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GATK PathSeq: a customizable computational tool for the discovery and identification of microbial sequences in libraries from eukaryotic hosts
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GATK PathSeq: a customizable computational tool for the discovery and identification of microbial sequences in libraries from eukaryotic hosts

Walker, Mark A ; Pedamallu, Chandra Sekhar ; Ojesina, Akinyemi I ; Bullman, Susan ; Sharpe, Ted ; Whelan, Christopher W ; Meyerson, Matthew Berger, Bonnie

Bioinformatics, 2018-12, Vol.34 (24), p.4287-4289 [Periódico revisado por pares]

England: Oxford University Press

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2
RNA-align: quick and accurate alignment of RNA 3D structures based on size-independent TM-scoreRNA
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RNA-align: quick and accurate alignment of RNA 3D structures based on size-independent TM-scoreRNA

Gong, Sha ; Zhang, Chengxin ; Zhang, Yang Valencia, Alfonso

Bioinformatics, 2019-11, Vol.35 (21), p.4459-4461 [Periódico revisado por pares]

England: Oxford University Press

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3
CovidGraph: a graph to fight COVID-19
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CovidGraph: a graph to fight COVID-19

Gütebier, Lea ; Bleimehl, Tim ; Henkel, Ron ; Munro, Jamie ; Müller, Sebastian ; Morgner, Axel ; Laenge, Jakob ; Pachauer, Anke ; Erdl, Alexander ; Weimar, Jens ; Walther Langendorf, Kirsten ; Vialard, Vincent ; Liebig, Thorsten ; Preusse, Martin ; Waltemath, Dagmar ; Jarasch, Alexander Valencia, Alfonso

Bioinformatics (Oxford, England), 2022-10, Vol.38 (20), p.4843-4845 [Periódico revisado por pares]

Oxford University Press

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4
Varmole: a biologically drop-connect deep neural network model for prioritizing disease risk variants and genes
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Varmole: a biologically drop-connect deep neural network model for prioritizing disease risk variants and genes

Nguyen, Nam D ; Jin, Ting ; Wang, Daifeng Mathelier, Anthony

Bioinformatics, 2021-07, Vol.37 (12), p.1772-1775 [Periódico revisado por pares]

Oxford University Press

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5
expam—high-resolution analysis of metagenomes using distance trees
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expam—high-resolution analysis of metagenomes using distance trees

Solari, Sean M ; Young, Remy B ; Marcelino, Vanessa R ; Forster, Samuel C Alkan, Can

Bioinformatics (Oxford, England), 2022-10, Vol.38 (20), p.4814-4816 [Periódico revisado por pares]

Oxford University Press

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6
Steer’n’Detect: fast 2D template detection with accurate orientation estimation
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Steer’n’Detect: fast 2D template detection with accurate orientation estimation

Uhlmann, Virginie ; Püspöki, Zsuzsanna ; Depeursinge, Adrien ; Unser, Michael ; Sage, Daniel ; Fageot, Julien Peng, Hanchuan

Bioinformatics, 2022-05, Vol.38 (11), p.3146-3148 [Periódico revisado por pares]

England: Oxford University Press

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7
ATHENA: analysis of tumor heterogeneity from spatial omics measurements
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ATHENA: analysis of tumor heterogeneity from spatial omics measurements

Martinelli, Adriano Luca ; Rapsomaniki, Maria Anna Peng, Hanchuan

Bioinformatics, 2022-05, Vol.38 (11), p.3151-3153 [Periódico revisado por pares]

England: Oxford University Press

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8
Simulation and annotation of global acronyms
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Simulation and annotation of global acronyms

Filimonov, Maxim ; Chopard, Daphné ; Spasić, Irena Wren, Jonathan

Bioinformatics, 2022-05, Vol.38 (11), p.3136-3138 [Periódico revisado por pares]

England: Oxford University Press

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9
Decombinator V4: an improved AIRR-C compliant-software package for T-cell receptor sequence annotation?
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Decombinator V4: an improved AIRR-C compliant-software package for T-cell receptor sequence annotation?

Peacock, Thomas ; Heather, James M ; Ronel, Tahel ; Chain, Benny Kelso, Janet

Bioinformatics (Oxford, England), 2021-05, Vol.37 (6), p.876-878 [Periódico revisado por pares]

Oxford University Press

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10
hictk: blazing fast toolkit to work with .hic and .cool files
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hictk: blazing fast toolkit to work with .hic and .cool files

Rossini, Roberto ; Paulsen, Jonas Valencia, Alfonso

Bioinformatics (Oxford, England), 2024-07, Vol.40 (7) [Periódico revisado por pares]

Oxford University Press

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