Du, Yang ; Gautheret, Daniel

BMC bioinformatics, 2021-06, Vol.22 (1), p.1-304, Article 304 [Periódico revisado por pares]

London: BioMed Central Ltd

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Acquired initiating mutations in early hematopoietic cells of CLL patients
Acquired initiating mutations in early hematopoietic cells of CLL patients
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Acquired initiating mutations in early hematopoietic cells of CLL patients

Damm, Frederik ; Mylonas, Elena ; Cosson, Adrien ; Yoshida, Kenichi ; Della Valle, Véronique ; Mouly, Enguerran ; Diop, M'boyba ; Scourzic, Laurianne ; Shiraishi, Yuichi ; Chiba, Kenichi ; Tanaka, Hiroko ; Miyano, Satoru ; Kikushige, Yoshikane ; Davi, Frederick ; Lambert, Jérôme ; Gautheret, Daniel ; Merle-Béral, Hélène ; Sutton, Laurent ; Dessen, Philippe ; Solary, Eric ; Akashi, Koichi ; Vainchenker, William ; Mercher, Thomas ; Droin, Nathalie ; Ogawa, Seishi ; Nguyen-Khac, Florence ; Bernard, Olivier A

Cancer discovery, 2014-09, Vol.4 (9), p.1088-1101

United States: American Association for Cancer Research

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An assessment of bacterial small RNA target prediction programs
An assessment of bacterial small RNA target prediction programs
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An assessment of bacterial small RNA target prediction programs

Pain, Adrien ; Ott, Alban ; Amine, Hamza ; Rochat, Tatiana ; Bouloc, Philippe ; Gautheret, Daniel

RNA biology, 2015-05, Vol.12 (5), p.509-513 [Periódico revisado por pares]

United States: Taylor & Francis

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DE-kupl: exhaustive capture of biological variation in RNA-seq data through k-mer decomposition
DE-kupl: exhaustive capture of biological variation in RNA-seq data through k-mer decomposition
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DE-kupl: exhaustive capture of biological variation in RNA-seq data through k-mer decomposition

Audoux, Jérôme ; Philippe, Nicolas ; Chikhi, Rayan ; Salson, Mikaël ; Gallopin, Mélina ; Gabriel, Marc ; Le Coz, Jérémy ; Drouineau, Emilie ; Commes, Thérèse ; Gautheret, Daniel

Genome Biology, 2017-12, Vol.18 (1), p.243-243, Article 243 [Periódico revisado por pares]

England: BioMed Central Ltd

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Experimental discovery of small RNAs in Staphylococcus aureus reveals a riboregulator of central metabolism
Experimental discovery of small RNAs in Staphylococcus aureus reveals a riboregulator of central metabolism
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Experimental discovery of small RNAs in Staphylococcus aureus reveals a riboregulator of central metabolism

Bohn, Chantal ; Rigoulay, Candice ; Chabelskaya, Svetlana ; Sharma, Cynthia M ; Marchais, Antonin ; Skorski, Patricia ; Borezée-Durant, Elise ; Barbet, Romain ; Jacquet, Eric ; Jacq, Annick ; Gautheret, Daniel ; Felden, Brice ; Vogel, Jörg ; Bouloc, Philippe

Nucleic acids research, 2010-10, Vol.38 (19), p.6620-6636 [Periódico revisado por pares]

England: Oxford University Press

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