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Current best practices in single‐cell RNA‐seq analysis: a tutorial
Current best practices in single‐cell RNA‐seq analysis: a tutorial
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Current best practices in single‐cell RNA‐seq analysis: a tutorial

Luecken, Malte D ; Theis, Fabian J

Molecular systems biology, 2019-06, Vol.15 (6), p.e8746-n/a [Periódico revisado por pares]

England: EMBO Press

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2
The scverse project provides a computational ecosystem for single-cell omics data analysis
The scverse project provides a computational ecosystem for single-cell omics data analysis
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The scverse project provides a computational ecosystem for single-cell omics data analysis

Virshup, Isaac ; Bredikhin, Danila ; Heumos, Lukas ; Palla, Giovanni ; Sturm, Gregor ; Gayoso, Adam ; Kats, Ilia ; Koutrouli, Mikaela ; Berger, Bonnie ; Pe'er, Dana ; Regev, Aviv ; Teichmann, Sarah A ; Finotello, Francesca ; Wolf, F Alexander ; Yosef, Nir ; Stegle, Oliver ; Theis, Fabian J

Nature biotechnology, 2023-05, Vol.41 (5), p.604-606 [Periódico revisado por pares]

United States

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Over 1000 tools reveal trends in the single-cell RNA-seq analysis landscape
Over 1000 tools reveal trends in the single-cell RNA-seq analysis landscape
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Over 1000 tools reveal trends in the single-cell RNA-seq analysis landscape

Zappia, Luke ; Theis, Fabian J

Genome Biology, 2021-10, Vol.22 (1), p.301-301, Article 301 [Periódico revisado por pares]

England: BioMed Central

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SCANPY: large-scale single-cell gene expression data analysis
SCANPY: large-scale single-cell gene expression data analysis
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SCANPY: large-scale single-cell gene expression data analysis

Wolf, F Alexander ; Angerer, Philipp ; Theis, Fabian J

Genome Biology, 2018-02, Vol.19 (1), p.15-15, Article 15 [Periódico revisado por pares]

England: BioMed Central

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5
Generalizing RNA velocity to transient cell states through dynamical modeling
Generalizing RNA velocity to transient cell states through dynamical modeling
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Generalizing RNA velocity to transient cell states through dynamical modeling

Bergen, Volker ; Lange, Marius ; Peidli, Stefan ; Wolf, F Alexander ; Theis, Fabian J

Nature biotechnology, 2020-12, Vol.38 (12), p.1408-1414 [Periódico revisado por pares]

United States: Nature Publishing Group

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6
Diffusion maps for high-dimensional single-cell analysis of differentiation data
Diffusion maps for high-dimensional single-cell analysis of differentiation data
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Diffusion maps for high-dimensional single-cell analysis of differentiation data

Haghverdi, Laleh ; Buettner, Florian ; Theis, Fabian J

Bioinformatics, 2015-09, Vol.31 (18), p.2989-2998 [Periódico revisado por pares]

England

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Scalable Parameter Estimation for Genome-Scale Biochemical Reaction Networks
Scalable Parameter Estimation for Genome-Scale Biochemical Reaction Networks
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Scalable Parameter Estimation for Genome-Scale Biochemical Reaction Networks

Fröhlich, Fabian ; Kaltenbacher, Barbara ; Theis, Fabian J ; Hasenauer, Jan Stelling, Jorg

PLoS computational biology, 2017-01, Vol.13 (1), p.e1005331-e1005331 [Periódico revisado por pares]

United States: Public Library of Science

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8
Single-cell RNA-seq denoising using a deep count autoencoder
Single-cell RNA-seq denoising using a deep count autoencoder
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Single-cell RNA-seq denoising using a deep count autoencoder

Eraslan, Gökcen ; Simon, Lukas M ; Mircea, Maria ; Mueller, Nikola S ; Theis, Fabian J

Nature communications, 2019-01, Vol.10 (1), p.390-390, Article 390 [Periódico revisado por pares]

England: Nature Publishing Group

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9
A test metric for assessing single-cell RNA-seq batch correction
A test metric for assessing single-cell RNA-seq batch correction
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A test metric for assessing single-cell RNA-seq batch correction

Büttner, Maren ; Miao, Zhichao ; Wolf, F Alexander ; Teichmann, Sarah A ; Theis, Fabian J

Nature methods, 2019-01, Vol.16 (1), p.43-49 [Periódico revisado por pares]

United States: Nature Publishing Group

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10
Spatial components of molecular tissue biology
Spatial components of molecular tissue biology
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Spatial components of molecular tissue biology

Palla, Giovanni ; Fischer, David S ; Regev, Aviv ; Theis, Fabian J

Nature biotechnology, 2022-03, Vol.40 (3), p.308-318 [Periódico revisado por pares]

United States: Nature Publishing Group

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